實際上，在曾國藩指揮的各軍壓迫之下，撚軍的力量實已衰減，消滅它隻是時間問題。即使在連戰不利的情況下，曾國藩也沒有把撚軍當做心腹大患，他在給李元度的信中說：“目下中外之患，自以洋務（此外洋務指列強）為最，其次則甘肅、新疆之回，其次中原之撚。”在他的心目中，撚軍之患隻排在第三！
然而，清廷不願意給曾國藩這個時間，不願意再讓曾國藩得到剿平撚軍的功勞。
七、位高權重，難以息肩
1866年12月25日，曾國藩派人將欽差大臣關防送到駐徐州的李鴻章處，算是把剿撚的事正式移交給李鴻章，這時他還駐在河南周口。在周家口過了舊曆的新年後，他於同治六年正月初六日（1867年2月10日）離周家口赴徐州。2月23日，在徐州，李鴻章將兩江總督關防交還給他，李鴻章還擔心他的老師辭職，會導致剿撚的軍隊缺糧缺餉，當晚又來勸他回金陵久任兩江總督。這時清廷對南方各省的人事又作了一番調整，除曾國藩仍任兩江總督外，由李鴻章任湖廣總督；李鴻章之兄，也是從前為曾國藩辦糧台的李瀚章任江蘇巡撫，在李鴻章未赴湖廣總督任以前暫行署理湖廣總督；李鴻章的親信丁日昌為江蘇布政使；與曾國藩關係很好的劉韞齋（劉NFEC1）為湖南巡撫。這對曾國藩是個安慰，他在日記中寫道：“從此諸事可以順手，而沅弟（曾國荃）亦得安其位，為之喜慰。”曾國藩又給老九寫信說：“少荃宮保（李鴻章）於吾兄弟之事極力扶助……弟於渠兄弟務須推誠相待，同心協力，以求有濟……大約淮湘兩軍、曾李兩家必須聯為一氣，然後賊匪可漸平，外侮不能侵。” 曾國藩的確曾打算就此辭掉官職，回故鄉頤養天年。但是為了顧全大局，最後還是回任兩江總督。用他自己的話來說，是位高權重，難以息肩。
在把李鴻章送走以後，曾國藩也於3月21日離徐州南下，回金陵兩江總督任所。自1865年6月出師，到現在已有一年半多的時間，這段時間裏，曾國藩周曆江蘇、安徽、山東、河南各地，親眼見到了戰火破壞之後民間的苦況，他在日記中寫道：“餘自北征以來，經行數千裏，除兗州略好外，其餘目之所見，幾無一人麵無饑色，無一人身有完衣，忝為數省軍民之司命，憂愧實深。又除未破之城外，鄉閭無一完整之屋。”他又聯想到，老家來信說修整房屋用了七千串錢，心中“尤為慚悚”，其實一個堂堂的協辦大學士、總督修理房屋用了七千串，實在已是很少很少，但一向主張節儉的曾國藩為此很不安，他寫信責備兒子曾紀澤：
富修理舊屋，何以花錢至七千串之多？即新造一屋，亦不應費錢許多。餘平生以大官之家買田起屋為可愧之事，不料我家竟爾行之……餘將來不積銀錢留與兒孫，惟書籍尚思添買耳。
1867年4月4日，曾國藩的船到了揚州，恰好官文也乘船來到這裏，曾國藩便於次日特地到官文的船上拜訪。兩人都談了些什麼，曾國藩的日記沒有多寫，家書中也沒有說，想來那場麵一定非常尷尬吧。
同治六年三月初六日（1867年4月10日），曾國藩回到金陵城。金陵城的百姓對他還是歡迎的，在他的路經之外，民間家家用香燭爆竹表示對他回任的歡迎。因為沒有剿平撚軍，沒有給百姓帶來一個真正太平安定的生活，曾國藩的內心在感到安慰的同時，卻又非常慚愧。
曾國藩回到金陵兩個月後，6月10日，清廷將他的協辦大學士升為大學士，大學士在清未已少有實際的權力，但卻是最崇高的頭銜。曾國藩於心情鬱悶之中，這也總算是個安慰。
這時候，除了李鴻章在中原地區負責剿撚外，清廷已命左宗棠任陝甘總督，左宗棠的任務是剿平西撚軍和甘肅的回民造反，將來還要進兵新疆。因為南方作戰和西北作戰特點不同，左宗堂對他部下的軍隊需要作大幅度的整編。而原屬曾國藩的湘軍劉鬆山部已入陝西，也就歸左宗棠指揮，劉鬆山的部隊在後來驅逐阿古柏侵略勢力的過程中立了首功。
撚軍分為東西撚軍後，總的情況是對清朝方麵有利，但是就在曾國藩把欽差大臣關防交給李鴻章的時候，東撚軍甩脫山東一帶的淮軍，直奔湖北。淮軍千裏追來，湘淮軍在湖北與撚軍打了三次大仗。第一仗在1867年1月，淮軍郭鬆林部遭到東撚軍的伏擊，大敗，郭鬆林也多處受傷，接著淮軍張樹珊部孤軍進攻撚軍大敗，張樹珊戰死。第二仗在2月，淮軍劉銘傳部與湘軍鮑超部合擊撚軍。劉銘傳貪功，不等到約定的時間就發動進攻，結果為撚軍所敗。鮑超軍趕到，從撚軍側後發起進攻，這才轉敗為勝。劉銘傳不感謝鮑超，反倒怪鮑超誤期，李鴻章又袒護劉銘傳，鮑超一怒之下，托病退職，曾國藩屢勸不聽，隻好將鮑超所部三十多營遣散。第三仗在3月，曾國藩的表弟彭毓橘率曾國荃任湖北巡撫以後新募的湘軍三千人在蘄水被撚軍包圍，彭毓橘也戰死。但是這以後撚軍就沒有再取得大的勝利。
6月以後，撚軍衝進山東，突破運河防線，這本來是撚軍的一個勝利，但是李鴻章反倒趁機調整部署，將撚軍逼在運河以東，黃河以南地區，然後堵住四麵。此策稱為“倒守運河”，實際上原來曾國藩所用的防河之策，隻是地點不同而已。不過因為運河地段太長，各軍尤其是劉銘傳、潘鼎新兩軍太過疲勞，最初曾國藩都懷疑能否成功，曾勸李鴻章放棄。幸好李鴻章堅持這倒守運河之計，因為一放撚軍過運河往西，撚軍可以活動的地麵更大，這也是沒有辦法的辦法。撚軍左衝右突，但始終沒有衝出包圍。1868年1月，撚軍首領賴文光在江蘇揚州東北被俘，東撚軍覆滅。
西撚軍進入陝西後，一直在陝西境內盤旋。1867年6、7月，左宗棠分兵三路入陝，合先已入陝西的劉鬆山及其它清軍，壓迫西撚軍到陝北，想把西撚軍聚殲於陝西。不料西撚軍利用年底天氣寒冷，黃河封凍的時機，踏冰衝過黃河。1868年2月，西撚軍進軍直隸，抵近保定，京師震動。左宗棠隨著率軍到直隸，李鴻章率淮軍也來參戰，清廷命由李鴻章總統各軍。幾經周折，撚軍於4月又渡運河到了山東、直隸交界一帶。李鴻章再次用殲滅東撚軍的辦法，把西撚軍壓縮在黃河、運河和直隸滄州以東的減河這三角以內。恰好這時各河水漲，清軍將運河水灌入減河，又將黃河水灌入運河，結果清軍水師能夠駛入黃河、運河，撚軍被圍死在這三角地帶。1868年8月，撚軍最後失敗。
撚軍不是在曾國藩手裏剿滅的，但是所用的戰略，實際上還是曾國藩的重點防禦，另以遊擊之師追剿的辦法。防河的地點雖然不同，但做法與曾國藩的幾乎一模一樣。
對於李、左兩人的軍事行動，曾國藩全力支持，當然這主要是在軍餉方麵。5月10日，曾國藩奏請將江海關的進口稅原解戶部的四成，留下二成，一半充作前線淮軍的經費，一半為上海的江南製造局專造輪船用。剿滅東撚軍後，李鴻章要求以銀五萬兩賞軍，若兩江總督是別人，很可能打個折扣，曾國藩不但不打折扣，反倒要五萬給了六萬。
自1851年太平天國開始造反，至此時撚軍被剿平，天下大亂整整18年，幾乎所有的省份都遭受戰亂：廣西、湖南、湖北、安徽、江蘇、浙江、福建、廣東、貴州、四川、河南、山東、陝西、山西、直隸，這還僅僅是清軍與太平天國及撚軍交戰的主要戰區，不包括其它小規模造反波及的地方。人民遭受的苦痛是文字語言所難以形容的。現在，動亂終於基本結束，清統治者自己也說這是“同治中興”。
按照以往的曆史，戰亂之後，和平來臨，該是人民修養生息、恢複經濟的時候了。但是，曾國藩、李鴻章、左宗棠等這些“中興名臣”，又遇到了更大的難題，那就是攜帶著洋槍洋炮東來的西方列強的步步進逼。這不僅是曾國藩等人和大清王朝麵臨的難題，也是幾千年以來中國從來沒有過的難題，麵對這樣的難題，曾國藩等人是如何處理的呢？