遊戲過程中可以收集DNA點數，來不斷修正病原體的傳染能力與致病能力，同時要避免被政府和藥物封鎖壓製。
當殺死所有人類時，玩家勝利。
反之，當病原體感染被封鎖在一個地區無法再向外傳播，或者治愈藥物研究成功發放出去，即為遊戲失敗。
可選的病原體有很多種，從最常見的細菌、病毒、真菌、寄生蟲，到納米病毒、生物武器甚至是一些虛構的特殊病原體，種類繁多。
每種病原體都有不同的特性與玩法。
正是因為病原體選擇的多樣性，才使得這個地圖極簡——主場景隻有一張世界地圖，對，就是地理書上的那種世界地圖，一眼能看見幾大洲幾大洋的那種——操作單一的遊戲充滿了可玩性。
但以上，全都不是讓關理想起它的原因。
作為一個體量偏的單機遊戲，《瘟疫公司》自帶的病原體種類也就那麼多個，多玩玩也就玩透了。
於是創造力爆棚的玩家們……開始玩起了MOD。
MOD，即“modification”，本意為“修改”，但在遊戲領域，常被稱為“模組”。
可以直接將MOD理解為：由非官方人士製作出來的，對遊戲的修改或增強程序。
曆史上有很多優秀的MOD，甚至出現了MOD比原作更有名的情況。
一個顯著例子就是一代中國玩家們曾玩過的《紅色警戒2》。
——絕大多數中國玩家玩到的都不是原版《紅警2》，而是它的MOD《共和國之輝》。
隻要遊戲裏出現了中國陣營，那玩的就是《共和國之輝》，因為原版遊戲根本沒中國……
《瘟疫公司》層出不窮的MOD，也充分發揮了廣大玩家們超凡脫俗的聯想能力。
有自己修改出新病毒槳二刺螈”，並用“二刺螈”去毀滅世界的。
有利用解藥機製並修改勝利條件，把《瘟疫公司》玩成了《解藥公司》的。
也有愛好者使用SCP的概念來製作病毒。
“SCP-008-喪屍病毒”、“SCP-217-發條病毒”這種名字裏都帶“病毒”倆字的SCP項目最先遭殃。
其它比較有名的、可傳染性的SCP，也都被紛紛下手。
甚至於本來跟“瘟疫”不搭邊，隻是有一定名氣的SCP，也都被拉過去做進了遊戲。
一時間，無數K級末日情景紛紛在《瘟疫公司》的地圖內上演。
其慘烈程度讓基金會為之側目。
關理偶然接觸過那些SCP模組，甚至嚐試過不同作者製作出的不同MOD，每個都有一定的差別。
——這個008的傳染性爆炸了，那個008致死性略可怕，還有一個008……來賣萌的？
看著病原體頂著SCP的名字在世界上肆虐，確實很有趣味。
尤其是在一些場景文字被觸發的時候，又可怕又想笑。
遊戲提示：“SCP-173已經進入了中國！”
世界新聞：“令齲憂的新疾病在中國被發現。”
神特麼新疾病，受害者全都是被扭斷脖子秒殺的，哪家醫院那麼厲害連這種“病”都能治？