忽必烈建元後，北方諸王掀起的此起彼伏的反抗和叛亂，是困擾 元朝統治的一個障礙。其中海都為首的西北諸王之亂，是元朝初年最曠日持久的戰亂，這次戰亂不僅貫穿整個忽必烈朝，而且一直綿延到成宗在位期間，前後長達近半個世紀。忽必烈在位30多年中，與分裂勢力和叛亂勢力進行了十分激烈的鬥爭。在軍事上對叛亂勢力的堅決鎮壓，對鞏固元代多民族國家的統一起了很大作用。
忽必烈與八思巴的會見
八思巴（1235～1280），法名洛卓絳稱伯讓波（智幛吉祥賢）。藏傳佛教薩迦派的第五世祖師，名字意為“聖者”。元憲宗三年（1253）奉皇弟忽必烈之召，會見忽必烈，與後者建立了密切的關係。忽必烈即位後，八思巴被尊為“國師”、“帝師”。
佛教自7世紀傳入吐蕃，9世紀中葉，因遭到吐蕃王朝達瑪讚普“禁佛”的打擊，一度衰落。吐蕃王朝瓦解後，西藏社會陷入分裂狀態，奴隸製也逐漸向封建農奴製轉化，10世紀後半期，佛教又開始複興。11世紀中葉，隨著封建農奴製的發展，各地農奴主的統治地位日益鞏固，彼此間的爭奪加劇，他們也各自同佛教勢力建立了密切關係，藏傳佛教也因而形成了不同的派別。當時，影響較大的有噶當（“噶”，藏語意為“佛語”；“當”，意為“教授”或“教誡”，“噶當”意為一切佛語——經律論三藏都是對僧人修行全過程的指導，該派在藏北當雄西南建熱振寺）、噶舉（藏語意為“口授傳承”，該派支係最多，噶瑪噶舉、蔡巴噶舉、帕竹噶舉是其較大的派係，其中噶瑪噶舉派首創活佛轉世製度，有黑帽係和紅帽係兩個活佛轉世係統）和薩迦（藏語意為白土，因其寺建在灰白色土地上得名）等派。
有確切記載的西藏僧俗代表人物與蒙古統治者建立聯係的當始自窩闊台的兒子闊端，但中外藏學家中也有人提出這種聯係的建立可能開始於成吉思汗時期。
無論如何，薩迦派與蒙古上層的聯係確始於闊端而政治關係的確立則完成於忽必烈。
窩闊台即位後，將河西地區賜給了次子闊端。闊端駐於涼州，負有向藏族地區發展勢力的任務。闊端招降了金朝鞏州總帥汪古人汪世顯，任命來降的臨洮吐蕃人趙阿哥潘為疊州安撫使，控製了甘、青、川邊界的藏區，為向西藏發展勢力打下了基礎。元太宗窩闊台十一年（1239），闊端派遣多爾答等率兵人藏，軍至藏北彭城，四出抄掠，焚毀了熱振寺和傑拉康寺，殺死了五百多僧人。征服了西藏地區，使所有“木門人家”都交納貢款。東從貢波以上地方，西至尼泊爾，南至捫地區一帶，所有王城都被元軍征服，收歸在元朝國法壓製之下，遵從元帝之命，並派遣使臣朝覲元都。
繼武力征服之後，他又遣使入藏，征聘當地有影響、有威望的人士，以便通過他們更好地治理和控製西藏。使者入藏，在廣泛地了解情況後，向他作了彙報，他決定首先征聘精通佛教經典的大學者薩迦派第四代祖師薩迦·班智達·貢噶堅讚，闊端遣使帶著皇帝的詔書前往迎請，薩班在與其周圍重要人物商量後，決定前往。
1243年，薩班與其兩個侄子八思巴和恰那多吉隨使者上路，一路上講經傳法，1246年八月到達涼州。此時，正值大蒙古國選舉大汗的忽裏勒台召開之際，闊端不在涼州。第二年一月，薩班一行才得以謁見闊端，他為闊端講經說法，治病禳災，很受器重。闊端說：“汝攜帶如此幼小之八思巴兄弟及侍從一起前來，是眷顧於我。汝以頭來歸順，他人以腳來歸順，汝係因我召請而來，他人則是因恐懼而來，此情吾豈能不知！八思巴兄弟先前已習吐蕃教法，可仍著八思巴學習之，著恰那多吉學習蒙古語言。若吾以世間法護持，汝以出世間法護持，釋迦牟尼之教法豈有不遍弘於海內者歟！”實際上，闊端在學習佛法的同時，更重要的是向薩班勸降。薩班受到的禮遇，使他確信依靠蒙古貴族將有利於薩迦派的發展。因而在這裏薩班已經代表西藏各派勢力同蒙古貴族進行了談判，並決定西藏歸附蒙古。條件是蒙古國在西藏調查戶口，編造清冊，征收賦稅，任命達魯花赤；西藏各派僧俗人士，仍可繼續任職，從而確定了蒙古貴族依靠薩迦派控製西藏的方針。
1251年，蒙古諸王、大臣的忽裏勒台選舉蒙哥為蒙古國大汗。蒙哥任命其弟忽必烈總漠南軍國事。薩班歸降蒙古的決定並沒有得到全體藏地上層人士的認可，甘、青和川西的一些部落還沒有完全歸附，西藏的一些教派上層也在進行抵製。蒙哥一方麵遣和裏解統吐蕃等處蒙古、漢軍，與兩淮、四川等處蒙古、漢軍，“皆前征進”；一方麵利用薩迦派上層與闊端的關係繼續對各派上層進行勸降活動。
十一月，薩班死，八思巴繼為薩迦派教主。
憲宗二年（1252），蒙哥下令在漢地、斡羅斯和吐蕃等地清查戶口。八思巴以薩迦派教主的身份寫信給西藏僧俗上層，一方麵通報薩迦·班智達病逝的消息，一方麵通報蒙哥即位和清查戶口的有關情況，並遣格西多吉周和鬆布等與清查使者同往。以便向吐蕃上層解釋詳情，避免驚懼，保證括戶順利進行。