水是生態係統中最重要的一環，它不僅維係著大氣的循環，也蘊藏著生命。水體中，正常的食物鏈是：由綠藻吸收水中的氮和磷，浮遊生物再吃綠藻，小魚吃浮遊生物，大魚吃小魚……如此維持了水體的生機勃勃。
河流的汙染
河流生態係統實際上隨處受到非持續性開發、有限淡水資源過度利用和不合理利用的威脅。在地球上500條主要河流中，有250條因過度被利用遭到嚴重汙染而枯竭。
消失的濕地
地球上一半的濕地已經喪失，而且大多發生在過去的50年間。因為這些富饒的地區孕育了豐富的野生生物，濕地的喪失直接導致了以濕地為生的物種消失，不可挽回地損壞了生態係統中的生物多樣性。
縮小的湖泊
地球上的湖泊中將近一半因為人類活動而退化，主要的威脅是過度捕撈、汙染和物種引進等，這些威脅的源頭來自於不斷增長的人口，城市的擴張和無節製的工農業建設。
水體汙染
20世紀60年代開始，隨著工農業的發展，水域中積聚了許多人類活動排放的營養物。富營養化指當水體中的氮、磷營養性質過剩時引起的湖泊、河、海等水體水質汙染的現象。
水體富營養化
由於富營養化的關係，水體中的藻類及其他浮遊生物迅速繁殖，消耗水中的氧氣。整個水體因而發臭，最終造成藻類、浮遊生物、植物、水生物和魚類衰亡甚至絕跡。