9月14日，楚軍在黃金嶺擊敗太平軍，追逐五十多裏，斬殺六千人，釋放一萬多名百姓。太平軍餘部奔入徽州、歙縣境內。9月18日，楚軍各部趕到建口攔截，接收三萬人投降，收繳七千杆洋槍。太平軍餘部分散奔向遂安與開化。所到之處，無不遭到楚軍攻擊，連喘息之機都沒有。僥幸脫逃者，傍靠江山和常山奔向江西的廣豐。
湖州一克，蔣軍和楚軍一齊發力，迅速將潰軍全部趕到省界以外。浙江全境戰事平息。
這時候，對於左宗棠而言，最理想的局麵就是將太平軍餘部在江西境內解決掉。於是，他指示各部在江西東部追擊作戰。
9月24日，王開琳所部從玉山攔截洪福瑱，差一點抓住了洪秀全的後人。9月28日，黃少春會同王德榜追擊到鉛山，王開琳追到上饒，都有斬獲。太平軍餘部分頭奔向貴溪和新城，企圖與瑞金的太平軍會合。
貴溪已有劉典在這裏扼守，楚軍各部已經完成任務，陸續撤回浙江。鮑超在許灣重創了太平軍，追到東鄉，迫使陳炳文投降。太平軍餘部全部在瑞金集結。
清廷決定重用楊嶽斌，令他出任陝甘總督，對付西北的起義軍。張運蘭從廣西趕來，會同鮑超攻打瑞金，太平軍敗退廣東。
浙江的外國雇傭軍已遵約遣散，左宗棠帶領德克碑和日意格從事建設。他們考求西方國家的機器製造，仿造出蒸汽小輪船，於10月16日在西湖試航。航行成功了，但是速度有待提高。
太平軍餘部從廣東大埔折入福建汀州。張運蘭率輕騎馳達武平攔截，被太平軍包圍在永定，成為太平軍的囚徒，被處以死刑。太平軍接連攻克龍岩、南靖和漳州。李世賢和汪海洋等大將全部進入福建，燙手芋頭又回到了左宗棠的轄區內。
左宗棠不得不放下一切工作，部署對太平軍的最後一戰。誰叫他是閩浙總督呢？從前這個職位是個肥缺，可是輪到他來當的時候，就得整天麵對戰爭和死亡。
傳令：調林文察所部扼守泉州，康國器所部增援漳州。黃少春率四千五百人從衢州進軍延平，劉典的八千新軍從建昌挺進汀州，高連升率三千五百人從寧波泛海開赴福州。
這一次，左宗棠不用再用蠶食戰略，他要取遠勢，張大網，將太平軍逼到一隅，加以聚殲。
江西的湘軍席寶田部在瀘溪攔截洪福瑱，未能得手。隨後一路追擊，直達石城，終於將小天王捕獲，押到南昌，處以磔刑。
清廷為了酬答左宗棠的前後戰功，於11月9日詔封他為一等伯爵。左宗棠知道頭銜和榮譽都是包袱，上疏固辭。慈禧偏不讓他甩包袱，還給他增加負擔，賜名“恪靖”。
左宗棠進爵了，自然不能虧待共過患難的哥們。他奏請任命蔣益澧護理浙江巡撫，楊昌浚代理浙江布政使。
唉，既然恪靖伯爵的大帽子都戴上了，還能不保守一方平安？不用慈禧催促，左宗棠便自己出馬了。他向福建進發，要親自指揮徹底摧毀太平天國的這場戰役。
說了幾句公道話
1864年11月，朝廷下詔，對曾國藩參李元度一案，要求左宗棠查核是否屬實。
李元度是何許人？他本是曾國藩的幕客。那麼，曾國藩為什麼要參劾他呢？因為曾國藩曾經對他寄予厚望，要他領兵防守安徽的徽州，但是李元度辜負了他的重望，沒有守住。不過，很多人，包括曾國藩的學生李鴻章，都認為責任不在李元度，而在曾國藩自己。
李元度是個不懂軍事的書生，紙上談兵還可以，真刀真槍就不行了。這一點，明眼人都能看出來。左宗棠早就說過，曾國藩的幕僚，都是這麼一批眼高手低的人。左宗棠眼裏的李元度，頗似諸葛亮眼中的魯肅。李元度善良，順從，知書達理，對主公忠心耿耿，但並不是個軍事幹才。在曾國藩最困難的日子裏，李元度一直陪伴在他身邊，在曾國藩尋死的時候，李元度守在他身邊耐心地開導。他是個很好的保姆，卻無法幫助主公挽救敗局。
曾國藩卻偏偏要把這個保姆培養成大將。李元度在他的鼓勵下，學著領兵打仗，結果吃了敗仗。人家是勉為其難，又是初學，跌倒是難免的，按理說，曾國藩應該原諒他。可是，曾國藩偏要參劾他。所以，那一次參劾，許多人為李元度求情，李元度沒被清廷治罪。
李元度本該吸取教訓，不再染指軍事。可曾國藩先前的那番鼓勵，弄得他頭腦還在發熱。他還把自己當作能征善戰的將領，以拯救浙江為己任，打起“安越軍”的旗幟，領兵增援浙江。曾國藩當慣了他的上級，見他沒有請示自己就幹了起來，將他此舉定性為擅自行動。結果呢，安越軍沒能安越，杭州還是丟失了。曾國藩抓住這個把柄，再次參劾這個昔日的部下，羅列了四條罪狀。
由於李元度現在屬左宗棠管轄，所以清廷要聽聽閩浙總督的意見。
左宗棠回複道：兩宮太後明鑒，曾國藩參劾李元度的四條罪狀，隻有一條成立，其餘三條都是莫須有的罪名。
第一條罪名：徽州失守。
左宗棠意見：不成立。
李元度固守徽州，守了三天，但因太平軍兵力太多，李元度兵力太少，所以沒有守住。曾國藩說李元度在徽州失守前棄城逃避，是不符合事實的。
第二條罪名：擅自招募勇丁增援浙江
左宗棠意見：不成立。
李元度不是擅自做主，也不是別人唆使的，而是奉了前任巡撫王有齡的奏調，而朝廷也下了諭旨批準的。對於曾國藩的這條參劾，李元度一直為此感到冤枉。
第三條罪名：援救杭州不及時。
左宗棠意見：不成立。
李元度率領安越軍進入浙江時，金華和嚴州兩城已被太平軍占領，浙江東部到處都是太平軍。龍遊的防守固若金湯，李元度在城外駐兵，兩個月都攻不下來。他權衡輕重緩急，打算放棄對龍遊的攻擊，先去增援杭州。但是，他放眼一看，此去杭州，征途漫漫，堅城要隘，都在人家手裏，進兵之路早已斷絕，他是想進也進不了的。楚軍進入浙江之後，都花了兩年多的時間，才能攻克杭州，李元度當時孤軍一支，未能深入，是情有可原的。如果把丟失杭州的責任，怪到李元度的頭上，說是由於他的逗留不前而造成的，不足以令他服氣。曾國藩說李元度沒有努力援救杭州，完全是出於對李元度個人的成見，沒有尊重客觀事實，沒有體諒別人的難處。這條指控是不足為憑的。
第四條罪名：擅自招募勇丁增援浙江時，假報攻克義寧等城。
左宗棠意見：冒功之罪，可以成立。
當時李秀成從安徽南部和江西進軍湖北，意圖收羅部眾，擴張軍力。他擴軍之後，又借道江西和皖南，回歸金陵。李元度從平江和通城尾隨李秀成而推進，在太平軍撤退後進駐各城，卻吹噓自己收複了各城，實在近於無恥。我曾就此事詰問李元度，得到的回答是：當時安越軍隻是看見了太平軍的旗幟。由此推斷，兩軍確實沒有交戰。而李元度卻寫信報捷，致使湖北和江西的官員都根據他的報告上奏朝廷。因此，這條罪名，是可以成立的。
左宗棠在議論了曾國藩為李元度所擬的罪名之後，自己又給李元度加了一條罪名。
第五條罪名：不顧大局，因私誤公。
原告人：左宗棠
李元度率領安越軍來到浙江之後，固守江山一地，分出八營兵力隨我作戰，頗為出力。我對他倍加獎勵，期望他與我共度時艱。當時，我手下除了留守遂安的部隊，隨同出戰的隻有五千人，麵對的敵人是李世賢的全軍，加上譚星等人的花旗軍，就是二十多萬的大軍，眾寡懸殊啊。
可是，李元度在鬧情緒。他聽說曾國藩彈劾自己，致使自己罷官，就心煩意亂，大發牢騷，嚷著要走人。你要走就走吧，可是欠餉無從籌措啊。在撤軍時，考慮暫留幾營，緩期裁撤，等到軍餉能夠周轉時再說。李元度堅決不同意，要全部裁撤，而且把我指名要留下的幾個營撤去，以表示他的決絕。
在這件事情上，李元度做得太過分。他明知當時浙江大部分被太平軍控製，楚軍得不到軍餉，陷入困境，還天天逼迫我發還軍餉，不依不饒。我不得不斥道：國家有什麼對不起你啊，你竟然如此無情！李元度仍然不顧。
李元度一介書生，蒙朝廷恩典，擢升皖南道，轄境失守，革職拿問，又蒙恩擢升浙江臬司。革職後奉旨交給我差委，當浙江軍事危險時，他因自己心情鬱悶，如此不顧大局。這是可以成立的第二個罪名。
不過，左宗棠在奏折的末尾，再次指責曾國藩初次參劾李元度有負於曾國藩和王有齡，是出於“臣僚情義之私”，而不是出於“國家刑賞之公”，所以他不敢附和曾國藩的意見，請皇上將此案發到吏部按律定罪處罰。