1898年9月21日，慈禧太後借助擁有清朝軍權的榮祿發動了戊戌政變，幽囚光緒帝，廢除所有變法新政，戊戌六君子在菜市口為國捐軀，康有為、梁啟超等人在英國、日本的掩護、幫助下臨危脫險，避難於日本。百日維新宣告流產。
內藤湖南關於這一時期的論述大致都發表在《萬朝報》上。《萬朝報》是當時東京行銷量居於第一的有影響的大報。報社的社長黑岩淚香是日本在亞洲推行擴張主義政策的積極支持者，因此，主動網羅中國問題專家到報社任職，在《萬朝報》形成一個以討論、爭辯中國問題、亞洲問題為中心的氛圍。這一方麵因迎合了社會的普遍關注而有效提高了報紙的行銷量，一方麵也有力地吸引了有關中國問題的人才。內藤就是在這種情況下，於1898年5月起加人《萬朝報》的論說陣營的，當時同在報社參與發表議論的還有內村鑒三、幸德秋水等有名人士，這一陣營的言論大致是以批判政府的施政方針為立場的。從內藤湖南這一時期所發表的論說文來看，他不僅在中國的內政問題、中日關係、日本與在亞洲得勢的歐洲列強之間的外交關係等方麵堪稱卓然成一家言的專家，而以在各種報紙上發表日譯偵探小說而知名。1892年創刊《萬朝報》，攻擊明治藩閥政府，批判上流社會。日俄戰爭前曾一度提倡非戰論，後轉為主戰論。主要著作有《天人論》、《人生問題》。
且，還運用豐富的曆史知識發表對中國改革維新運動的觀察和評論，使自己中國問題專家的形象更趨成熟，同時他的言論也越來越受到廣大讀者的關注。
內藤湖南關於戊戌變法的論述，主要有：1898年9月11、13日連載的《清國改革的風氣》；1898年10月27、29、30日連載的《支那改革說的二時期》；1898年12月10、11日連載的《讀梁啟超〈政變論〉》；1899年2月9、10日的《清國改革之風氣未燼》；1899年8月27日的《支那改革的難易》。以上文章除最後一篇外，均刊登在當時的《萬朝報》上。這些文章除了當事人梁啟超的《戊戌政變記》之外，可以說是最早的記述中國戊戌維新的著作，也是最早將明治維新與戊戌維新作比較論述的著作。1899年9月至11月，內藤湖南第一次到中國觀光旅行，實際的考察與交流使他對中國的維新改革運動有了更為具體的認識，也多了一些新的論調，這些言論也陸續發表在《萬朝報》上，後來結集出版在他的中國遊記《燕山楚水》中。
概括而言，內藤關於戊戌變法和中國維新運動的論述有以下幾方麵的內容：
明治維新與戊戌變法的比較
1868年的明治維新和]898年的戊戌維新，相距正好三十年整。中日兩國維新運動的目的總體來說，都是為了突破和改革封建體製的束縛，接受西方先進的物質文明和思想文化，以增強國力，在歐美列強虎視眈眈的環視下以圖自存和發展。中日維新運動的發生雖有先後，但對西歐列強而言，中日兩國無論從地理位置、社會狀況、經濟力量等多方麵都有相似之處，所以，決定了兩國的維新運動有許多可比性。尤其是從結果看，日本的明治維新成功了，基本達到了當時勤王倒幕、維新自強的目的；而中國戊戌變法則隻維持了一百零三天就悲壯地夭折了。把這兩次運動加以比較研究，可以總結經驗、獲得教訓，從而更為深刻地理解中日兩國的近代曆史以及由曆史所造成的種種社會、文化現象。80年代以來，中日近代化比較研究、明治維新與戊戌變法的比較研究，一時曾在近代史研究中形成熱點，也可知這種研究的價值隨時代的發展仍然受到有識之士的關注。
內藤湖南的這項比較研究是最早的，因而也是比較粗略的。他的比較論述可以分為兩個方麵，一是從兩國維新運動的整體過程來說，可以說它們有相同之處，也有不同之處。如兩國的維新運動都是從倡言建設海防、建立外交機構、強調富國強兵開始的，這與東亞近代的命運都是以回應和抵抗歐美列強的侵略為開端有關。而維新初期兩國還存在相同的弊端：對西學的一知半解。他說，今天的日本人動輒“指責中國的名士不解西語，而誇耀一知半解的西學的人很多，其議論之陳腐，既不合歐洲最近之學說，又不足以當拯救清國時局之策；但實際上，我國維新前斡乾旋坤的諸位豪傑，又有幾個是能夠真正熟條掌握西語，通曉西方國情、文化的呢？”至於中國與日本的不同之處，大致有：一、改革發生慢。“中國與外國的接觸本早於我日本，而國內改革論的變化卻遙遙晚於我日本。這是其國情民性使然”。二、危機感遲鈍，愛國敵愾之情薄。內藤把上述情況歸之為“其國土龐大，故即使國勢危急，民眾的感知也極其遲鈍，因為民眾在吏製頹廢之下被戮殘了天性，積數十百年，故愛國敵愾之情薄，若非身家直接之故，不以為事變。所以，自道光鴉片之役後七十年，才有覺醒之機，而其成功猶為世人所疑”。三、中國人的另一特點是長於“談形勢，講橫豎”，短於付諸行動，實際實施。“視其筆之所書，其議論精致，反勝於開鎖紛紜當時我國士人之論”。
二是從維新運動當時中日兩國國內所存在的對立雙方力量的對比來看。梁啟超在逃遁到日本後的1898年12月，在日本政教社的雜誌《日本人》上，發表了《論中國政變》一文，詳論政變發生的原委。在此文中梁把戊戌政變的原因，歸為帝後之爭、新舊之爭、滿漢之爭、英俄之爭四端，而根本在於帝後兩派之爭，具體而言是帝欲開新、用漢人、聯英日與後欲守舊、用滿人、親俄國之間的爭端。內藤湖南說，中國的這種情形與“我國安政慶應之時大略相類，清皇可比我孝明天皇，西後可比我大將軍，滿洲全族可比我幕吏，清皇賜康有為密諭，說不變法則祖宗國家難保，變法則朕位難保。可見與西太後、滿洲大臣之難以兩立”。但從中日之間國內對立力量的比較來看，中國有三難：即日本是“君臣之分”、中國是“母子之名”；日本的“天皇與將軍一住京都，一住江戶，未嚐相逼而處，便於京都的公卿處士與天皇從容籌劃，而中國的帝後則同處一宮，皇帝的左右盡是西太後的親信，密諭一下欲以自保，則禍變已起，清皇簡直成了西太後的人質”；第三，日本勤王有數百年的強藩作軍事保證，而中國的督撫大臣不斷更換，力量不足以與政府抗衡。
內藤認為：在上述這樣對以光緒帝為中心的維新派極為不利的艱難情況下，“清國的誌士手無寸兵，而輕舉易於招致怨憤的改革”，既實行改革運動，又缺乏確保運動順利進行的軍事力量和切實措施，這是維新變法所以失敗的重要原因。
對中國變法自強運動發展曆史的評價
內藤的《中國改革說的二時期》可以說是最早的關於中國變法自強運動的簡史。內藤湖南一貫認為：中國民族由於曆史的原因，一直以自己的國家為天下的中心，認為自己國家的文化、製度為世界最好的、最高的境界，因此，中國人一向傲慢自大，目中沒有別的民族和文化，稱自己國家之外的地方一概為夷蠻狄戎，認為是野蠻未開之域。這種情況直到鴉片戰爭後，由於中國的連連挨打才漸漸有所改變。有識之士開始意識到必須改變現狀、變革自新。這就是中國“改革說”的發端。“道光、鹹豐，兩次受外敵侵襲，既締結了割地之約，以至蒙受城下之盟的恥辱，又加之發匪之亂，十七年間，使東南數省之地糜爛不堪。國家的形勢到了不得不變的地步”。
內藤認為中國自同治以來到戊戌年間的一係列改革，以甲午戰爭為界可分為兩個時期。第一時期以李鴻章、左宗棠、張之洞為代表，主要是對西歐式軍事工業和軍備設施的建設。他概括這一時期的改革成就：
一是創立海軍，加強海防力量。“先從兵製下手，李鴻章、左宗棠麾下，早在同治初年就已有歐式軍隊數萬人，江南、福州的造船廠相繼成立，河東、海光寺的機器局、廣東、吉林、成都、杭州、濟南等地的製造局，從同治末年到光緒年間，漸次建成，勇丁練兵，也都運用西式槍炮，武備水師學堂在天津、福州、廣東等地相繼而起。因此，在同治初年連一艘軍艦也沒有的中國，三十年間，到日清戰爭之前，已有了強大的戰艦九十餘艘，海軍裝備有八萬噸之多，旅順、威海衛、鎮海、福州、廣東、台灣等沿海地方，炮台、防備設施的建造，使得中國在外交上的地位有了很大的提高”。