日本。
東京市。
平靜的夏日。
明媚而火辣的驕陽。
焦躁的蟬鳴，死亡一般寂靜的都市。
紅色的海洋，翻滾著白色的浪花，驚起的鷗鳥。
綠色的坦克集團，在沿海公路上展開了戰列線，凝視著藍色的天際。
遠方，海麵上噴發的高高水柱裏，浮現的不是遊弋鯨魚，而是比鯨魚更巨大的怪物。
破碎並被洞穿的樓群，被投擲到街道上的戰艦，掛在樹頂上的汽車，斷裂的鐵道和扭曲的大地。
被血水漫卷的山崗上，白勾勒的“大”字型，訴說著剛剛結束的戰鬥，以及被打倒而不得不緊急回收的人形決戰兵器。
但是這些，都與這個少年無關。
他現在隻是皺著眉，聽著話筒。
紅棕色的非常用公眾電話裏，傳來毫無生氣的回響。
“嘟——現在，由於特別非常事態宣言正在發布，所有回線都無法接通……啪”
遠方的風中，傳來詭異的呼嘯和莫名的悶響。
但是。因為太過遙遠，而無法聽清。
“也不行嗎？手機不在服務區，公車電車全部停運……”黑色短發的纖瘦少年，抬起帶著幾分秀氣的臉龐，提起手提包，寫著電話的美女照片，歎息道：“看來沒法碰頭了，沒辦法，先去避難所吧，第三新東京……比想象中混亂很多啊。”
抬眼四顧，恍惚之間，在被太陽曬得熱氣蒸騰，幾乎出現海市蜃樓的街道上，似乎站著一個似曾相識的白發少女。
當他想要細看的時候，卻發現空蕩的街道上，杳然無人。
忽然。
“嗡嗡……呼呼呼……轟隆隆隆隆隆————————”
遠方隱約的悶響，忽然急速靠近，化作了震耳欲聾的巨大雷音，幾乎令少年瞬間耳聾。隨之而來的暴風氣流，將街道兩側的鋁合金門窗震得“嘩啦啦”亂響，橫掛在街道上空的電纜，也發出了隻有在冬季北風呼嘯之時才出現的“搜搜”風響。
數以百計的懸浮戰鬥機，仿佛被什麼東西逼著一樣，從遠處山梁後麵倒退而出。
接著，在一聲聲“咚咚”的巨大腳步聲中，那逼退了戰機群的源頭，一個幾乎有七八十米高，胸口長著一顆巨大紅球的青綠色怪異“巨人”……或者是其他什麼類似人形的東西，緩緩走了出來。
……呃，這麼古怪的東西，我應該吃驚嗎？但是偏偏沒有任何驚訝的情緒，仿佛事情就應該這樣發生，這場麵陌生而又熟悉，又是既視感嗎……
古怪的情緒，從少年心底浮現。
那是從小到大發生過好幾次，仿佛能預知事件的感覺，當然，隻是仿佛而已，實際都是在事件發生之後才恍然覺悟，最終，他什麼都改變不了。
……媽媽消失的時候……
……父親將自己丟下的時候……
……幾天前收到父親信件的時候……
……還有剛剛那個白發女孩的幻影出現的時候……
……以前隻是很少的幾次，但是自從自己踏上來到第三新東京市的旅途之後，這種感覺越來越頻繁了……
在他想著的時候，戰況沒有停止發展。
呼嘯而來的巡航導彈，絲毫不能傷害綠色巨人一星半點，而巨人的反擊，則輕易擊落了戰機。
一架戰機墜落在少年麵前，然後綠色巨人頭頂冒出白色的光圈，令它整個懸浮著追了過來，然後，一腳將飛機踩爆。
火光、氣浪和爆炸碎片撲麵而來，但是少年卻沒有任何躲避的動作，因為那種熟悉的既視感正在他心頭回蕩，令他覺得“一定會有什麼在最後關頭擋在自己麵前”。
……這是一個實驗，看一直以來的感覺，究竟是我的妄想，還是真的有什麼……
就在火光即將吞沒他的前一刻，一輛淡藍色的雷諾跑車，如同神兵天降一樣，“嘎吱”一聲停在了他的麵前，擋住了火光和爆炸的餘波。
“抱歉，讓你久等了……”一個紫色長發，帶著墨鏡，穿著性感超短裙的大美女，推開車門說道。
……果然，感覺是正確的……
跑車載著少年和美女，在巨人的腳下靈活穿梭，飛速逃離，而空中的軍機和飛彈也在以飽和的攻勢圍毆巨人，然而，這種連航母都能瞬間摧毀的攻擊，對於綠色巨人而言卻連一絲傷痕都無法留下。
逃出幾公裏之後，長發美女果斷在一條沿河公路停下了車，掏出軍用電子望遠鏡，近距離觀測那個綠色的巨人。
“這就是它們的絕對領域嗎？果然能完全無視現代兵器……”
由於方向問題，飛機和綠色巨人的戰場，處在車子的左側，正是少年坐的位置，所以紫發美女毫不客氣地將他的頭按下，將頭探出車窗觀察，一點也不介意自己的半邊飽滿的胸脯壓在了少年的額頭上。
不過這種優待沒過兩分鍾就結束了，空中的戰機群忽然大規模撤退，而綠色巨人則仿佛被什麼吸引一樣，緩緩消失在了河對岸的山梁後麵。
紫發美女忽然想起了什麼，驚呼道：“等等，難道要用n2地雷嗎？臥倒！”
說著，一把將少年壓倒在身下。
同時，河對岸山梁的另一邊，也驟然爆發出了比太陽更耀眼千萬倍的光亮。
“轟轟轟轟轟轟轟————————————”
一個直徑數百米的巨大光球緩緩膨脹開來，化作數千米高的火柱，然後，黑色的蘑菇雲和三圈白色的煙霧之環擴張開來，比雷鳴更響亮百倍的聲音也隨之響徹千裏，恐怖的熱風衝擊波越過山嶺，跨過河流，席卷了方圓數十公裏的大地，少年乘坐的雷諾跑車就像紙糊的玩具一樣，一下就被衝擊波卷飛，打著滾從公路上翻了出去，如果有人站在外麵的話，這一下就已經支離破碎了。
這一記n2地雷，分量十足，威力幾乎能比擬千萬噸以上當量級的氫彈，隻是沒有核輻射罷了。
等到衝擊波過去，少年和紫發美女才狼狽地從倒翻的車裏爬出，發現此地已經距離公路將近一百米了，如果不是一路都是平坦的沙地，加上車子的保護措施過硬，兩人大概逃不過一個重傷的結局。
……這個女人，應該說膽大包天，還是不知死活呢……
少男心裏將紫發美女劃入“必須遠離”的危險人群名單，卻依然和女子合力，將側翻的車子推正。
“謝謝啦，多虧你幫忙了。”
“不，我才要感謝你掩護我，葛城小姐。”
“叫我美裏就好了，以後請多關照，碇真嗣君。”
然後，少年……碇真嗣，看著紫發美女葛城美裏熟練地從後車廂裏拿出膠帶，把坑坑窪窪且幾乎支離破碎的車子外殼粘回去，然後“嘩啦嘩啦”地再次上路。
“真嗣，這一路上，你什麼都沒有問呢。”
“您指的是什麼，美裏小姐？”
葛城美裏一麵開車一麵問道：“比如……剛才那東西是什麼，發生了什麼之類的，不好奇嗎？”
少年思考了一下，隨即搖頭道：“嗯……雖然好奇，但是不想知道。”
葛城美裏奇怪地問道：“為什麼？”
“直覺吧，似乎知道了之後，就會麵對非常糟糕的事情。”碇真嗣將目光投向車外，如此回答道。
這並非謊言或者敷衍，上一次有這種感覺是數年前。那時候，他在一座橋下撿到一輛別人丟棄的自行車，因為當時自己真的想要一輛車，所以沒有遵循直覺的警告，最後的結果，是被巡警當成偷車的小孩抓去問話，又被撫養自己的親戚叨念了幾個月。（漫畫版情節）
不過很明顯，這樣的理由不可能被正常人所接受，葛城美裏就直接將這回答當成了自閉兒童的推辭，笑著說道：“你想多啦，沒有那種事情的。那個呢，是被稱為使徒的迷一樣的生命體……”
情報夾雜在閑聊之中，雖然沒什麼效率，但是也稍微給少年碇真嗣揭示了這突如其來的怪異事件的部分內幕。
半個多小時之後，殘破的跑車駛入了第三新東京的市區，隨即在一處隧道裏，開啟了秘密通道，進入了一般平民絕對無法涉足的地下機密區域。
仿佛一步就從平凡世界跨入了科幻世界，當巨大的金屬閘門落下的時候，少年覺得自己似乎是進入了某個跨恒星係的巨大宇宙飛船之中。整個地下通道都是金屬建造的全自動電子控製模塊，到處都是閘門和電子鎖，不知隱藏了多少蜘蛛網般的複雜結構，腳下的地麵也是自動傳送帶和電梯結合的產物，上下左右全在係統的操縱之下。