另外，專製製度說到底還是一種人治的政治，這決定了它的任何具體製度都具有彈性或伸縮性，至多都隻能是一種禮法或習慣法，而缺乏現代法律製度的剛性。從這一意義上說，專製君主往往既是製度的創製者或推行者，同時又是製度的規避者與破壞者。具體說，君主對太子好惡往往是影響嫡長製能否實行的重要因素。如漢武帝晚年喜愛少子劉弗陵，常常對人誇他“類我”，後來果然將其立為太子。後世君主也常常以此為理由廢嫡立愛。另外，皇帝對於太子生母的感情變化，也是其中的一個重要變數。因此，嫡長製下的繼承人資格最終是根據生母的身份貴賤確定的，一旦皇位繼承人的生母因失寵而動搖皇後地位，勢必連帶危及太子的地位。而在皇帝多內寵的情況下，受寵對象往往隨時而變，必然使嫡長製不斷遭到破壞。如漢武帝時衛後寵衰，太子劉據於是不保；光武帝劉秀由郭氏而移寵張麗華，太子劉強隻有惶恐讓位與陰氏之子（明帝劉莊），都是著名的事例。
最後，各種權貴勢力如幹政的宦官、外戚後妃集團常常出於各自的利益，幹擾嫡長製的實行。如東漢時期一些外戚後妃為了把持朝政，乃至故意“貪立幼主以久其政”；唐代中後期，宦官不僅把持朝政，甚至出於政治鬥爭的需要而對皇帝廢立生殺，當然也就談不上嚴格實行嫡長子繼承製了。在這種情況下，勢必出現嫡長製的某些變通或變態的情況：其一是兄弟相及。如唐敬宗無子傳位於其弟文宗，文宗無嗣傳位於另一皇弟武宗，宋哲宗無嗣傳位於徽宗。其二是選擇宗室子弟入繼。通常是在皇帝無嗣的情況下，從皇室近親子弟中過繼一人，以填補皇位繼承人的真空。如西漢宣帝、哀帝，東漢的安、質、桓、靈諸帝，宋代的英宗、孝宗、理宗，明代世宗等等，都屬於這種情況。
應當說，僅就皇位嫡長製本身來說，其弊端也是顯而易見的。在這種繼承製度下，無論是“立嫡”還是“立長”，都公開放棄了才德方麵的要求。可以說，它是一種典型的非智能型的皇位繼承方式，勢必在嫡長製的“產出”與君主專製政體的需求之間造成嚴重的脫節：一方麵，君主專製製度畢竟是一種人治形式，在製度的設計上，君主被賦予了至高無上、不受法律限製的絕對權力，被擺在“一言以興邦，一言以喪邦”的位置，這要求君主必須是至聖至明、至善至美的全能人物；然而嫡長製恰恰是立嫡、立長而“不以賢”，從而在君主所擁有的製度化權力與其實際的政治能力之間發生了嚴重的衝突或不對稱問題。曆史上幼童、白癡、昏庸之徒不斷登位的事實，在很大程度上就說明了這一點。至於嫡長製實行中的一些變通和變態方式，有的原本就是君主個人好惡或者權貴勢力爭權奪利的產物，當然也不可能解決君主權力與能力不平衡問題。
既然嫡長製存在著十分明顯的弊端，且又在實際操作中麵臨諸多問題，為什麼又能夠為曆代封建專製王朝所繼承，並被奉為“正法”、奉為皇位繼承製度的基本形式？這首先是因為，秦漢以後的封建君主專製製度是在先秦基礎上發展而來的，是先秦君主製度發展演變的必然結果和更高階段。雖然在春秋戰國時期也發生了劇烈的社會變動和頻繁的、大規模的兼並戰爭，但它們所導致的文化交流基本上屬於華夏各民族內部的同質文化的交流，並未遭到異質文化的大規模衝擊與挑戰，因而不會打斷中國文明發展的連續性過程，使得傳統的東西更容易繼承和保存。西周以來的宗法製度雖然也在“禮崩樂壞”的曆史動蕩中遭到很大衝擊，但其觀念和基本原則卻以新的形式保存下來。
特別是，君主專製製度本身就是一種講求君尊臣卑的體製，宗法製所體現的嫡長尊卑等級觀念，恰恰適應了日趨強化的君主集權運動的客觀需要；君主專製製度肯定國家最高權力由一人私有獨占，表現出前所未有的“私”的性格，它似乎比任何政治製度都強調對政治權力、政治職位的排他性與獨占性，而作為西周宗法製度集中體現的嫡長製，則為滿足這類需要提供了現成的法寶。嫡長製之所以被曆代專製王朝奉為正法，還因為它比較能夠減少爭奪皇位的衝突，對於政治秩序的穩定最為有利。
在皇帝多妻多子的情況下，除嫡長製之外，選擇繼承人的可能方式理論上還有“選賢”與兄弟相繼。但賢與不賢本身就是一個主觀評價的問題，標準不容易把握，實際上等於無標準。而在私有觀念深入人心的情況下，采用兄弟相繼的方式也缺乏硬性的約束力。因為“兄弟之親本不如父子，而兄之尊又不如父，故兄弟之間常不免有爭位之事”，兄終弟及的原則事實上無法抵擋住權力私有欲、獨占欲的衝擊。隻有根據“嫡、長”這些先賦的或“天定”的條件，把皇位繼承資格最大限度地限製在一個人身上，才能確立起比較明確的、可操作性的標準，才可能杜絕其他皇子的非分之想，較好地避免諸子爭位、骨肉相殘的局麵。