當時，許多朝臣和魏忠賢結交，有的不惜屈膝求榮，甘願成為他的義子。但當時朝野頗具盛名的東林黨人卻絲毫不買他的賬，還連連上表要求皇帝處治他。東林黨人周宗建上書給天啟皇帝，指出魏忠賢的不忠不賢。這道上書長達千餘字，全篇揮灑淋漓、字字充滿正氣，尤其是指斥魏忠賢弄權誤國的那句“千人所指，一丁不識”，讓所有閱讀過這篇奏折的人都深為震撼，連魏忠賢本人見到這句話都大驚失色，出了一身的冷汗。
這道上書，標誌著東林黨人與魏忠賢的對抗從一般的朝野議論發展到政治上的水火不容。魏忠賢當然不甘示弱，他一麵布下爪牙暗中監視東林黨人，一麵通過自己在宮內的關係向皇帝告狀，說大臣們藐視朝廷，借指責他魏忠賢來影射天啟皇帝昏庸無道。
天啟皇帝朱由校本人性格比較懦弱，而且懶散不喜處理朝政，加上他對國家情況的一無所知，所以他很輕易就相信自己身邊的親信，把政務基本都交給他們處理。他的乳母客氏與魏忠賢早有勾結，他們合力阻塞皇帝的視聽。皇帝對外界的了解，基本都是他們和他們的手下所做的彙報，讓皇帝也失去了判斷是非的能力。盡管如此，天啟皇帝聽說那麼多大臣反對一個宦官，雖然不知道整件事情的來龍去脈，還是覺得很奇怪，也沒有馬上作出任何處理，隻是象征性地將上書的周宗建罰俸三個月，想以此平息事端。
但是東林黨人沒有就此罷手，而是希望皇帝能夠徹底查辦魏忠賢。於是，左副都禦史（禦史機構的副長官）楊漣也上奏章揭發魏忠賢的罪行。他在奏章中陳說厲害，指出了魏忠賢的二十四條主要罪狀，有理有據，不容置疑。在他上奏之後，東林黨人紛紛上書給皇帝要求懲辦巨奸魏忠賢，短短數日之中，就有一百多道上書論及此事。
魏忠賢得知東林黨人上書的消息，十分震怒，他收買了刺客去刺殺楊漣，但楊漣臨危不懼，令刺客為之感動，毅然放棄了殺害楊漣的任務。於是，魏忠賢隻好再次在皇帝麵前搬弄是非，請求天啟皇帝為他做主。
魏忠賢及其黨羽給東林黨人安上了一個結黨營私藐視朝廷的罪名，而且也言之鑿鑿。皇帝被他們蒙蔽已久，對魏忠賢也是百般安撫，於是下令將三百餘位東林黨人或免官，或奪回封號，或禁錮終身，剝奪了他們參政議政的權利。之所以沒有將他們就地正法，是因為皇帝覺得楊漣等人還算忠臣，而且也聽到過一些楊漣等人的事跡，不想草菅人命，加上天啟皇帝天生懦弱，怕真的有陰司地獄的報應，所以對殺頭的事情能免則免。
天啟四年，被貶官的東林黨人楊漣和左光鬥離開京城準備回鄉。誰知魏忠賢又設下一道奸計，他借熊廷弼事件，想查處東林黨人貪汙受賄的證據再製造罪名。可是結果令魏忠賢大為失望，楊、左二人離開京城時，行李物品甚少，也沒有什麼值錢的家當，簡直和普通的遊人差不多。但魏忠賢豈能善罷甘休，命令手下將已經回鄉的左光鬥、楊漣、周朝瑞、袁化中、顧大章、魏大中等人逮捕，押解到京城審訊。
這些東林黨人被送到北鎮撫司審問。北鎮撫司向來以酷刑逼供著稱，這次接到了魏忠賢的指令，更是對楊漣等人大刑逼供，要求他們供認出自己貪贓枉法收受巨額賄賂的罪行，並責令他們在限期之內交出贓款贓物。
這些人都以清廉為世人所稱讚，貪汙受賄的事情根本就是捏造，但公堂之上是不容分辯的，如果不承認自己有罪，就要嚴刑拷打，如果承認自己確實貪贓枉法，就要交出一大筆所謂的贓款，也是他們根本交不出的。這幾個人就在北鎮撫司經受了多日的折磨，審訊中，周朝瑞、袁化中、顧大章幾人被棍棒活活打死。
看到奸佞當道、賢良受誣的事實，楊漣悲憤不已，在公堂上對同時被逼供的家人說：“你們回家之後，告訴我的孩子們，不要讀書，讀書也是對誰都沒有用處的！”但這番氣話救不了他們，東林黨人要求釋放他們的上書也被魏忠賢扣下，皇帝並不知曉。