大學自治的核心內容是學術自由和教授治校，社會幹預則尤指社會政治、經濟因素對高等學校的職能、教學、科研，尤其是培養目標、領導體製等方麵的影響與幹涉。“自治是高深學問的最悠久的傳統之一”，作為傳承、創造高深學問的大學，根據社會契約自我管理、自主發展、自由開展學術活動，是其不斷進步的社會規範基礎和內在精神動力。同時，大學在由社會的邊緣走向社會的中心的過程之中，各種社會力量對大學的滲透和參與日益廣泛，來自政府和公眾的改革呼聲也此起彼伏，社會幹預便在這種呼聲中滋長起來。這既促使學校必須關照社會需求，密切社會聯係，參與社會變革，並讓社會在對學校的幹預中獲得利益和發展；又難免導致學校趨於功利與浮躁，時時排擠著所必須秉持的起碼的理性精神和獨立品格。因此，如何尋找到大學自治與社會幹預的均衡點，就成為高等學校調適內外部關係時所必須直麵的首要命題。
一
世界上的“現代大學，除了少數例外，其起源和基本設計都是西方式的”。中國古代高等教育雖可追溯至西漢甚至商周時期，在傳承中也曾輝映過毫不遜色於其他文明古國的絢麗曙光，可惜未能自行跨入現代化的門檻。中國現代意義的高等學校是19世紀末葉開始出現的，現代高等教育製度是1904年“壬寅·癸卯”學製確立起來的。清末的高等教育雖然已經蹣跚地邁向現代化，但還基本屬於政府的附屬機構或技術人員的養成所，大學自治的理念與實踐尚未發育。
中國人自辦的新式高等學校是按照三條路徑發展起來的：一是洋務學堂，如京師同文館、福州船政學堂、天津水師學堂等。它們由開明的封建官僚興辦或領導，用以培養外語、軍事及軍工等實用技術人才，辦學模式各異，辦學水平懸殊。就其起初的培養目標、辦學質量、畢業生所從事的職業及所處的社會地位來看，大多數相當於今天的中等職業技術學校，僅有少數可達到高等職業技術教育的水準。這些學堂當時雖曾承載著某些高等教育的職能，但由於一開始就受到定位的局限，也就決定了它們後來幾乎都沒有獨立地發展成為現代大學，隻能扮演著中國新舊教育轉換關頭的匆匆過客。二是改製的舊式書院和甫創的新式書院，如湖北兩湖書院、江蘇南菁書院等。它們在“中體西用”思潮中，將“西學”、“新學”塞入中國固有的倫理和文化框架，以期補苴傳統知識體係、教育體係的空疏腐朽。從這個角度來看，這些“西學”、“新學”也可謂“實學”。隻是這種實學更多側重西方現代科學，不同於洋務學堂教授的以實用技術為主的實學。如果說兩者都在求“實”的話，那麼前者是形而上之實，即實學，希冀造就從大本大源上救亡圖存的幹濟之才；後者則是形而下之實，即實術，側重訓練技藝嫻熟的器匠。這些書院不自覺地將傳統高等教育機構與現代高等教育認識相融合，在20世紀初葉的興學熱潮中有的改為各省的“高等學堂”，成為最有可能具備大學自治精神的現代高等學校。隻是當時它們還比較零散、薄弱，特別在“觀首善於京師”的傳統觀念和思維定式下，萬目所集並奉為圭臬者仍是京師大學堂。但正是這些學校，為日後大學自治的傳播奠定了區域基礎。三是以天津中西學堂、上海南洋公學和京師大學堂為代表的真正的高等學校。這三所學堂在創辦之初，均以培養熟悉新學的官僚為目標，經費完全官給，自然也就難談大學自治了。南洋公學即“以專學政治家之學為斷”，京師大學堂“與其說是一所具有自治權的高校，不如說是一所同以前的翰林院和國子監類似的教育行政機構”。
民國建立後，大學自治才由蔡元培奠基，郭秉文、周詒春、蔣夢麟、胡適等人推動，經新文化運動和教育獨立運動洗禮，潛滋暗長，最終萌芽起來，傳播開去。
蔡元培在中國教育現代化轉折關頭的重要貢獻之一，就是將北京大學由一所官僚養成所式的舊北大，改造成為民主與科學策源地的生機勃勃的新北大，為中國現代高等學校樹立了樣板。他采取兼容並包的辦學方針，吸納不同政治背景、學術淵源、學術派別的學者，鼓勵求同存異，各得其所。他信持“大學者，研究高深學問者也”，“不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。”既然如此，大學便難以為政府官員等非專業人士所深刻理解和正確運作，也就必須由“有人格的學問家”即資深教授來管理。由此，構建起大學自治的核心內容——學術自由、教授治校。從1917年開始，逐步設置、完善了評議會、各學科教授會、行政會議等組織架構，以各科學長和教授若幹人組成評議會作為最高權力機構，以行政會議作為最高行政組織，“以專門教授為本校主體，使不至因校長一人之更迭而推動全校”，從組織上保證了學術自由的實施。蔡元培締造的大學自治理念及其原創性實踐，幸運地被他的後任蔣夢麟、胡適等人繼承發揚，傳播推廣，為中國現代高等教育注入了理想與靈魂。從這個角度看，蔡元培、北京大學具有超時空價值：無蔡元培便無真正意義之北大，無北大便無真正意義之中國現代高等教育。
當然，緬懷蔡元培之時也不應忘記、忽略其同儕和後學所付出的努力，尤其是南京高師（1923年後改為東南大學）校長郭秉文和清華學校校長周詒春。他們二人比蔡年輕十餘歲，幾乎與蔡同時在各自學校推行學術自由、教授治校，雖無組織上的聯係，卻有思想上的默契。其後，以蔣夢麟、梅貽琦、胡適、竺可楨、王世傑、茅以升等為代表的第二梯隊，更將大學自治推波助瀾，鞏固深入。他們代表了一個時代的一類、一批知識精英。這些人生於19世紀末葉，20世紀初留學歐美，二三十年代開始活躍於教育、文化和社會舞台，身處中國古今中西之爭，際會西方高等教育之變，學貫中西，兼具理性精神與人文情懷，雖然在政治巨變的年代，多多少少帶有一些政治色彩，或在政治對抗中不得不作出非此即彼的選擇，但終究不同於以學術敲開仕途的政客。他們分別執掌名校，轉移風氣，開新文化，試圖在激進主義與保守主義之外，探索、實踐一條理性之路。如果說蔡元培居首創之功，郭秉文、周詒春則付呼應之力，蔣、梅諸人便有繼緒之善；倘若說蔡元培輸入的是以柏林大學為樣板的歐洲高等教育傳統，周詒春等人傳播的則主要是美國式的自由主義、實用主義大學理念。
正是在這種大背景下，1912年10月教育部公布《大學令》，規定“大學設校長一人，總轄大學全部事務；各科設學長一人，主持一科事務”，並設立評議會和各科教授會，確立了高等學校中教授治校、學術自由的法律基礎。1917年9月，教育部修正《大學令》，基本沿襲之。隻是廢止各科教授會，僅保留評議會，規定“僅涉一科或數科者，得由各科評議員自行議決”。這一方麵有利於理順校係（科）關係，協調行政職能，提高行政效率；另一方麵實際上又是校係（科）權力的重組，可能壓縮係（科）級行政權力和學術自由。1924年2月，教育部廢止原《大學令》和《大學規程》，公布《國立大學校條例》，規定“國立大學校設校長一人，總轄校務，由教育總長聘任”，並“設董事會，審議學校進行計劃及預算、決算暨其他重要事項”，董事會由例任董事（校長）、部派董事（由教育總長在部員中指派）、聘任董事（董事會推選呈請教育總長聘任）組成，“董事會議決事項，應由校長呈請教育總長核準施行”。這標誌著政府開始加大對高等學校的幹預力度。一經公布，就受到北京大學等校教授的強烈反對，認為其是“摧殘大學教授製之萌芽”，多次呼籲取消。1927年6月，蔡元培代表國民政府教育行政委員會呈文國民黨中央政治會議，請求變更教育行政體製，“仿法國製度，以大學區為教育行政之單元，區內之教育行政事項，由大學校長處理之”，“凡大學應確立研究院之製，一切庶政之問題皆可交議，以維學問之精神”。從而推進“教育學術化”和“學術研究化”，將教育行政、教育學術、教育研究合而為一。旋準試行。但僅一年後，大學院製便因人事紛爭、違憲嫌疑、配套政策不完善等問題被廢止了。
中國的大學自治能夠在民國初年得到萌芽和奠基，既是由於當時中央政府權威低下、地方自治呼聲高漲、南北對峙、軍閥混戰等社會政治原因提供了必要的製度空間，更是因為新文化運動和教育獨立運動提供了必要的思想基礎和人力資源。新文化運動所倡導的民主觀、科學觀為大學自治確立了價值基石，大學自治又為新文化運動中各種思想觀念的交鋒、爭鳴準備了舞台和實驗場。而且，蔡元培、胡適等人既是大學自治的倡導者和實踐者，也是教育獨立的呐喊者與奔走者，二者互為表裏，前者是後者在高等教育領域的具體化，後者是前者向整個教育範疇的延伸。
南京國民政府成立以後，加強集權專製，注重通過立法提高行政效能，在對高等教育規範發展、強化管理的同時，社會幹預尤其是政治幹預大大增強。1929年7月，國民政府公布《大學組織法》、《專科學校組織法》，其後教育部又先後公布《大學規程》、《專科學校規程》等法規，除廢止董事會製外，基本上發展、完善了此前的《大學令》和《國立大學校條例》，並且得到比較嚴格的執行。九一八事變乃至抗戰全麵爆發後，自由主義驟然隱退，戰時集權陡然加強，對高等教育的幹預全麵推進，空前嚴密。1938年4月，國民黨臨時全國代表大會通過《戰時各級教育實施方案綱要》，規定戰時“中等以上學校，一律采軍事管理方法”。隨後，教育部製訂《戰時各級教育實施方案》，提出戰時教育改進的原則之一就是“政教合一”，“國民之經濟政治設施與學校教育打成一片，然後教育乃能輔助國家推行政策，使之社會教育與學校教育成為一元化”。而為適應戰區擴大、淪陷區增加以及高等學校區域布局調整的需要，在管理體製上規定“專科學校以由省市立為原則，大學及獨立學院以由國家設立為原則”。到1945年，高等學校較戰前增加了33所，其中省市立、私立分別增加2所和1所，變化不大，而國立院校則增加了30所。這種權力重心的上移，為政府特別是中央政府全麵加強對高等教育的統一領導提供了製度基礎。為了加強學生管理，則推行訓育製、導師製，自1938年起先後頒布《青年訓練大綱》、《高中以上學校新生入學訓練實施綱要》、《訓育綱要》、《專科以上學校導師製實施辦法》等法規，要求“專科以上學校學生按院係分組，每組設導師一人，對學生思想、行為、學業及身心，依據嚴格標準實施嚴格訓練”。為了加強課程管理，先後於1938年9月、1944年8月兩次召開大學課程會議，依據厚基礎、嚴質量的原則，製訂、修訂了文理法、農工商和師範等學院的共同必修科目及分係必修、選修科目。抗戰結束後，隨著國內階級矛盾的尖銳和內戰的爆發，對高等學校的控製與反控製、滲透與反滲透進一步加劇。