科研經費若想充分發揮作用，還離不開合理的經費管理。如果管理能力不強，科研經費的增加就不一定與高質量科研成果的增加相伴而行。近兩年，我們觀察到，由於全社會對科研不端行為十分關注，國家財政部、國家審計署都大大加強了對科研經費使用的監管力度。這是完全必要的。但是，加強監管的最終結果若是捆住了科研人員的手腳，那就是事與願違了。一些科研人員發現，在國家穩定支持的科研經費相對較少的若幹年前，盡管他們在爭取科研經費上需要投入大量精力，但是，經費使用相對寬鬆，他們也取得了像樣的科研成果。現在，國家穩定支持的經費部分占他們科研經費總額的比例明顯增加了，但是，這不準、那不準的規定（其中有些規定，他們認為是違背科研活動規律的）也明顯增多了，對預算精確性的要求也大大提高了。可是，由於科研活動內在的不確定性，將預算事先做得很準幾乎是不可能的。若能做得很準，那就不屬於探索活動了。一些科研人員為了對付不可見因素，就可能將經費預算打得富餘一些。當然，在項目最終結束後，也許經費還有剩餘。如果經費剩餘太多，就有可能被扣上“閑置”國家資金的帽子（這頂帽子已經是最輕的了），於是，他們隻好想方設法（以符合財務報銷規定的方式）將結餘經費“造”掉。換句話說，過度監管的結果，反而是更大的浪費，反而是科研產出不夠理想。
總之，我國仍需要繼續加大對科研的經費支持，但簡單地“堆”錢是不夠的。無論用紙幣還是硬幣來碼堆，碼到一定的高度就難免坍塌。經費提供部門、經費使用部門、經費監管部門和科研人員都要實事求是地發揮各自的獨特作用，才能把錢用好、用活、用合理。