元順帝遷都應昌後又先後組織了三次攻擊大都的戰爭，但都以失敗而告終。在這之後明軍以物質基礎雄厚的中原及江南地區作為依托，掌握了戰爭的絕對控製權。
1369年，明將徐達與常遇春進兵陝西，元軍或死或降或自殺，兩員大將所向披靡，最終迫使北元漢將李思齊陷入了孤軍無援的境地，投降了明朝。涇陽張思道得到這一情報後，遣部將張良臣守慶陽，自己則率軍走寧夏與擴廓帖木兒會合。明將湯和部在涇 州會師，兵力集中到了一起。同時元軍也開始集中兵力，王保保重新組織起軍隊與元將張良臣合兵一處，先後攻克了原州、涇州。但很快也被明軍擊敗了。
1370年，元順帝在應昌病逝，皇太子愛猷識理達臘即位，為元昭宗，年號宣光。朱元璋把握戰機，趁北元新舊交替之機，集結優勢兵力重點進攻元昭宗駐地應昌及陝甘寧一帶王保保的軍隊。這次明軍兵分兩路：西路軍由大將徐達率領，自潼關出西安，進兵定西；東路軍由李文忠率領，由北平（明朝把元大都改為北平，意即“平定北方”）經萬全，過野狐嶺，直趨應昌。徐達大敗王保保軍於沈兒峪，北元軍將士8萬餘人被俘，王保保隻攜妻子兒女及少數軍士強渡黃河，逃到了和林。
明東路軍也同樣大獲全勝，在戰鬥中俘虜了元昭宗子麥德裏巴勒及後妃、宮人、諸王家屬等，元昭宗隻帶著少數隨從逃到了和林與王保保會合，抱頭痛哭。
1372年，因北元殘餘勢力對明北邊不斷攻襲，構成了直接威脅。因此，在這一年的春天，朱元璋命大將徐達、李文忠、馮勝兵分三路，率大軍15萬，再次北征。
在這次進攻中，作為主攻的徐達與李文忠並沒有取得什麼戰果，反倒是作為疑兵的馮勝軍歪打正著，收到了成效。李文忠的東路軍出居庸關，直取應昌，隨後經達口溫、克魯倫河、土拉河、斡難河直到稱海，和元軍激戰，明軍失利，損失了曹良臣等幾員驍將，兵敗回師。徐達的中路軍也遭到了同樣的命運。他率軍出雁門關，在嶺北與北元的王保保和賀宗哲的軍隊遭遇，被元軍伏擊，死傷數萬人，大敗撤軍。
唯有馮勝的西路軍出金蘭到達蘭州、掃林山、亦集乃路，直到瓜州和沙州，連續擊敗元軍，獲勝返回。這也許和元軍的力量受到徐達和李文忠牽製有關。
1374年，明軍向元軍發動了又一次攻擊。這一次明將李文忠、藍玉分別率兵進攻興和、大寧、豐州，取得大勝。隨即明軍乘勝追擊北元殘軍至豐州，北元魯王與司徒答俊海、平章巴都、知院忽都等紛紛戰死。
從1368年到1374年，明朝對北元多次用兵，盡管將北元軍逐出了陝、甘、寧一線，但明軍也付出了死傷40餘萬人的慘重的代價。所以，明太祖朱元璋深感平定北元不易，於是逐漸改變了對北元的戰略方針，以戰略防禦為主。朱元璋分別遣將在山西、北平等處練兵備邊，防範元軍南進，同時遣還元昭宗之子麥德裏巴勒，與元人議和，暫時休戰，從而穩定了北方。然後他將目光轉移到了國內的經濟恢複與政局的穩定上。
經過十餘年的休養生息，明朝的內部政治已穩定下來，經過長期戰亂破壞的經濟生產也得到了一定的恢複，朱元璋的目光便又移向了北方，他決定徹底消除北元的威脅。1387年，朱元璋派遣馮勝、傅友德和藍玉等率領20萬大軍北伐。
明軍繞道慶州，包圍了納哈楚軍隊駐地。納哈楚在得到明軍的許諾後，率10餘萬北元兵將投降，明軍得勝回朝。不久馮勝獲罪，明軍的軍事指揮權移到了藍玉身上。1388年，藍玉率領明軍北上，在捕魚兒海（今內蒙古貝爾湖）徹底擊敗了元軍。北元脫古思帖木兒汗僅與數十騎逃遁，途中被阿裏不哥的後代也速迭兒殺死，結束了忽必烈後代對蒙古國大汗的承襲。隨後也速迭兒自立為汗，到這裏，元朝以及其殘存勢力——北元徹底完結。沒想到忽必烈與阿裏不哥自1258年開始的汗位爭奪，直到這時才由他們的後人畫上了一個句號！
名家回眸
黃仁宇先生在《中國大曆史》中寫道：“元朝的第十一個皇帝，他在位35年，可是他也是元朝最後一個皇帝，在明軍入大都時奔回漠北使元朝在中國曆史裏成為一個被逐出境的朝代。”百年前，蒙古軍隊猶如上帝之鞭，鐵馬長弓，憑借著一腔原始的豪情，以極少的人數，完成了人類曆史上史無前例的征服。然而百年之後，蒙古鐵軍被漢人軍隊逐步擊潰，如同摧枯拉朽，退回了當初的水草地，真是不得不令人感歎，此一時，彼一時。