1893年，內藤辭別政教社，跟隨髙橋健三離開東京，來到大阪，人大阪朝日新聞社，成為大阪《朝日新聞》的重要撰稿人。在內藤的人生道路上，高橋健三與上述內藤十灣、大內青巒、三宅雪嶺一樣，是具有重要影響意義的人物。
高橋健三（1855-1898）是一位致力於把西歐美術介紹給日本、具有西方文化素養的美術家，同時，他又是堅持日本民族文化立場，特別是堅持日本傳統美術特色的民族主義美術家。他對於明治政府的歐化主義也是持批判態度的。1892年底，他調人大阪朝日新聞社，成為大朝的實際主筆，當時，他正需要一位得力的秘書，由於《我觀小景》的精采文筆而受到陸羯南賞識的內藤，就由陸羯南推薦到了高橋健三身邊。
高橋健三對於日本傳統美術的稔熟與學養，也增進了內藤在這方麵的興趣與研究。1893年6月，高橋健三促成內藤作了一次奈良之行。被稱為日本“南都”的奈良，有法隆寺、藥師寺、正倉院等“上代開化之寶庫”，對日本佛教本已抱有興趣與相當研究的內藤，得以徘徊於“寶庫”之間，對於日本佛教的建築藝術、雕塑造型藝術、音樂藝術、書法藝術有了更真切的感悟。這些對於佛教藝術美的感悟，又啟發他去探求與研究日本文化及其與中國文化的關係等問題。
如由於對“雅樂”的興趣，推及“唐樂東傳”之史跡，繼而論及唐代文化的特點，內藤認為：六朝衰世，政治上出現無所顧忌的局麵，政治的軟弱有利於西域文明的大量輸人，景教在唐初確立，胡樂也空前發達，形成唐代文化的創造性特點。
又如對於書法的論述，內藤認為：中國書法的正統由王羲之發端而到唐初完成，但宋以後漸失其統，及至明清，更是喪失殆盡。而在日本，一直秉承中國書法的正統技法，隻是在江戶中期以後，受到明清惡習之傳染。但如從現在起恢複古法，日本書法是可以勝過中國的。
這些關於日中藝術文化的研究心得，反映在他的早期論著《近世文學史論》、《淚珠唾珠》及《燕山楚水》中。
高橋健三還是一位具有曆史主義意識的民族主義者，他推崇中國的劉知幾，提倡治史要有“才、學、識”，而尤以“史識”最為重要，因為曆史研究必須有識斷，能知往鑒來，對現實社會有幫助，這些對於內藤的曆史觀念的形成也是有影響的。內藤日後對中國史學史中以司馬遷、鄭樵、劉知幾、章學誠等一脈相承的史家特別地推崇，強調學術要具有實用性，蔑視閉門造車的迂腐學者等觀念，與此亦不無關係。
甲午戰爭與所謂“天職說”
內藤在大阪朝日新聞社期間最重要的事件當然是發生了中日甲午戰爭。
進入19世紀90年代以來，日本海外發展的政策得到全國各階層的支持。殖民地的獲得，可以解決國內人口過剩並向海外提供有能力的人才，藉此構築起抵禦西歐侵略的防護網。在這種社會背景下，思想言論界的知識分子，越來越熱衷於談論所謂日本的前途與天職，他們把日本的命運與亞洲聯係在一起，認為日本的天職就是對亞洲各國負有使命。從知識分子的意識出發，對日本前途的思考是與對於中國文化的評價聯係在一起的，即如何麵對這個曾經賜福過日本，如今又老大落後的鄰國——中國，如何看待中國傳統文化、中國國民性？中國今後將往哪裏去？日本文化與中國文化的關係如何？這些問題越來越不容忽視地擺在了探求日本出路的知識分子的麵前。
內藤湖南對於中國曆史文化的關注和研究，即始於此時。甲午戰爭期間，內藤寫了一係列重要文章，這裏分析其中重要的三篇，以見其當時的主要思想。
1894年8月，在甲午戰爭剛剛爆發才三個星期時，內藤發表了《所謂日本國的天職》一文，闡述他對當時戰爭的看法及日本於此應盡的天職。首先，他批駁了武力占領說。針對當時日本國內叫囂要吞並中國的狂熱觀點，內藤指出，這種觀點不僅有礙東亞和平，而且也是對於日本防衛西歐侵略力量的削弱。日本不能靠著這些僅有的“人口勞力資本”去使中國殖民化，因為中國的風土對一般日本人來說是難以忍受的“險惡”，而且讓四萬萬中國人去說日本語也是不可能的事。其次，他駁斥了中國守舊停滯說。從福澤諭吉的“脫亞論”出台以來，中國在當時日本人心目中的形象是因循守舊，不思改革，是亞洲落後的代表，是日本“東方的惡友”。而日本則是亞洲唯一可以代表西洋新文明的強國。因此，當時的言論認為，日本責無旁貸，應以進取的新文明來警醒落後的中國，使之趨於進步。另外，基督教思想家內村鑒三。劄幌農學校畢業後，曾留學美國。1891年在第一高等中學任教時，因拒絕《教育敕語》的禮拜儀式，被免職。後在任《萬朝報》記者期間，因批判足尾礦毒事件，反對日俄開戰，主戰非戰論，與幸德秋水、堺利彥等人一起辭去《萬朝報》之職。以《聖書之研究》雜誌倡言和平。
也於1892年曾寫過《日本國的天職》一文，認為日本從地理位置來說是處於西洋與東洋文明之間的一塊飛石，所以，它應該是“共和的西洋和君主的支那”之間、是“基督教的美國和佛教的亞洲”之間的媒介者，因為“東洋國民中隻有日本人能了解歐美文明，而文明國民中又隻有日本人具有東洋思想”，因此，日本國的天職就應該是作東西洋之間的媒介，把“器械的歐美”介紹給“理想的亞洲”，以進取的西洋來開化保守的東洋。