神祖盤古開天辟地，他的身軀最終變成了山河雨林、繁星日月，而他的精元氣則被一分為三，這正是所謂的一氣化三清。然而無字天書裏麵的記載和道家傳下來的很有出入，道家裏三清是指玉清元始天尊、上清靈寶天尊和太清道德天尊即太上老君，他們三位正是道教的尊神。而無字天書中記載的三清則是天地初始統治著神魔人三界的領主，他們分別是天帝伏羲，黃帝軒轅和魔尊蚩尤。但他們的形成也不是簡單的將盤古大神的精元氣一分為三，而是慢慢形成的。最開始盤古大神的精元氣是被分成兩份的，他們與天地一樣分別由清濁兩種氣體構成，並沒有什麼具體形狀。但清濁兩氣水火不容，一直互相纏鬥著。然而，他們雖然相互鬥爭，但實力卻在伯仲之間，難分上下。而且他們本是同根生，性質相近，在幾萬年的搏鬥當中有很大一部分竟然融合在一起，形成了可以與他們想抗衡的第三股力量。
清濁兩氣意識到，若是他們在互相纏鬥下去，終有一天他們會全部融合在一起而消失殆盡的。於是他們便約定各自修煉，待成型之後再來一決勝負，隻有勝利的人才有資格統治這六道。
差不多又過了一萬年，清氣吸收日月之精華，修的仙身，便是後來的伏羲。而濁氣萬年來藏於地底，吸收了戾氣，最終幻化成魔。這樣看來似乎正邪已定，吸收精華的伏羲必定就是正義的一方，而蚩尤則肯定就是邪惡的一方了。正所謂成王敗寇，我們所認識的正邪都隻不過是勝利者一直以來給我們灌輸，而我們慢慢被洗腦所認可的罷了，事情沒有那麼純潔。
開天辟地以後，雖混沌之氣被劈開，分清了天地，但壞境還是很惡劣，不適合生命的生長。而蚩尤長期伏於地底，吸收戾氣，剛好起到一個淨化空氣的功效，所以這一萬年來，凡間漸漸植茂昌盛了起來。
倆人都修煉成型後，就到了當年約定一決勝負的時候了。但伏羲自知若是單打獨鬥的話，倆人實力不相上下，就算再打一萬年也難分勝負。而正巧此時伏羲之妹，也是他的老婆女媧大神閑來無事，用泥土造人成功。當年那個清氣與濁氣纏鬥產生的混合氣也變成了人，並且依靠他強大的力量成為了人族的首領，被尊稱為黃帝。伏羲見黃帝天賦異稟，實力不在他和蚩尤二人之下，心生一計，他利用純潔的女媧騙的了黃帝的幫助，在逐鹿合擊蚩尤，一舉擊破魔族。
但蚩尤和伏羲、黃帝本是同根，他們誰也殺不了誰。伏羲原本是想將蚩尤封印起來，但深思之後覺得不妥，若是如此，那魔族定然失控。於是他將蚩尤本體一分為二，一份留於魔界繼續統治魔族，而另一半則被封於天界仙池之中，想以至清之水來淨化他，最終使其慢慢消散化為清煙。
逐鹿之戰中，伏羲和黃帝雖合力製服蚩尤所率領的魔族，但自身的損傷也不小，特別是黃帝傷的尤為嚴重，他自知重傷難愈，恐怕是命不久矣，特地傾天下之力鍛造軒轅神劍，將自己的力量全部灌輸其中，想以其之力量保護人族。
軒轅劍鍛造成功之時，黃帝便駕鶴西去。伏羲知道後表明裝作對對黃帝之死十分惋惜，實則派人假扮魔族之人來盜取軒轅劍，而他則幫忙趕跑魔族，並妖言惑眾說什麼軒轅劍是人族控製不了的，他隻會招引來魔族，給人族帶來災難。他還欺騙他們說他會派神仙下凡來保護他們，然後以代為保管軒轅劍之名將劍騙走。雖然他前期確實派出很多仙人來保護人族，但時間久了之後仙族越來越怠慢，隻是偶爾下凡來，到了最後直接不來了，任憑凡人自生自滅。這就是為什麼古人那麼崇拜仙人，是因為當時的仙人真的有所作為，而如今我們對於仙人來說不過螻蟻一般，將心比心，你會對一隻螻蟻的生死關心嗎？
而蚩尤當年戰敗之後，被關於魔界，從此再也不理世事，隻要魔族之人不作出十分出格之事，基本沒有任何約束。而眾魔本是潛心修煉，想要從新奪得六道的管理權。然而後來他們發現了一條捷徑，就是吸收人族體內的濁氣，雖然單個人的濁氣並不旺盛，但人族自古以來都是以數量著稱，一人量少，一群則十分豐富。人族對於他們來說可謂是個取之不盡用之不竭的寶庫。所以他們便放棄了枯燥且沒什麼進展的修煉之道，想要靠吸收人族的濁氣來快速提升功力。
而仙族幫助人族抵抗魔族的進攻漸漸感到乏味，而這時天帝早已也沒有在管這件事了。於是他們便陸陸續續的返回了仙界，但也有些有責任心的神仙，他們雖然不想理會此事，但良心卻過不去，於是他們在人族廣收門徒，想要他們靠自己的力量來保護自己。人族也因此人才輩出，靠著他們的艱苦奮鬥，人族才得以存活到現在。