楊光先與傳教士之爭以及傳教士與清政府的禮儀之爭導致清政府對傳教事務的厭惡，並由此發展到宣布禁止傳教士在華活動。不過，這些爭論的另一個後果亦頗為有趣，那就是康熙帝個人因此而熱心於研究西方文明，他開始注意科學事物，並對數學發生了濃厚的興趣。特別是當發現朝中大臣對西方文明幾乎一無所知時，他便決定親自鑽研學習。據與其有密切接觸的傳教士說，康熙帝熟悉科學的許多領域，每日都致力於鑽研，還要處理國務，所以他在上午和下午都拿出一定時間專心於學習。不過，根據南懷仁觀察，康熙帝雖然對西方科學技術有著非常興致，但他似乎對基督教並不信仰；他雖然鼓勵臣民向西方學習科學技術，然而他又要求臣民必須明確區分宗教與科學技術之間的界限，禁止基督教在中華帝國的傳播。
繼康熙帝君臨帝位的雍正帝，對在中國的耶穌會傳教士以及其他傳教士和西方文明的政策與態度，在很大程度上受到他繼位問題的影響。因為不論他是否是弑父繼位，但在其統治的最初幾年，他一直忙於鎮壓他的反對者則為事實。他不喜歡傳教士，因為傳教士中的一些人曾經在他繼位問題上明顯地站在他的反對者一邊。他雖然寬恕了在北京的一些高層傳教士，但對在外省的傳教士則采取了比乃父時期更為嚴厲的限製措施。據宋君榮神甫耳聞目睹，雍正帝從根本上不相信基督教理論，他曾當著傳教士的麵把天主教大罵了一通，盡管他也承認天主教會曾給中國帶來某些“裨益”，但他仍把天主教與那些邪惡的教派相提並論，他確實太痛恨天主教了。
雍正帝認為，天主教作為外來宗教，不可能在中國生根開花結果，隻能引起中國人的憎惡，大清王朝如果允許這種宗教在中華帝國流行，隻能有損於政府聲譽。而且從天主教教義看，它所具有的好東西在儒家文明中都有，儒家文明所存在的荒唐可笑之處在天主教中同樣存在。如把一個人變成神的耶穌，還有什麼永恒的苦和永恒的樂，其實都是欺騙人民的荒唐東西。為了不以容忍天主教在中國的傳播而引起中國人憎惡，雍正帝首先不惜代價根除自己家族中的天主教徒，用強製辦法迫使那些親王們棄教，人為抬高佛教與道教的地位，以與天主教相抗衡，並企圖將儒道釋三教合一，組成一個新的聯盟。
基於對天主教的認識，雍正帝對西方科學技術也不像康熙帝那樣熱心。乾隆帝更對西方科學技術與文化采取了極端蔑視態度，他雖然也允許一些歐洲人在北京生活，從事天文研究與藝術創造，對於一些能夠遵守大清王朝法律和禮俗的西方傳教士在外省傳教，乾隆帝也並不橫加幹涉，他也愛好收藏西方的藝術作品，並請傳教士中的設計師按照意大利風格設計修建了舉世聞名的圓明園。然而或許由於他性格坦率，思想開朗，厭惡虛偽的緣故，正值康乾盛世巔峰期的乾隆大帝似乎從心底裏瞧不起西方文明，對於西方文明特別是那些製作精良的各種科學儀器，總是直率地持一種嘲弄態度。有一次，乾隆帝在圓明園遊玩時，竟當著傳教士的麵，指著一架英國生產的水泵說：“這些東西可以哄小孩玩。”在乾隆大帝的心目中，大清帝國為“萬國來王”的天朝上國，西洋各國都不過是微不足道的蠻夷小國，哪有天朝上國向蠻夷小邦學習的道理？
另一方麵，作為大清王朝的政治領袖，從順治帝到乾隆帝，他們無不崇尚中國古典文化，倡導士大夫研究中國固有文明，從心態上多少表現出以中國固有文明與西方文明相抗衡的傾向和意識。早在滿族人入主中原之前，滿洲貴族就對中原文明表現出相當濃厚興趣和崇拜，並將中原文明中的刑法、軍事戰術以及不少文學作品譯成新體滿文，以便在滿洲人中間流傳。入關之後，攝政王多爾袞積極而頗富遠見地爭取漢族知識分子的投效，沿襲明朝大部分製度和慣例，通過科舉考試和薦舉，結納、籠絡漢族士大夫，並確實從中選擇了一批頗富學識的人擔任新朝官員。如明末被文壇普遍稱道的“雲間六子”之一的詩人李雯，便成為多爾袞的密友，他曾替多爾袞“捉刀”撰寫過著名的致史可法勸降書。
多爾袞個人並不通曉漢字，但他對中原固有文明的好感無疑深深影響了清朝入關後的第一個皇帝順治帝。順治帝是一位好學和明智的年輕君主，在他開始執掌朝政時很難看懂向他呈遞的漢文奏折，由此他深感自己對漢文的無知所帶來的障礙。於是從十幾歲開始他就以極大的決心和毅力攻讀漢文，在短短幾年時間裏便能熟練運用漢字讀寫，評定考卷，批閱公文。順治帝對漢文小說、戲劇和禪宗佛教文學的興趣也不斷增長，並且留下許多漢文作品，包括一些對儒家、道家經典的解釋，還有許多詩詞。雖然以他的名義刊行的十五部著作可能沒有一部是他親自執筆的，但在另一方麵也反襯了清朝皇帝對中原固有文明的愛慕之情，以及一個征服民族迅速屈服於被征服民族的文化並為其同化的曆史過程。
接替順治帝統治中國的康熙大帝，雖對西方文化表示讚賞，並力圖加以吸收，但他正如胡適後來所評價的那樣，更是中國傳統文明的“偉大讚助者”。在滿漢關係仍然相當緊張的清朝早期，康熙帝便禮賢下士，特開博學鴻詞科以招攬眾多有能力的漢族學者與清政府合作，共同振興中國傳統文明。對那些一直對新政權持反對立場、抗拒態度的漢族學者，康熙帝設法緩和他們的不滿情緒，支持他們從事自己所喜愛的明史編修工作，從而比較有效地消磨了他們的反抗意識。在康熙時代，中國傳統文明開始複興，並取得了相當成就，以他的名義整理刊行了一大批有關中國古典文明的大型圖書，如《康熙字典》、《佩文韻府》等，這對於中國傳統文明的保留、複興與繁榮，預留了發展空間，奠定了可靠基礎。
雍正帝較其父康熙大帝，對中國傳統文明更為崇拜。即位之初，便追封孔子五世先人為“王爵”，並真正把孔子作為老師來對待，在中國曆代帝王中第一個向孔子行跪拜禮。雍正帝認為，孔子以仁義道德啟迪萬世之人心，以三綱五常教人安守本分，五倫以明，後之繼天禦宇，兼君師之任者有所則效，以敷政立教，企及乎唐虞三代之隆。很顯然，雍正帝出於最功利最現實的考量，認為孔子之道“其為福於群黎也甚溥，而為益於帝王也甚宏，宜乎尊崇之典，與天地共悠久”。因此應當對孔子學說大加弘揚。雍正朝還繼承康熙朝的傳統政策，以程朱理學為儒家文明正宗，以科舉考試籠絡漢族士大夫；並試圖以儒釋道三家思想相結合抵製西方文明在中國的傳播和影響。
清朝統治者對中國傳統文明的提倡，到乾隆時期達到頂峰。乾隆帝不僅個人畢生致力於文學事業，以他的名義發表的詩詞總數超過四萬二千首，成為中國曆史上最高產的詩人（當然，其中不乏由他人代筆的“禦製”）；而且，乾隆帝像他的祖父康熙大帝一樣，畢生致力於中國文明複興，從而使顧炎武、閻若璩等人倡導的、自十七世紀開始形成的“漢學運動”至此達到空前繁榮，史稱“乾嘉漢學”。
乾嘉漢學的繁榮，或者說漢學運動的昌盛，除了統治者提倡外，當然還有其他更為複雜的政治和文化背景。
就政治背景而言，滿洲貴族在定鼎中原後一個相當長時間裏，統治根基遠未穩固，漢族人民特別是知識階層對滿洲人的仇視並沒有隨著八旗鐵蹄踏平中原而消解，相反，具有深厚文化根基的漢族士大夫存在著普遍的抗清意識。在開始一段時間裏，清朝統治者忙於集中精力對付抗清的武裝力量，而對一般漢族士人則采取比較緩和的措施，並不過於計較他們普遍存在著的譏清意識和看不起新朝統治者的傲慢做派。為了大清王朝的整體利益，清朝統治者忍了又忍，甚至通過特設博學鴻詞科的特殊辦法對漢族知識階層表現出一種和平謙恭姿態。這是順治朝和康熙初年的大致情況。
然而到了康熙末年和雍正、乾隆時代，大清王朝在全中國的統治已基本上鞏固，全國的經濟狀況也獲得了恢複，武裝的反抗力量已基本被鎮壓下去。在這種情況下，清政府沒有必要繼續向那些不合作甚至敵視滿族政權的漢族士大夫作和平姿態，而是采取了一種強硬措施，鉗製言論，壓製排滿思想，於是先後形成一批有影響的文字獄案。
在康熙時期，較大的文字獄有兩起，一是莊廷鑨的《明史》案，一是戴名世的《南山集》案。
康熙二年（1663年），有人告發莊廷鑨所刊《明史》有“大逆不道”言論，其實不過是莊氏站在明遺民的立場上記述明末史事，書中仍奉明朝年號，不承認清朝正統，在提及明末建州女真事時，不僅直呼清太祖努爾哈赤的名字，而且在有些地方甚至使用了“奴酋”等不敬不雅之辭。這是新舊王朝更迭之際必然出現的語言混亂狀態，舊朝遺民無法很快適應新朝的政治環境，借古諷今、譏諷新朝所在多有，這不過是中國士大夫的雕蟲小技、炫耀賣弄而已，並不具有多少堅定的抵抗意識。然而，輔政大臣鼇拜在接到告發後，竟以尚未親政的康熙帝的名義下旨嚴加追究，將已去世八年的莊廷鑨剖棺戮屍，全族獲罪，或被淩遲處死，或被斬殺，或不堪受辱而自盡。凡作序、校閱及刻書、印書、賣書、藏書者均慘遭屠戮或牽連。
莊廷鑨的《明史》案爆發時，康熙帝尚未親政，故不足以說明康熙帝個人對於漢族士大夫的態度，而康熙五十年（1711年）所發生的戴名世的《南山集》案則是康熙帝一手處理的，在一定程度上反映了他對於漢族士大夫知識分子的本質態度。
據刑部題奏，左都禦史趙申喬在戴名世刊行已久的《南山集》中發現錄有南明桂王史事，不用清朝正朔，改用南明年號，故被視為居心不良，狂妄不謹，妄竊文名，恃才放蕩，私刻文集，肆口遊談，倒置是非，語多狂悖，逞一時之私見，為不經之亂道。於是趙申喬建議清廷據此治罪。
值得注意的是，《南山集》是戴名世的舊作，並不足以反映他現時的思想狀態。事實上，當這一案子爆發時，戴名世的思想傾向已大為改變，他不僅不再反對滿洲人的統治，實際上他已與新朝有了相當密切的合作，食新朝俸祿，以殿試一甲第二名進士及第授翰林院編修。
然而當清廷接獲舉報後，康熙帝龍顏大怒，並不考慮戴名世的“現實表現”，命刑部徹底追究戴名世借古諷今的“曆史錯誤”，不僅將戴名世處斬，而且將戴著所引用的《滇黔紀聞》的作者方孝標剖棺戮屍，並罪及戴、方兩族及與此書相關的刻書、作序、出資者等三百多人。
莊廷鑨的《明史》案及戴名世的《南山集》案，確實反映了康熙帝的文化專製主義傾向，不過從統治者的立場看，這也和當時漢族士大夫對異族統治心懷不滿，或者反過來說，居人口絕對少數的異族統治者麵對龐大的漢族知識群體而必然發生的鉗製人口的措施，誅戮的雖然是莊廷鑨、戴名世，其根本目的則在於敲山震虎，殺雞儆猴，以便將各種異端思想扼殺在萌芽之中。所以我們不能僅僅從這些個別的案例中得出康熙帝是在與整個漢族知識分子群體為敵，恰恰相反，在某種意義上說，康熙帝對漢族知識分子還是尊重的，而其子雍正帝由於其繼位問題的深刻影響，使他對漢族知識分子則表現出更多的猜疑與防範。
雍正七年（1729年），湖南靖州人曾靜，因考試劣等，家居憤鬱，忽憶及先前因應試州城，得見清初浙江學者呂留良評選時文內，多有夷夏之防及井田、封建等問題的討論，言詞激烈。遂使曾靜了然有悟，覺得有可利用之處，於是命其得意弟子張熙至浙江呂留良家中訪求呂氏遺書，內皆憤懣激烈之詞，益加傾信；又往訪呂氏之徒嚴鴻逵及鴻逵之徒沈在寬等，往來投契，因致沉溺其說，妄生異心，醞釀反清，揭發雍正帝謀反、逼父、殺兄、屠弟等罪狀，遣其徒張熙變姓名投書於川陝總督嶽鍾琪，略言清為金裔，嶽鍾琪乃鄂王後，勸令複金宋之仇，同謀舉事。
不管嶽鍾琪是什麼人的後人，也不管這個前人受到清政府多少欺詐，嶽鍾琪現在畢竟是清廷命官，他不可能聽從張熙這種毛頭小子胡言亂語，他對張熙的這些說法既害怕又憤怒，於是將張熙拘禁起來。
張熙當然也不是膽小怕事，在他被拘禁之後並沒有將曾靜及事情的前因後果供出，不肯言其實。嶽鍾琪於是將張熙置於密室，假裝答應張熙的請求，表示將參與張熙所說的這個反清義舉。在這種背景下，張熙終於上了嶽鍾琪的大當，始將曾靜及整個策劃過程、策劃細節都告訴了嶽鍾琪。
嶽鍾琪獲取這些情報後，遂向清廷報告。雍正帝遂命刑部侍郎杭奕祿及正白旗副都統覺羅海蘭前往湖南，會同湖南巡撫王國棟拘捕曾靜。在清廷“教育”下，曾靜幡然醒悟，自悔從前執迷不悟，萬死莫贖，今乃如夢初覺，因俯首認罪，甘服上刑，又知聖朝深恩厚澤，皇上大孝至仁，心悅誠服。內閣九卿等備錄供詞，進呈禦覽。
出*王朝整體利益的考慮，雍正帝在全麵研究了曾靜謀反整個案情後決定，除造作布散流言之逆黨另行審明正法外，下令將曾靜、張熙免罪釋放，並將曾靜、張熙等人往來文書以及歸案後的審訊記錄等文件彙編為《大義覺迷錄》一書，刊刻頒布天下，俾讀書士子、鄉曲小民及將來後學新進之士，人人觀覽知悉，以從根本上消弭漢族士大夫對滿洲人的敵視，將一切可能的敵視意識扼殺於萌芽狀態。
鑒於曾靜已真誠悔過，其罪責不再追究。至於早已過世的清初學者呂留良，雍正帝絲毫不予客氣，不但下令將其戮屍滅族，焚毀呂氏全部著作，並對他人引用呂氏言論的著作也一律收回銷毀，消解流毒。雍正帝還為《大義覺迷錄》親撰敘言，為自己洗刷辯解，企圖以謊言和血腥鎮壓相結合，軟硬兼施，達到鉗製人口，不再妄議朝政、誹謗聖主的政治目的。
乾隆時代，清王朝的政治專製達到高峰，這時雖然沒有大規模的文字獄，但文網之嚴密，羅織之苛細，則是康熙、雍正時期所未有，使知識分子動輒得咎，無所適從，人人自危，時時處處事事惶恐不安。在這種心態支配下，知識分子如驚弓之鳥，無法也根本不願從事與現實政治有密切關聯的經世致用之學，甚至不敢研究曆史，不敢讀書。“古人之文一涉筆必有關係於天下國家，今人之文一涉筆唯恐觸礙於天下國家。此非功令使然，皆人情望風覘景畏避太甚。見鱔而以為蛇，遇鼠而以為虎。消剛正之氣，長柔媚之風，此於世道人心實有關係。”於是，大量漢族士大夫知識分子隻得走上與現實相脫離的道路，一頭鑽進故紙堆：“詮釋古訓，究索名物，真所謂於世無患，於人無爭，學者可以自藏焉。”在這個意義上說，所謂乾嘉漢學就是清政府極端專製主義政治高壓的產物，其情形與東漢末年黨錮之禍而導致儒家經學一度畸形繁榮相類似，在那次畸形繁榮中湧現出鄭玄、何休等大師，而這一次似乎也必須導致這樣的結果。這真是中國政治的大不幸而文化的大幸。
就文化背景和文明發展的一般趨勢、學術史的內在邏輯而言，乾嘉漢學的興起是對宋明理學的反叛，也是中國文明發展的必然趨勢，並和當時滿漢之間的矛盾與鬥爭密切相關。
入清以後，由於陽明學說特別是陽明後學日趨空疏，漢族士大夫知識分子已不屑於作王學傳人，而一反王學，繼而反對整個宋明時期的學術風尚，而遙繼兩漢學術旨趣。此時學術界的主流是遵循顧炎武、閻若璩、胡渭等人開創的“好古敏求”、“經世致用”的漢學路線，企圖通過對古代經典的重新詮釋，發掘中國文明的精髓，重建中國文明新體係。
顧炎武崇尚實學實事，嚐與友人論學說：“百餘年來之為學者，往往言心言性，而茫然不得其解也。命與仁，夫子所罕言；性與天道，子貢所未得聞。性命之理，著之《易傳》，示嚐數以語人。其答問士，則曰行己有恥，其為學，則曰好古敏求。其告哀公明善之功，先之以博學。顏子幾於聖人，猶曰博我以文。自曾子而下，篤實無如子夏，言仁則曰博學而篤誌，切問而近思。今之君子則不然，聚賓客門人數十百人，與之言心言性；舍多學而識以求一貫之方，置四海之困窮不言而講危微精一；是必其道高於夫子，而其弟子之賢於子貢也。《孟子》一書言心言性亦諄諄矣，乃至萬章、公孫醜、陳代、陳臻、周霄、彭更之所問，與孟子之所答，常在乎出處去就辭受取與之間。是故性也，命也，天也，夫子之所罕言而今之君子之所恒言也；出處去就辭受取與之辨，孔子、孟子之所恒言而今之君子之所罕言也。愚所謂聖人之道者如之何？曰博學於文，行己有恥。自一身以至於天下國家，皆學之事也。自子臣弟友以至出入往來辭受取與之間，皆有恥之事也。士而不先言恥，則為無本之人，非好古多聞，則為空虛之學。以無本之人，而講空虛之學，吾見其日從事於聖人，而去之彌遠也。”