作為一個睿智的哲學學者，陳自元認為，哲學是時代的精神的精華。哲學要發展必須把握時代的脈博，關注世界的前途和人類的命運。正是基於這一樸質的理念，1993年陳自元從武漢大調到深圳市福田區委黨校工作，從而踏足這一塊中國改革開放最前沿的熱土。來到深圳的陳自元先後出任福田區委黨校校長助理、副校長，分管幹部培訓、學曆教育和科研等工作。在他的努力下，福田區委黨校連續三年被評為“深圳市幹部理論教育先進單位”；連續三年被評為“深圳市黨校係統學曆教育先進單位”，並被授予一個三等獎、兩個二等獎，科研成果在全市和全省區級黨校中更名列前茅。而站在改革的前沿，陳自元更是把握住了時代所賦予的偉大機遇，開始圍繞著“科學技術是第一生產力”問題，對認識的社會性、知識社會學、科學動力學、知識分子的地位和作用、國家體製改革等問題進行了深入研究，先後撰寫了《宗旨：為人民服務》、《關於改革國家所有製的思考》、《健全廉政機製加強廉政建設》、《事業與職業》、《關於特區之特的哲學思考》、《完善公務員條例加強公務員立法》、《論全民所有製企業的產權製度改革》、《企業員工各階層分析》、《論精神文明建設的戰略地位》、《教訓與思考》等論文，無論是充滿辨證的理智思考還是充滿了激情的為時代呼與鼓，在這些文章的行文流水中都充分流露了這一位哲學學者的深厚理論功底以及一位共產黨人的赤子之心。其中，他在這期間編著的《毛澤東思想政治教育的理論與實踐》，獲國家教委思想政治研究會優秀專著三等獎、《關於特區之特的哲學思考》，獲得了廣東省黨校係統第一屆優秀科研成果獎以及深圳市第二屆社會科學優秀成果論文二等獎、《論全民所有製企業的產權製度改革》，獲深圳市黨校係統第一屆優秀科研成果三等獎、《企業員工各階層分析》，獲廣東省學校係統第二屆優秀科研成果三等獎……優其是發表於1996年人民大學報雜的《關於特區之特的哲學思考》以及《論全民所有製企業的產權製度改革》對支持當時特區的持續改革以及國有企業改革的起到了理論以及輿論支撐的積極作用。這一篇篇把握著時代的脈動，把哲學精華與中國國情相結合論文正是作者為駐足於中國改革開放的前沿的黨校教研者以及從事社會學、哲學的研究的學者站在哲學之巨人的肩膀以及時代潮流的大潮之中，潛心鑽研、筆耕不倦、創新與實踐的精華結晶。
福田區委黨校作為一個“三校一體”的多功能、多學科的學校，其教學和科研這兩條腿在不斷產生深層變革深圳特區顯得尤為重要。沒有前瞻性的目光，就會瀉後於社會的發展；沒有較高的科研水平，就不會有較高的教學質量；沒有一定的科研能力，也不可能使黨校成為“中心區”建設者的培訓基地。而作為負責主持福田區委黨校日常工作的陳自元，更把他二十多年的學術成果與特區建設的實踐相結合，轉化成為建設新時期黨校的力量，而在他這一位具有深厚的哲學理論功底、前瞻性目光以及開拓創新精神的校長主持工作下，福田區委黨校在與特區建設與時俱進的進程更不斷開創著新的輝煌。