2002年11月16日中國廣東佛山發現第一起後來稱為SARS的病例。2003年2月3日至14日廣東發病進入高峰，但病原不清，而且有家族及醫護人員極易被集體傳染的特點。3月15日世界衛生組織將此疾病改稱嚴重急性呼吸係統綜合症(SARS)。3月中旬至4月1日網上流傳的“北京疫情”部分在現實中得到證實，政府對於非典型肺炎的認識和應對措施經曆著艱難而痛苦的轉變。4月16日世界衛生組織在日內瓦宣布，病毒已經找到，正式命名為SARS病毒。4月23日北京市通告，對非典疫情重點區域采取隔離控製措施。5月1日經過8天的緊急籌建，北京市第一家專門治療非典的臨時性傳染病醫院小湯山醫院開始接收病人。此時軍隊支援北京的醫護人員1200餘人陸續到位。5月15日小湯山“非典”定點醫院第一批7名病人痊愈出院。6月24日世界衛生組織宣布，北京的非典型肺炎疫情明顯緩和，已符合世衛組織有關標準，因此解除對北京的旅行警告，同時將北京從“非典”疫區名單中排除。這一決定從宣布當天開始生效。
2004年1月27日，農業部宣布：國家禽流感參考實驗室最終確診廣西隆安縣丁當鎮的禽隻死亡為H5N1亞型高致病性禽流感。這是中國內地首次確診禽流感疫情。同時，湖北省武漢市一林場養雞專業戶和湖南省武岡市一養鴨戶也出現禽隻死亡，後被確診為高致病性禽流感。2004年3月16日，農業部宣布解除廣西南寧和西藏拉薩疫區的封鎖。中國內地前一階段已確診的49起高致病性禽流感疫情已經全部撲滅。高致病性禽流感阻擊戰取得階段性成果。
從“非典”危機到禽流感，給政府的行政管理提出了新的課題——行政應急。那麼，什麼是行政應急呢突發公共衛生事件是指突然發生、造成或者可能造成社會公眾健康嚴重損害的重大傳染病疫情、群體性不明原因疾病、重大食物和職業中毒以及其他嚴重影響公眾健康的事件。在突發災難時刻，如果不改變平常的行政管理體製、管理結構和管理方法，勢必不能控製事態的擴大，造成非常嚴重的後果，甚至導致毀滅性的失敗。因此，突發災難時期，政府必須采用非常規的行政幹預措施，這是曆史的經驗，也是現實時局的需要。在非常時期政府做出的非常措施，在行政管理上稱之為“行政應急幹預措施”。
“非典”疫情震驚國人，不僅對人類認識和改造自然界的能力帶來了巨大挑戰，而且對政府的行政應急能力是一大考驗。麵對突如其來的SARS疫情，國務院審時度勢及時提出“依法防治”的方針，並以中國法製史前所未有的速度起草並頒布施行了《突發公共衛生事件應急條例》(以下簡稱《應急條例》)。《應急條例》不僅進一步將防治“非典”、突發公共衛生事件應急工作納入法製化軌道，而且對建立完善我國突發公共安全事件應急機製產生深遠的影響；不僅使突發公共衛生事件的行政應急工作有法可依，而且為我國建立統一的緊急狀態立法提供了可資借鑒的作用。更為重要的是，在緊急狀態下，法律如何調整各種社會關係，特別是如何保障政府行政應急行為的有效實施，維護公共利益，同時又保護公民的權利和自由，這是政府機關工作人員在緊急事件處理方麵能夠有所作為的新領域。國務院頒布施行條例這一舉措的意義已超出衛生事件本身，對加強和改進我國突發公共安全事件的管理具有普遍意義。
反思“非典”疫情，暴露了我國緊急狀態立法以及緊急狀態下行政權力行使的問題。我國雖然製定了包括戒嚴法、國防法、防洪法、防震減災法和傳染病防治法等法律在內的緊急狀態法律，這些法律規定了政府在不同的緊急狀態下可以采取的緊急措施，以及公民在緊急狀態下應當受到限製的權利和必須履行的法律義務，總的來說，我國在緊急狀態立法領域是有法可依的。但是，我國沒有在憲法中規定統一的緊急狀態法律製度，也沒有一部統一的緊急狀態基本法。首先,緊急狀態法律規範體係不完整。現在單行的法律隻適用某種緊急狀態，而緊急狀態的預測、監測、報告體係，應急預案的製定，緊急狀態下的統一指揮機製、物資調配機製，應急專門人才培養等都沒有統一的基本法規定；其次，緊急狀態下政府行政應急的權力和緊急措施規定不夠清晰，特別是缺乏必要的行政程序規範，很容易為政府隨意擴大行政緊急權力留下法律上的漏洞;再次,緊急狀態下公民權利的保障沒有底線，這就可能造成公民的權利在緊急狀態時期遭受侵害而無法獲得法律上的有效救濟。為確保突發公共衛生事件的處理，國務院頒發施行條例的舉措，表明了我國政府依法行政的努力和追求。但從緊急狀態立法性質看，製定統一的緊急狀態基本法勢在必行，這也是SARS疫情為我國緊急狀態立法提供了契機。總結我國控製SARS疫情的各項經驗和措施，借鑒國外緊急狀態立法經驗，我國製定緊急狀態基本法，必須把握好公民權利、自由的限製與保障的關係，必須處理好緊急狀態下政府行政應急權力的強化和控製的關係，必須充分暢通突發事件信息，樹立責任政府的理念，引導公民樹立正確的應對心態，增強公眾對政府應急能力的信任，保障突發事件的依法、及時、堅決、果斷地處置，維護最大多數人民群眾的根本利益，最終保護公民最長久的實現其自身的權利與自由。