由於中國完善的史官體製起源早，在記述中國曆史時也同時記載了與中國有關係的中國周邊國家的情況，如日本、朝鮮、蒙古等民族和國家的曆史，最早就是在中國史書中被記錄的，因為當時這些民族或是尚未成立國家、或是還沒有史官製度，總之是還沒有曆史記錄。因此，中國曆史“對於了解東洋全部曆史，對於了解文明的發展，至關重要”。
內藤湖南以上這些論述，從現在看來，似並無什麼新意，一些論斷遠者已有如劉知幾等人提出，後來更為史學史研究者所詳細論述。它的意義在於，在當時學術界全麵否定中國傳統史學的大趨勢下，內藤所堅持的對於中國史學的這種獨到的、理性客觀的態度。
在中國史學發展史中，清朝史學是內藤重點研究的領域。在清朝學術格局中，史學也是內藤的主要關注對象。他說清朝的學術，經學以下比較發達的就是史學。事實上，在以上關於經學的論述中，已有部分涉及史學的，這與中國傳統學術的格局有關，經學幾乎是一切學問的中心，史學隻是經學的附屬部件。而清朝的史學研究也正是因“經學研究漸漸擴展而波及、發展起來的”。
作為清朝經學的開山祖黃宗羲、顧炎武二人，同時也正是清朝史學的鼻祖。黃宗羲自己雖然沒有留下史學著作，“但他的門人萬斯同則作有《曆代史表》，這是一部很有名的著作。是受到了黃宗羲學問的影響而作成的。所謂浙東學派在曆史學方麵的特點，就是因為有了萬斯同的成就才形成的。繼此，有全祖望，留意明末的曆史，寫有大量這方麵的文章，他也可以說是一位曆史學家。總之，因為黃宗羲的浙東學派，清朝才漸漸有曆史學家出現”。對於顧炎武在曆史學方麵的成就，內藤極高評價了《日知錄》，說它開啟了“對史籍作仔細的調査、翻檢，根據曆史事實來確認史書上的記載是否正確這種治學方式的先河。《日知錄》中，含有作為史學著作的優秀的成分”。與內藤湖南把《文史通義》作為專書課來研讀一樣，內藤的同事狩野直喜也十分推崇顧炎武，把《日知錄》作為東洋學學生必讀的專書。
對於清朝史學全體，內藤著重論述了以下幾點：
一、清修《明史》表現出反道學的思想傾向。“以往的曆史以《通鑒綱目》為根基，按照《通鑒綱目》的規則，對曆史事件、曆史人物作褒貶黜陟”，但修明史時，朱彝尊上書明史館總裁，提出取消《道學傳》，他說：《史記》以來，曆來正史隻設儒林傳，但宋學和朱子學家們則在儒林之外，又另立“道學傳這種區分成為後來朱子學派與漢學派之間爭端的根源之一”。由於朱彝尊的倡議，明史在實際編撰中就取消了儒林與道學的兩分法，而統一於“儒林傳”。《明史》總其成者是王鴻緒，他的“史例議”中也多有對於朱子學的批評，說明編寫《明史》所依據的不同於《通鑒綱目》的編撰方針。內藤敏銳地指出：這是清朝“曆史學理論對朱子學的一個變化”，是清朝史學表現出的與“宋、元、明以來的史學完全不同的思想征兆。”
二、考證精神與方法的確立。內藤介紹了在考證舊史方麵最有成就的王鳴盛、趙翼、錢大昕三人，其中他特別推崇的是錢大昕的《十駕齋養心錄》，稱它“是一部開啟新史學的重要著作，該書的體例依史學始祖顧炎武的《日知錄》，涉及經學、史學及其它所有學問，他的學術方法在實事求是的方針下，更為綿密嚴謹，因此，不僅他的研究結論在今天大體上仍是正確的，而且他的研究方法也仍為今天的中國學者所模仿、學習。”在這個意義上，內藤認為錢大昕是為清朝考證史學奠定基礎的人，他在清朝史學上的地位就如戴震在經學上的地位一樣，是不該被遺忘的人。“由於此人，清朝的史學才成為真正意義上的史學。依據他們所開創的流派，人們開始從事各種局部性的研究”。內藤概括清朝考證的方法，一是“盡可能地收集所有的資料而發現信實的事實”，二是“史料方麵應該用最根本的史料”。三是“根據可靠的事實進行研究”。總之改變了以往史學隻注重褒貶黜陟的空論的觀念，開始以事實的研究為主來對待曆史學，而第一根本就是必須依據信實的史料。這是清朝史學的顯著之處。
三、曆史地理學在史學中成為重要分支。曆史地理學在曆史學中，雖然是後起的學科，但在清朝，卻呈現出蓬勃發展、成果豐碩的景象。內藤一一介紹了這方麵的重要著作，如顧祖禹的《讀史方輿紀要》，“是關於中國全體的曆史地理著作，是政治上的曆史地理學”。齊召南《水道提綱》的記載，“是依據傳教士所作實地調查，用漢語寫成的記錄”，反映了地理研究上新的科學方法的運用。魏源的《海國圖誌》則開啟了中國人對於海外地理的研究意義非同一般。在清朝“中國外部夷狄區域的地理研究”即塞外史學、西北地理的研究成為一個熱門。在這方麵，錢大昕也有開創之功，他鑒於《元史》是二十二史中最為粗略的一種，因而，依據新發現的蒙語《元朝秘史》，重新撰寫出一百卷的《元史稿》。後來，洪鈞在出使西洋作公使時，發現並利用了西方的元史材料《皇元聖武親征錄》一書，作成《元史譯文補正》，把錢大昕以來的元史研究更推進了一步。近年又有屠寄的《蒙兀兒史記》，柯劭態的《新元史》出版。另外，從當時的政治、外交需要出發，西北地理也成為有誌之士關注的焦點。如“《皇朝藩部要略》記載人清以來蒙古藩之事”，《朔方備乘》“原本的書名是《北徼彙編》，是研究中國與俄國的邊境問題的”。