藥物進入魚體後，一方麵對機體產生各種作用，同時機體也改變藥物，決定藥物在體內的運動和過程。
（1）吸收 藥物吸收速度的快慢是決定發揮吸收作用的藥效發生遲早的因素。影響藥物吸收速度的因素有：
①給藥方法：各種給藥方法的吸收按由難到易、由慢到快的次序，一般為皮膚、口服、注射。同一方法，吸收麵愈大，吸收就愈多、愈快。
②藥物理化性質：一般晶體比膠體易吸收，液體比固體易吸收，水溶性的比脂溶性的易吸收。
③吸收環境：吸收環境內其他物質如食鹽的存在、pH值的大小、溶劑的性質等都可影響藥物的吸收。吸收組織的循環優劣亦有顯著影響。
（2）分布 吸收後藥物一般在血液中停留不久，迅速通過微血管壁而進入組織，在組織中的分布情況，各種藥物不一致。
（3）代謝 機體能作用於很多藥物，使其產生化學變化，這是藥物在機體內的代謝。藥物受到化學變化後，一般減少乃至完全失去其藥理作用，因此這種變化常稱為解毒。但也有少數藥物，必須先經過體內的化學變化，才變成有效的物質，但藥物在體內代謝的最終結果仍是解毒。
（4）排泄 一般藥物的作用強度與作用時間，一方麵決定於藥物的劑量與進入機體的速度，另一方麵也決定於藥物消除的速度。排泄是體內藥物消除的一種方式（消除是排泄、解毒和貯藏的總和）。在魚類，腎髒是藥物排泄的主要途徑，其次為腸及鰓，當腎髒有病時，用藥要特別小心。
（5）蓄積 在反複用藥時，由於體內解毒或排泄障礙而發生的中毒，稱為蓄積性中毒，是藥物在體內蓄積太多的結果。在治療時往往有計劃地利用藥物的蓄積作用，使藥物能在體內逐漸達到有效水平，而再長期維持之，這時就要注意避免有治療意義的蓄積作用發展成為蓄積性中毒。