主腦如和判別人類大腦是否滿足飛船操控要求，完全是按照那些神經元係統的模式進行判斷，所以飛船駕駛人員的培訓課程，基本上就是在鍛煉人類大腦和主腦之間的融合程度。
而胡蠅當初沒考上的那所帝國海軍學院裏，教授的就是這些培訓課程的中高級部分，至於在海軍學校裏學習的隻是這個培訓課程的低級部分。不過不管是中高級培訓課程還是低級培訓課程，最終的考核都是由飛船主腦來完成的。
由於有了大腦和主腦之間的溝通融合問題，所以能夠駕駛一艘飛船和能夠完全操控一艘飛船是有很大區別的。這一點胡蠅已經切身體會過了，當初他開著那艘蒼鷺級遇到海盜時，既沒有提前發現對方的蹤跡，也沒有在遭到襲擊時做出相應的反應。這就是說明胡蠅當時的能力僅僅是能把這艘蒼鷺級飛船開動，但是飛船的大部分功能他還沒有掌握。
按照這個理論，人類駕駛員把每艘飛船的操控級別大概分成了3級。1級意味著能夠駕駛飛船，並發揮出飛船30%左右的性能；2級意味著可以駕駛飛船並能發揮出飛船60%左右的性能；3級意味著這名駕駛員的大腦已經和飛船的主腦完全匹配，達到你即使我我即使你的程度，此時這艘飛船的全部性能才能完美體現出來。
這些理論上差別，到了實際駕駛中也會很明顯的表現出來。兩艘配置完全一樣的飛船，分別由一名一級駕駛員和一名三級駕駛員駕駛的效果差別很大。可以這麼說，兩艘飛船能夠相差出一個檔次以上，一級駕駛員的飛船如果是護衛艦級，那麼三級駕駛員駕駛的這艘飛船在很多關鍵性能上就是驅逐艦級，比如說火力密度、精度、射程，還有飛船的充電時間、立場防護罩強度、飛行速度、躍遷速度等等。
這樣一來，這艘由三級駕駛員駕駛的飛船就可以完爆那艘由一級駕駛員駕駛的飛船，甚至達到一對二、一對三的程度。
胡蠅在這2個多月的時間裏，一直在用那艘采礦船主腦上的飛船培訓課程來加強自己的飛船實際操控能力，如果按照一般流程來講，這種學習的進度是很慢的，尤其是從二級升三級的過程。
很多飛船駕駛員都可以比較順利的升到二級，但是對於三級卻很難指望，這裏不光有駕駛員努力不努力、聰明不聰明的因素，也有飛船主腦和駕駛員大腦互相之間的協同問題，至今為止人類還沒有研究出來這些神經元主腦到底如何判斷人類大腦和它自身的匹配度，所以也就一直沒有一個明確的說法告訴駕駛員到底該怎麼去訓練自己的大腦。
但是胡蠅在這個問題上就有了一個捷徑可以走，這還得再次感謝他那一雙對自己孩子不太負責任但是又很負責任的父母了。在胡蠅父母給他留下的那些資料中，就有一部分是他父母專門總結出來的飛船培訓經驗，雖然這些經驗大部分都是針對探索類型艦船的，但是原理都是差不多的，所謂一竅通則竅竅通，則無所不通。
通過這兩個多月的努力，胡蠅目前已經把自己對兩艘船的駕駛能力都提高到了二級，如果這個情況被帝國海軍學院知道，胡蠅就不用再去考試了，而是會被帝國海軍學院直接錄取。當然了，這些都是推斷，並沒有實際發生。
這兩艘船都是按照父母資料上推薦的船型來選擇的，第一艘就是胡蠅父親推薦的蒼鷺級護衛艦，這艘船胡蠅熟悉啊，說起來都是眼淚。第二艘是胡蠅母親推薦的茶隼級導彈護衛艦，這種飛船胡蠅隻在虛擬訓練中駕駛過。
胡蠅的父母非常有意思，雖然兩個人搭伴幹了幾十年探險工作，但是既不是夫唱婦隨，也不是婦唱夫隨。相反在很多意見上都有不同的見解，而且誰也說服不了誰，最終就隻能把有分歧的意見寫成兩份，每人一份都留給胡蠅，具體選擇哪個就看胡蠅自己了。
按說這是很民主很自由的方式，不過放到具體事情上，就讓胡蠅有點無所適從了。從他父母對飛船的選擇和裝配來看，胡蠅的父親是個比較傳統的探險家，鍾愛專業的探險船，對各種空間信號分析設備也是了如指掌；而胡蠅的母親好像更彪悍一些，她駕駛的飛船差不多都是具有很強攻擊力的戰鬥艦，在不太影響攻擊力的前提下，才會加裝一些輔助信號分析設備，嚴格說來根本不能算是探險船，更像是戰鬥艦。
【蒼鷺級護衛艦】，加達裏聯邦製造，整船體積16120立方米，全重1450噸，貨艙容量400立方米，無人機機艙35立方米；
最大飛行速度340米每秒，躍遷速度每秒6AU，最大躍遷距離79.5AU，躍遷準備時間6秒；