宮野誌保：黑衣組織的科學家，核心人物，代號sherry，一直為了組織研究aptx4869的毒藥。再一次組織的行動之中，宮野誌保的姐姐宮野明美被組織射殺，因此，宮野誌保萌生了背叛之心，她自己吃下了自己製作的，還沒有完成的aptx4869，身體變小，才可以從組織逃出去，逃出組織之後，她找了一個唯一的希望，工藤新一。但是因為她一直是組織裏麵唯一可以接手aptx4869的人，所以，在宮野誌保叛逃之後，aptx4869的製作，研究依舊是毫無進展。
工藤新一：帝丹高中二年級，是著名的日本名偵探，被稱為日本警方的救世主，平城時代的福爾摩斯。但是，由於偵探的直覺作祟，再一次跟蹤組織交易的時候，被gin發現，喂下了aptx4869的未成品，由此，身體變小了，變成了江戶川柯南。在鄰居阿笠博士的幫助下，運用博士的一係列的發明，他終於，在毛利小五郎的籠罩下繼續破案，更是成就了一個“沉睡的小五郎”的美名。一次機緣巧合，他遇見了她，那個害他變小的罪魁禍首，他本應該恨她的，但是，接觸之後，他發現，她並沒有錯。於是，他給了她承諾，他要保護她。
真田千也：（新加）組織裏的核心人物，和宮野誌保一起長大，在組織的無情中，他的溫柔一直伴隨著她，他喜歡她，可是，他卻不能告訴她。因為在組織裏，他不能明目張膽的說出喜歡她，他害怕保護不了她。但是，他也用自己獨特的方式來給予宮野誌保那一份珍貴的溫暖，誌保當他是朋友，於是，他就是她最好的朋友；誌保需要他，於是，他就會馬上出現。千也一直在悔恨，為什麼當時沒有幫她。於是，他自告奮勇的出現了。
gin：組織核心人物，經常是一身黑衣，隻不過，任誰也不知道，在他冰冷殘忍的外表之下，那一刻溫柔的心。當然，他的溫柔，隻是為了一個人而存在——宮野誌保。那個他又愛又恨的女人。他愛她，愛到骨子裏，情願為了她而死；他恨她，因為她主動拋棄了他，她明明知道他愛她，明明知道他會保護她，但是，她還是毫不猶豫的離開了他。所以，他發誓，無論天涯海角都要找到她。但是，那一份愛，讓他於心不忍。在她終於安全的時候，他為了她而選擇死亡。
毛利蘭：工藤新一的青梅竹馬，他們從小一起長大，幾乎可以說是：她的世界隻有一個男人，那就是工藤新一，她愛他，愛到無以複加，愛到，在工藤新一變成江戶川柯南的時候，也是在癡心的等待，她相信，他會回來。所以她一直在等。最後，他確實回來了，但是時隔那麼久之後，那一份單純的感情，是升華了，還是暗淡了？
黑羽快鬥：大家最知曉的還是他另一個稱呼，怪盜基德。是工藤新一的宿敵，但是，卻也是為了自己父親的案件而盜竊。黑羽快鬥的父親，黑羽盜一，因為盜了組織的為了研究aptx4869而用的生命之石“潘多拉之石”，而被組織設計殺死，快鬥為了找出組織，以身犯險，身穿白衣，翱翔於夜空，擔任著基德的命運。
小泉紅子：魔女，她一直愛著黑羽快鬥，但是，她不能說出來，因為，他有一個單純，善良的青梅竹馬的女朋友，於是，她願意陪著他，在每一個危險的夜晚，幫助他化險為夷，她知道他的一切，她默默的付出，不求回報。她很堅強，魔女是不能流眼淚的，流淚，代表著魔力的消失，她要幫助他，所以，及時傷心，她也不會哭。她也是脆弱的，她用微笑掩飾著自己，不讓任何人發現。某個巧合，她遇見了那個同樣偽裝的女孩，宮野誌保，於是她們兩個惺惺相惜，彼此珍惜著。
服部平次：大阪警署本部長的兒子，集智慧，劍道於一身。有著“東工藤，西服部”的稱號，他也一直想和工藤一較高下，但是，相接觸之後，一種偵探之間的惺惺相惜便產生，於是他們成了至交好友。在工藤還是江戶川柯南的時候，他一直為了他而隱藏這個秘密。
遠山和葉：服部平次的青梅竹馬，亦是他的初戀女友，在人魚島，和葉為了讓服部活命，用人魚箭刺傷他的手。從那一刻，他們便綁在一起。（主線人物基本就這些，情節是既定的，結局也沒有認真思考。大家還是要見諒。）