距離得到神紋殘片已經有一個月了，在這一個月間，神紋差不多徹底和殘片融為一體了，對於查爾斯那剩餘的一塊殘片，感應也愈來愈強烈了。
除了神紋的問題外，世界的劇情發展也接近了尾聲。
先是喜歡魯魯修的女孩夏利約他一起去聽音樂會。白天zero率黑色騎士團與京都交涉成功、確立了合作關係。而夏利白天去成田認屍，原來夏利的爸爸在成田一戰中犧牲了。晚上見麵時夏利和魯魯在雨中親吻。程飛當時就在旁邊偷看，感覺特刺激！
之後魯魯修參加完夏利爸爸的葬禮回來，心中動搖，但已經走上了修羅之路便沒有退路。維萊塔因被Geass影響過而產生了懷疑，告訴夏利魯魯修可能和黑色騎士團有關係，兩人跟蹤魯魯修。Zero在晚上的作戰中與lanclot衝突而受傷，lanclot又被紅蓮二式纏住，夏利揀了一把槍對著自己麵前暈倒的zero想為爸爸報仇，這時候zero的假麵掉了下來露出魯魯熟悉的麵容。
雖然最後夏莉死了，程飛也站在旁邊，不過他不想阻止發生的一切，因為沒有夏莉的死，就無法成就魯魯修之後的地位，一將成萬骨枯。
隨著之後的劇情發展，魯魯修希望有個騎士來一直保護娜娜莉，他選定了朱雀。傍晚黑色騎士團眾去解救藤堂，又一次遭到lanclot的阻擊，在四聖劍的攻擊下lanclot的駕駛倉被破壞，朱雀的麵容露出，原來一直以來的白色機甲就是朱雀，魯魯修苦笑。這時尤菲向媒體宣稱自己的騎士確定為朱雀。
阿什福特學園祭召開，有很多有趣的活動，還要製作世界第一的比薩，大家都很開心。尤菲碰上了娜娜莉。為了回到以前的生活，尤菲大膽地在學園祭上宣布神聖布裏塔尼亞帝國承認“日本人”，即將建立布裏塔尼亞人和日本人平等的特區。
雖然很多的人反對，但皇女已宣布的事情不好收回，日本行政特區的成立典禮召開。會場上zero出現要求與尤菲單獨交談，魯魯修被尤菲的善良與犧牲感動，同意合作成立日本特區，並開玩笑地說“我要是下命令的話誰也不能反抗哦，比如現在我說殺光日本人的話…”而偏偏Geass卻在此時失控了，玩笑變成了Geass指令，尤菲衝出去下令繳殺日本人，會場被鮮血染紅了，魯魯修含淚下令誅殺尤菲。
尤菲被zero射殺，親眼目睹了這一幕的朱雀瘋狂搶回尤菲送往飛船治療。Zero與聯邦結盟，下決心最大程度利用尤菲的死，告訴日本人建立特區完全是尤菲米婭的陷阱，並在會場裏宣布新日本的成立。同時尤菲在朱雀麵前安靜地死去，這時神秘的男孩V.V出現告訴朱雀Geass的真相。戰爭全麵爆發，魯魯修接到朱雀說自己已被仇恨支配的電話。
……
“終於到了！”程飛腳踏著地麵，望著前方的洞口，感慨道。程飛自從得到殘片之後，就離開了騎士團，暗地的監視著魯魯修的一舉一動，現在劇情終於到了神根島。這裏將是劇情的一個重要轉移點。
看著魯魯修走進洞口，程飛連忙跟上，因為他知道，魯魯修進去後會炸毀通道，想同查爾斯同歸於盡，“碰！”的一聲，就在程飛剛踏入洞口，布置在外的炸彈就爆炸了，衝擊波直接衝來，程飛一個千斤墜，穩住了身軀。“靠！魯魯修，你就不能等我多走進一點再炸啊！”程飛不禁暗罵道！
漫步走著，閑庭信步。一點都不把眼前這個陌生環境當回事！隨著走的越遠，隱隱約約可以看見前方的光亮，洞口光圈由小變大。
終於到了！程飛張望著，隻見魯魯修此時已經躺在了地下，而高大的查爾斯就站立在他的麵前。
“哈哈！大家好，耶！這不是魯魯修嗎？怎麼躺在地上了啊！”程飛一臉綻放著笑容，和一朵菊花一樣。