第三天，李玄帶了一麵軍旗，來到營地。
這是一麵黑色的旗幟，上麵畫著白色的北鬥七星。李玄集合隊伍，正式將這麵旗幟授予崔寧，同時將這支三百人部隊正式命名為“指南軍”。
“指南軍，將會成為大唐軍隊中最強的強軍！你們每個人，都是強中之強！記住，你們不是一個人去戰鬥，而是以一個整體去戰鬥！隻有每個人強了，整個軍隊才會強。而三百人合在一起的力量，將會無敵於天下！”
簡短地訓話結束之後，李玄便正式委任徐土根，作為指南軍的教官。並交給他一份詳盡的《指南軍軍規》。
隨後，在很長一段時間裏，他再也沒有在軍中露麵。而是由土根每天晚上接受他的任務，第二天去執行。
李玄將這支軍隊定位成一支擅長山地叢林作戰的特種部隊。他擬定了一個詳細的訓練計劃。
土根是一個簡單的人，他可以忠實地將李玄的命令變為執行。
指南軍有了自己的營地，訓練場，軍營的夥食好得不能再好，但訓練的強度和方法卻讓人痛不欲生。所有的人，包括崔寧，都把李玄看成了一個惡魔，一個折磨他們的魔鬼。而這個惡魔，卻躲在背後。土根隻是他的替身。
無休無止的體能訓練，三天一次的攀岩，爬山。十天一次的野外生存訓練。搏擊，近身格鬥，偷襲，潛伏，刺殺，下毒……這些，跟大唐軍隊平日的操練完全風馬牛不相及。但在李玄定下的獎懲製度下，沒有人敢違背軍規。
漸漸地有十來個軍士被淘汰，李玄讓土根將他們集中起來，隻讓他們每天幹一件事，往遠遠的一個大籮筐裏投擲石塊。
李玄自己則一頭撲在了武器的開發上。
由黃庸負責的“軍研所”，設在一個小山凹裏，為了保密，李玄還調了十來個士兵輪流在外值守。
李玄將後世記憶所及的一些特種武器，一個一個地開發出來。
首先他設計了一係列的攀登工具。比如狼牙狀的手扣，可以套在腳上的釘齒鞋套，係在腰間的帶著鉤子的皮帶等等。
還有三棱軍刺，手弩，甚至忍者使用的飛菱，飛鏢。
沒有教官，李玄便讓土根從軍中選拔。一些擅長格鬥和使用暗器的軍卒很快被升了官，變成伍長，什長，充當教官的角色。一張標明了人體各個脆弱部位的示意圖，也交到了這些肉搏教官手裏，每個士兵都習慣於一招製敵於死地的方法。
這支隊伍不再操練各種戰陣，而是分成三個人一組，專門訓練如何潛伏，接近目標，突然實施有組織的刺殺。每個人分工明確，在李玄製定的獎懲製度中，戰功不再是以個人奪得首級為標準，而是以整個任務的完成為標準。
指南軍很快地脫胎換骨，成為一支十分詭異的軍隊。
李玄自己則把重點放在了開發火yao武器方麵。鳳磊已經從龍門老君山運來一船純淨的硝石。采購的“舶上硫黃”也又悄悄運到。。
黃庸在李玄的指導下，將硝石硫黃運用水飛的辦法提純，而拌上研細的炭粉，加水經過仔細的攪拌，弄成了顆粒狀，再用孔目篩反複篩取，得到了性能極好的顆粒火yao。
李玄對這種黑火yao的威力相當的滿意，有了這個基礎，他才能放心地發展火器。
李玄製定的火器發展計劃，是一個五年計劃。第一步，他把重點放在震天雷和火炮兩種武器上。
李玄認為，在當時的條件下，要想發展火槍，主要的技術瓶頸是鋼管，隻有冶煉技術達到一定水平，才有可能發展管狀火槍。