中醫治療，由單味藥發展到有組織規則的複方方劑，經過了一段漫長的時期。
相傳公元前17世紀，伊尹曾用湯液為人治病，據皇甫謐的《甲乙經》序上說：“仲景論廣伊尹湯液為數十卷”，這是關於方劑的最早記載。公元6世紀，扁鵲也曾用方劑為人治病，史書上稱他為“方者宗”。但以上資料均已佚失，現已無從考察。
目前可供考據的最早方劑，為馬王堆漢墓出土的醫方帛書《五十二病方》和武威出土的木簡《治百病方》。前者載方280首，後者載方30首，據介紹兩份資料幾乎全是複方，而且是東漢早期的著作，約成書於公元2世紀以前。這些資料可以證明，在此以前複方已在臨治療上應用。
公元2世紀成書的《內經》，為我國最早的一部醫學論著。書中所載的方劑不多，僅有12首，佴對方劑組織的理論，卻有了一定的記載。在有關章節裏論述了君、臣、佐、使及七方的組方原則，此外按藥物性味的能伍原則，還有許多方劑配伍的基本理論，形成方劑組織的理論基礎，成為後世方劑學發展的理論依據。
公元2世紀，漢代張仲景著《傷寒雜病論》，書中載方共378首。這些方劑是張仲景在總結漢代以前方劑的基礎上，以《內經》學說為指導，結合辨證論治的實際經驗而製訂的。他在方劑組織中，體現了君、臣、佐、使的配伍關係，氣味性能的配伍關係，並依據陰陽學說，運用了升降、斂散、寒熱、攻補、營衛、氣血、剛柔、正從等等相對關係的配伍方法。例如出手第一方桂枝湯，就是“散”與“斂”相對矛盾的配伍典型，這種相反成的配伍方法，是祖國醫學大膽的創舉，而且曆史悠久。
後世稱張仲景的《傷寒雜病論》為“方書之祖”，也稱為“經方”，其中許多方劑，因為組方理法嚴謹，配伍周密，療效確實，直到目前仍然廣泛應用於臨床。到目前日本的大部分漢醫，仍應用該書的原方。
公元3~6世紀，晉與南北朝時期，方書陸續出現，從而豐富和發展了方劑學。著名的著作有：葛洪《肘後方》、劉涓子《鬼遺方》、陳延之《小品方》、釋僧深《深師方》、謝士泰《刪繁方》、姚僧垣《集驗方》等。在同一時期，徐之才把藥物歸納為宣、通、補、瀉、輕、重、滑、澀、燥、濕等十種功效，後人稱為“十劑”，它為方劑學的分類，奠定了基礎。公元6~9世紀，隋唐時期，出現幾部較大的醫學著作，其中載有大量方劑。如孫思邈著《千金要方》載方5300多首，他的另一部著作《千金翼方》又增填醫方2000多首；王燾著《外台秘要》載方4500多首。在這些著作中，除對唐代以前的醫方、民間驗方廣泛采集進行整理外，還有許多新創製的方劑。孫思邈在張仲景的當歸羊肉湯基礎上，進而創製出羊肉湯、羊肉當歸湯、羊肉杜仲湯、羊肉生地黃湯等方劑，豐富廣方劑學的內容。這幾部巨著，不僅對我國的方劑學發展有很大影響，而且對茵外的方劑學發展也有很大影響，如日本的《醫心方》、朝鮮的《醫方類聚》均以這幾部著作為重要參考資料。
公元10~14世紀，宋及金元時期，方劑學有了進一步發展。在宋朝政府編著的《太平聖惠方》和《聖濟總錄》兩部著作中，收載了大量的醫方。前者載方16834首，後者載方兩萬餘首。以上醫方，除來自宋朝以前的各家方劑和民間驗方外，還有禦府珍藏的秘方、禁方1000餘首。詔集海內名醫，編纂多年而成書。其中寶貴的醫方甚多，惜有方無解，方義難懂，未被廣泛發掘利用。