魚塘經過一年使用後，難免發生塘埂坍塌損壞、進出水口阻塞等情況。這樣，魚類就易從坍塌缺口逃逸。塘外流入的水容易把各種害蟲、野魚等帶入塘內，引起各種敵害大量繁殖。同時，塘底沉澱了許多殘餌和雜物，使塘底堆集大量汙泥，不但有礙操作，而且汙泥中的腐殖質酸化能使池水轉向酸性，減低肥效，阻礙餌料生物的繁殖，促使病原菌繁殖、生長旺盛，養魚後魚易得病。培育魚苗正值夏季，由於水溫上升，腐殖質急速分解，產生很多有害氣體，如二氧化碳、硫化氫、甲烷，使水質變壞。腐殖質分解又消耗大量的氧氣，使池水缺氧。因此養魚一年後，必須進行清塘消毒。
清塘方法：先放幹塘水，挖出塘底過多的淤泥，堆在塘埂坡腳，讓烈日曝曬，使塘底幹涸龜裂，促使腐殖質分解，殺死有害生物和部分病原菌，同時經風化日曬，改良土質。整修塘埂及進出水渠。
但是，塘底有少量的淤泥能增強保肥能力，肥效持久。相反，塘底沒有淤泥，塘水施肥以後，肥效不持久，水質很快又會變瘦，所以清塘時也要保留少量淤泥。
消毒的方法：常用的方法是生石灰消毒、漂白粉消毒、茶枯消毒等。
（1）生石灰消毒 生石灰消毒對淤泥多的老塘最為適宜。生石灰和水作用後，生成氫氧化鈣，具有強堿性，除了能殺死蛙卵、蝌蚪、水生昆蟲、螞蟥、青苔等敵害生物和塘水中或泥土中的寄生蟲、致病菌及鑽在淤泥中的烏魚、黃鱔外，生石灰還能和有機質中和成有效的中性肥料，使腐殖質由有害變為有利。氫氧化鈣還能使池水帶弱堿性，適宜魚類生活。
生石灰消毒在春冬季節采用，一般有以下兩種方法。
一是幹法清塘：用量為100～200千克/畝，清塘時，先在池塘四周挖幾個小潭，讓水流入，再把生石灰放入溶解，不待冷卻立即潑灑。第二天如用泥耙推一遍，使石灰和塘泥充分混合，效果更理想。
二是帶水清塘：計算好池水量，最終使池水濃度達20毫克/升。先將生石灰放在木桶內，加水適量溶解，再將生石灰漿趁熱全池潑灑。帶水清塘可避免加水時又將病原體和敵害生物帶入，但用量較大。
如果池塘麵積過大，則可在小船中操作，也可將生石灰裝在籮筐裏在船旁沉入水中，然後撐動小船在塘中緩行，使生石灰均勻化入水中，效果更好。生石灰消毒一般10天後毒力消失。
生石灰清塘優點是既可以殺死病原體及敵害生物，還能改變池塘酸性環境，並提高池水的硬度，增加緩衝能力，提高水肥力。缺點是使用時較費力，工作量大，另外堿性較強的水體不宜采用此法。
（2）漂白粉清塘 漂白粉中有效氯的含量一般是30%，遇水生成次氯酸和次氯酸鈣，從而殺死野雜魚、病原體及寄生蟲。有兩種消毒方法：幹法清塘用漂白粉4～8千克/畝，帶水清塘用13～15千克/畝。將漂白粉放入木桶或盆（不能用鋁、鐵等金屬容器）內，加水溶解後全池潑灑。
漂白粉防病效果也較好，用量少，藥力消失快，但由於漂白粉有效氯含量不穩定，以上按照30%計算，一般市售品在15%左右，甚至更低。所以使用前要先測定其含量。