立儲成肇始，革職更憂國
萬曆二十二年（公元1594年），神宗準備立鄭貴妃所生子常詢為太子，多數大臣卻認為應該立皇長子常洛為太子，故而朝廷出現“國本”之爭。朝臣爭執之際，吏部侍郎顧憲成（公元1550—1612年）力爭“無嫡立長”，觸犯神宗。首輔王錫爵將辭官，顧憲成推舉王家屏代為首輔。王家屏亦是立長派，顧憲成因此再次觸怒神宗，被革職還鄉。
顧憲成雖然從北京回到了家鄉，然而他絕不放棄自己為國為民的抱負。他認為：講學可以傳授知識，風範人物，扶持正論，為國家培養人才，這和自己重人才、重輿論的政治思想是一致的。於是便把精力集中到講學上來。
東林聚才俊，講學成氣候
由於顧憲成在學界政界都有很高的聲望，所以慕名來請教的人很多。顧憲成不顧病體，不管其貧富貴賤，一視同仁，熱情歡迎接待。因為前來這裏的人越來越多，顧憲成迫切感到必須具備一個固定的講學場所，從而將分散的講學活動變成一個有協調有組織的統一活動。萬曆三十二年（公元1604年），經顧憲成和吳地學者的共同努力，官府終於批準在無錫城東門內的東林書院遺址重建興複東林書院。這年10月，顧憲成會同顧允成、高攀龍、安希範、劉元珍、等時稱東林八君子發起東林大會，製定了《東林會約》，顧憲成首任東林書院的主講。顧憲成的講學活動成為他一生事業的輝煌時期。
東林講學博采諸家合理之言，不執門戶之見，講學內容也較為廣泛、豐富、適用，還與評論政事得失、鄉井是非連在一起，把理論與實踐結合在一起，要求學生身體力行。引起了朝野的普遍關注，每年一次的大會有時多至千人。東林書院實際上成為一個輿論中心。在這一過程中，一開始那個學術團體逐漸形成為一個政治派別，從而被他們的反對者稱為“東林黨”。他們自負氣節，與朝廷相抗，這便是東林黨議的開始。
呼籲改良，積極救世
顧憲成思想的最大特點是重視社會政治，關心世道人心，充滿了以天下為己任的救世精神。他認為如今的政治形勢已危機四伏，如同把幹柴放到烈火之上那麼危險，因此顧憲成強調研究學問的出發點必須是為了社會國家民生所用。他認為如果眼光短淺，營營於一己之私，即使功名很高、學問很深、修養很好也不足掛齒，提倡士人不管是做官為民，身處何境，都要明辨是非，注重氣節，敢於和惡勢力鬥爭。在東林書院的講堂裏，就掛上了顧憲成在青年時代寫的那副對聯：“風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事關心”，把讀書、講學同關心國事緊緊地聯係在一起。
萬曆二十九年（公元1601年），朱常洛在東林黨等支持下，立為太子。但宮廷內外的鬥爭，並不因此結束，反而更加激烈。公元1615年，有人持棍闖進慈慶宮謀害太子常洛。史稱“梃擊案”。公元1621年神宗死後，常洛繼位，是為光宗。幾天後，光宗患痢疾。鄭貴妃指使太監進瀉藥。鴻臚寺丞李可灼又進“紅丸”。光宗服後一命嗚呼，廷臣大嘩，史稱“紅丸案”。
此案是中國曆史上的奇案之一，至今人們都不明白其中的事實真相。不管怎樣，它成了東林黨人受到重用的一個契機。
光宗死後，鄭貴妃的同夥李選侍挾太子由校居乾清宮，意在擅權。東林黨人楊漣、左光鬥等上疏請李選侍移宮，離開太子，史稱“移宮案”。由校繼位後，改元天啟，東林黨人大受重用，分據首輔和吏、兵、禮、都察院等部院長官，勢盛一時。
閹黨亂政事，東林遭禍殃
正當東林黨人躊躇滿誌的時候，宦官魏忠賢，內結由校乳母客氏，外收東林黨的反對派作羽翼，逐步形成了閹黨。魏忠賢總攬內外大權，人稱九千歲，一批無恥官吏甘作他義子、走卒。甚至許多地方替他建立生祠。明後期政治便極端黑暗腐敗。閹黨采取了殘酷的鎮壓政策，襲擊東林黨人。