最早的地球，沒有任何生命。
由星塵凝聚成的球體，雖然從冰隕石中獲得了水分，卻沒有孕育出任何活物。
直到二十三億年前。
一個直徑上千公裏的巨大天體，降臨地球，並在擦過地表之後，逗留在了地球衛星軌道上，形成了月亮，被稱為白之月。
在撞擊過程中，某個超凡的生命體，從白之月上脫離，並進入地球，穿過南北兩極，貫穿地核，就是最原始的“生命之樹”。
“生命之樹”的本體，是能夠在宇宙中旅行數百億年的半永恒生物。它追求的，是自身的無限進化，因此需要寄生在星球上，不斷吸收完美的生命基因，經過遴選之後融入自身，完成生命的蛻變。它在地球上凝聚出的第一顆果實，包含著降臨地球之前，漫長宇宙旅程中的所有奧秘，並擁有自己的靈魂，這就是一切地球生命的源頭——“亞當”。
亞當在這時候的數十億年裏，向著荒蕪的大地海洋，散播了無數的生物種子，主導了之後的生命進化過程。
生命的進化是無限的，但是單個物種的進化卻是有限的，比如三葉蟲，在達到鼎盛並統治地球的三億年之中，卻完全沒有任何新的變化。今天的鯊魚，也同樣有一億年沒有什麼改變了。在曆史上，所有這些進化到了極限，並主宰了地球的生物種群，都會遭到“亞當”的滅絕。然後，該種類會全部被生命之樹吸收掉，互相補完，融合成巨大的單一生命體，被徹底封印起來，讓生命之樹吸收，最終形成一顆“生命果實”。這些果實，是“亞當”準備在未來用於完善自己進化之路的備用品，當製造出足夠數量的“生命果實”之後，他會選擇其中最完美的一個與之融合，成為自己橫渡星河的樣本。
這些生命果實，就是使徒的本源。
比如晝天使，就是三葉蟲種群融合成的生命果實，水天使來自更古老的海洋藻類植物，霰天使則源自某種曾經遍布全球的菌類生物。在漫長的曆史裏，這樣的種族滅絕進行了十次，有些物種留下了化石為我們所知，也有些則是消失在曆史長河裏，完全沒有痕跡留下來。比如雷天使的本源“矽基生物”，或者空天使的本源“雲中水母”，就都是完全無法用考古學揭示的失落生命體係。
如果按照正常進程，亞當會在百億年之後，太陽接近燃盡的時候，吸收整個地球的能量，再次飛上月球，駕駛這巨大的星體飛行器，借助太陽自爆成超新星的衝擊波，向著更遙遠的星球遠征。
如果沒有那個意外的話。
意外發生在七千萬年之前。
亞當從來沒有想到，會在茫茫宇宙之中，碰到同類，所以當他發現危機的時候，被稱為“黑之月”的第二個宇宙天體，已經降臨地球了。這個天體比白之月小很多，降落在現在第三新東京市的地點。
蘊藏在黑之月裏的，是生命之樹的同類宇宙生物，卻擁有著完全不同的進化方向，被稱為智慧之樹，而它也誕生了自己的第一顆擁有靈魂的果實——莉莉絲。
莉莉絲和亞當是同源，但有著完全不同的進化道路，亞當走的是純粹的基因進化路線，隻有生存能力最強的基因，才是他的發展方向。而莉莉絲走的，則是智慧進化路線，通過積累龐大的知識，來增加生存的能力。所以，她的本體力量遠遠不如亞當。
一山不容二虎，莉莉絲和亞當意外碰麵，立即在地球上展開了爭奪生存空間的殊死對抗，最後兩敗俱傷。當時亞當培養的恐龍族群徹底滅絕，亞當陷入沉睡，而黑之月則被巨大的力量蒸發，留下了第三新東京市地下的球形空洞（後來人們發現它之後，將其中大部分填埋，才形成了地下基地）。
在這場戰鬥中，莉莉絲也失去了行動能力，卻沒有沉睡，依舊保持著智慧。她發現智慧之樹和生命樹都遭到了毀滅性的毀壞，今後誰也無法單獨再次進化了，隻有將兩樹互相融合，才有機會再次飛向宇宙。
為了尋求再生，莉莉絲經過數千萬年的修養和孕育，終於在大約三百萬年前凝聚出了足夠的力量，驅動智慧之樹向整個地球散步了自己的種子。由於進化方向不同，智慧之樹孕育的不是生命之樹那樣完整的生物種子，而是能夠改變生物腦部構造的因子。這些因子和當時的古猿猴結合，扭轉了它們的進化方向，生成了有智慧的生物，也就是後來的人類。
莉莉絲通過增強人類的智力，令他們打破了亞當遵循的”物競天擇適者生存”的進化原則，貫徹了自己堅持的“智者生存”的概念，通過對工具的運用，獲得了遠勝於亞當製造的生命的競爭能力，並最終統治了地球。
散播智慧，令莉莉絲也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人類，則偶爾能從基因記憶裏，得到一點點莉莉絲遺留的指點。
這種指點的出現間隔，往往是以千年為單位計算的，隱晦的基因記憶，形成了古老的宗教，並不斷在巫師、祭祀和僧侶的冥想祈禱中，被發掘、拚湊、整理出來，形成個各種散碎的神話傳說。
比如，智慧樹和生命樹，被傳說成了伊甸園的雙樹，而亞當和莉莉絲，則成了最早的人類始祖。莉莉絲關於盜用亞當身體，製造新戰鬥個體的計劃，被扭曲成了夏娃的誕生神話。
直到二十世紀末，人類終於找到了第三新東京市地下的大空洞，並且在那裏挖掘到了莉莉絲的本體，才徹底揭開了自身的存在之謎。
人類明白了自己並非自然進化產物，也知道一旦亞當醒來，必定徹底清除人類，更確定莉莉絲已經無法保護人類了。
所以他們隻能前往南極，找到了亞當沉睡之地，用莉莉絲遺留的方法，在亞當體內注入帶有生命之果的人類基因，借以吸幹他的能量，將他封印回胚胎狀態。
封印過程中散逸的多餘能量，形成了幾乎毀滅世界的第二次衝擊。
而亞當被封印之前，為了反擊人類，也解除了所有“生命之果”的束縛，將它們散播到世界各地，這些生命之果紛紛覺醒，並得到了亞當的承諾，知道它們隻要能找到亞當的身體，就可以與之結合，重新恢複成足以航行宇宙的樣子。由於它們也基本都受到了注入的人類基因的汙染，所以和人類擁有十分近似的基因。不過它們不知道，現在的亞當的生命之樹已經破碎，隻有同時吸收亞當和莉莉絲的生命之樹，才能成為完整的形態。
經過十五年，使徒們漸漸生長成型，形成了巨大的戰鬥形態，然後逐一蘇醒，開始尋找亞當，不過由於亞當和莉莉絲都是一樣的物種，加上人類的誤導，它們一直不知道自己是衝著莉莉絲去的。
而人類最高組織色ele，也就是nerv的幕後老板們的目的，就是讓莉莉絲吞噬亞當恢複力量，然後統融合智慧之樹吞噬生命之樹，最後將全人類凝聚成最終的生命果實，與莉莉絲同化，形成完美的生物，令全人類的靈魂，與莉莉絲一起得到永生。
這就是《人類補完計劃》的真麵目。（新劇場版的，和老tv版已經不是一個世界了。）
不過在啟動《人類補完計劃》之前，必須先殺光所有可能礙事的使徒，因為使徒已經是完好的生命果實了，一旦在使徒死光之前發動全球的話，莉莉絲必然會先把使徒吸收進來，那就沒有人類的位置了。
根據莉莉絲遺留的記憶，亞當最初擁有的生命果實有十顆，封印亞當時候強行產生的人形使徒“渚熏”是第十一個。加上最初的生命果實亞當，一共是生命樹的十二使徒。（把從智慧樹誕生的莉莉絲和人類算進去的話，就是十四個使徒。）
…………………
“也就是說，在力天使之後，還有三位使徒需要消滅，沒有幹掉它們之前，不可能搶先發動人類補完計劃。”站在第三新東京市中心處的巨大天坑前麵，墨釋君俯瞰著地下空間，完全無視於那衝天而起的火柱，自言自語道。
此時的地下空間，硝煙正在散開，力天使黑沉沉的巨大身影，從巨大的爆炸坑底出現，並伸出大嘴，向著燒焦的零號機咬去。
在這一瞬間，墨釋君雙拳用力一握，卻不知是準備出手阻止，還是要冷眼旁觀。
按照原本的劇情，這一咬之後，零號機連同駕駛艙裏的綾波麗，應該被力天使一口吞下。之後，力天使會吸收零號機和綾波麗的因子，從原本拖把般的身體後方，增殖出一個一百多米高沒有頭的白色女性身軀，體型就和綾波麗一般，然後盜用零號機的身份識別碼，將自身波形變成屬於eva的橙色，才向著更深的地下進攻。
在這種偽裝模式之下，nerv的防禦係統會將它當作友軍，從而避免原本設定的“有使徒進入下層就自爆總部”的程序被激發。
而對於墨釋君而言，零號機被吞噬，也是一個對自己有利的變化。
這段劇情，正是原著裏欽定的“初號機獲得s2機關永恒動力”的機會。無論新舊版，初號機都在這段劇情中大暴走，輕易擊敗了力天使並吸收了它的s2機關，從此成為不需要外接電纜就能行動的機體。
同時，將綾波麗收入初號機，也會令初號機更加強大。
新劇場版和舊版不同，初號機不是第二使徒莉莉絲的分身，而是第一使徒亞當的四個本體之一，真正的神之體。當它吸收擁有莉莉絲靈魂的綾波麗，以及同樣來自亞當的力天使的s2機關之後，幾乎同時湊足了“亞當、莉莉絲、eva”這三大要素，接近到直接發動第三次衝擊的水平，如果不是後背中了渚薰一槍，也許直接就能開啟人類補完計劃了。（當然也可能不行，因為還差了亞當的靈魂、莉莉絲的身體和正版隆基努斯之槍。）