8.染色的基本步驟
石蠟切片牢固貼在載玻片上後即可進行染色。其基本步驟為：
（1）脫蠟：經二次二甲苯，各2～5分鍾。務必將石蠟脫淨，否則影響染色。如室溫低，脫蠟時間應延長。如二甲苯已用過多次以致影響脫蠟效果，則應更換。
（2）下行酒精：即依次浸入無水酒精、95％酒精、90％酒精、80％酒精、70％酒精，於每級酒精浸約2分鍾。無水酒精溶去二甲苯。依次過渡到低度酒精可防止切片驟然入水而容易脫落。如切片含汞，以含碘70％酒精脫碘，浸洗至切片無碘色。
（3）蒸餾水浸洗數分鍾。
（4）染色：按各種染色的要求進行。
（5）蒸餾水浸洗，洗去多餘的染液，時間因不同方法而異。
（6）脫水：即依次經過70％酒精、80％酒精、90％酒精、95％酒精和二次無水酒精，這個過程簡稱上行酒精脫水。逐步脫水可使切片不致急劇收縮。各步脫水時間約1～2分鍾，可據情況靈活掌握；在無水酒精中的時間宜長些，以保證脫水徹底。有些染料易溶於酒精，其脫水過程宜短，甚至須用濾紙將切片吸幹後以95％酒精和無水酒精脫水。切片脫水不徹底時，在下步透明時會出現雲霧狀，甚至使二甲苯變得白濁，應當注意。若無水酒精已混入水分，應及時更換。
（7）透明：經過二次二甲苯，各數分鍾。若切片呈雲霧狀，便是脫水不徹底，應將切片返回無水酒精繼續脫水後再透明。
（8）封固：將切片四周的二甲苯擦去，在切片上滴上適量的樹膠（也稱加拿大樹膠），取蓋玻片小心蓋在切片上，注意避免發生氣泡。封固後，標本平置待幹，並貼上標本簽，定上編碼。
二、火棉膠切片的基本程序
此法優點是包埋不用二甲苯及石蠟，不經高溫，可避免組織收縮及變脆，又因火棉膠有韌性，切片不致有折卷或破裂，適宜於大塊、硬度較高的組織（如骨、肌腱）。
缺點：手持麻煩，費時較久，火棉膠切片機不能將切片切薄，厚度起碼在10μm以上，不能作連續切片。
（一）取材、固定、脫水
取材、固定、洗滌、脫水諸步驟和石蠟切片法相同，但脫水的時間一般要長，特別是高濃度酒精及無水酒精要花更多的時間（12～24小時），否則組織內的水分脫不幹淨會妨礙火棉膠的滲透，以致影響整個工作並難於得到滿意的切片。
經甲醛溶液固定的標本，需經過自來水和蒸餾水衝洗後，即可進入50%、70%、80%、95%、100%酒精中脫水。
（二）浸膠與包埋
火棉膠：為三硝基纖維素的商品名，是由濃硝酸和濃硫酸作用於脫脂棉而得，易燃燒但不易爆炸，易溶於純酒精及乙醚的等量混合液中成為液體，也可溶於丙酮及丁香油等。火棉膠液遇氯仿即變硬故不溶於氯仿及其混合液和氯仿酒精等，遇水凝固呈乳白色。
火棉膠塊浸於70％酒精硬度即增高，浸於85％酒精硬度即降低，此乃調整火棉膠硬度方法之一。
配製火棉膠時必須先將盛火棉膠的容器洗淨烘幹，取固體火棉膠以2g、4g、6g、8g、10g、12g等不同重量的膠分別裝入洗淨而又烘幹的容器中，然後以幹量杯量取純酒精50ml加入各瓶中，密閉瓶蓋放置一晚，火棉膠吸取純酒精後即膨脹呈肉凍狀，此時再在每瓶中各加無水乙醚50ml，密封瓶口，放置一晚，火棉膠即可徹底溶化，即成2％、4％、8％等的火棉膠液。配好的火棉膠液應嚴防塵埃和濕氣的浸入，使用時還須防止乙醚和酒精的蒸發，要密封瓶口可塗以凡士林。
（1）透化：組織從純酒精出來後，即滲入無水酒精及乙醚的等量混合液中，時間的長短，視組織塊的大小而定，2mm×3mm×3mm的材料需4～5小時，較大的材料需一晝夜或更長的時間（12～24小時）。
（2）透膠：經上述步驟處理後，組織中所含的水分已被脫除，乙醚酒精的混合液亦已滲入，即可投入火棉膠中按稀濃度到高濃度的順序先入2％火棉膠，再依次入4％、8％、10％、12％的火棉膠中，較長時間的浸泡，使火棉膠能充分的滲入，否則如透膠不充分，會造成切片的困難。
滲透火棉膠的時間，如體積在2cm×3cm×3cm厚的組織塊，在以上各級火棉膠透膠的時間各須2～3天；3cm×5cm×5cm的組織塊在各級火棉膠中需浸1周。透膠時間的長短視組織的大小及厚薄而定，至組織充滿火棉膠為止。
滲透途中，如果火棉膠在組織周圍凝成膠凍狀態，說明組織塊內還有水分，必須退回無水酒精乙醚液中重新脫水，然後再行火棉膠透膠的處理。
（3）包埋：組織經濃火棉膠（12％）充分滲透後即可包埋，包埋仍用10％～12％火棉膠液。包埋時預先取一長木塊（如有特別硬的橡皮塊更好。木塊用硬木經2％碳酸鈉水溶液煮沸數小時再浸入90％酒精數天，其間更換數次，幹燥後即可使用）。浸入酒精乙醚中，然後再浸入火棉膠中，取出使火棉膠自行幹燥成一薄層，再用硬紙條在木塊的一端將其四周包一周成一紙盒，盒底即為木塊的一端，用線將紙縛牢於木塊上，紙盒的底深以能容下較大材料為宜。
也可用玻皿作包埋器，包埋前在包埋器內麵塗少量凡士林，便於硬化後取下火棉膠塊。
包埋時將12％火棉膠液倒入紙盒，將鑷子蘸一下乙醚酒精混合液，然後將材料夾出放入紙盒中，放好位置使其完全掩埋在紙盒中，靜置片刻使火棉膠上層稍稍凝固後，用玻璃鍾罩連同一盛有氯仿的培養皿一起罩住，讓氯仿蒸氣接觸火棉膠後使其迅速凍結起來，然後將紙盒反過來，浸入氯仿中，將其密封在瓶中，靜置1天使火棉膠硬化，方能切片。
（附）雙重包埋法
火棉膠石蠟雙重包埋法主要是利用兩種切片法的優點合二為一，可以得到良好的切片。因為石蠟切片不易製作柔嫩的標本，不能切大塊組織；火棉膠切片不能切較薄的切片，不能製作連續切片，但二者合二為一卻是一種理想的方法。方法如下：
（1）組織用酒精按常法脫水後經純酒精再入酒精乙醚混合液約1～5小時（根據組織大小而定），入2％火棉膠內2～7天。
（2）將盛有組織塊的2％火棉膠液小培養皿（去蓋）放入預先盛有氯仿液（氯仿量約為小培養皿中火棉膠液的一倍）的有蓋玻缸內1～2小時，火棉膠和組織一起被氯仿蒸氣凝固呈白色混濁狀態。
（3）從玻皿中取出火棉膠塊，將組織塊周圍的火棉膠修切掉，僅留極薄的一層。