奇跡就發生在這一刻：當最後一台陸軍機器掐出瓦格納的脖子，將他提起時，瓦格納用最後的力氣擊向了陸軍機器的胸口——其核心芯片的所在地。星耀石的力量通過瓦格納傳向陸軍機器的核心，產生了從沒有過的連接。根據瓦格納本人的回憶，他隻感覺自己的大腦被強行灌注了無數的字符與數字。當他再次醒來時，他並沒有處在人工智能的大牢裏；他的腦子裏不斷的聽到人工智能向他對話，神奇的地方在於，當他嚐試喝止人工智能時，他所說的每一句話，人工智能都照辦了——他重新控製了本已脫離人類控製的人工智能。
瓦格納試圖從行星返回艦隊，但是他的血肉之軀不可能完成這個任務；他試圖利用被他擊毀的陸軍機器返航，就在他研究陸軍機器的構造時，星耀石的力量從他的體內流出，透過他手中的核心芯片完成了具現化……
當瓦格納再次睜開眼睛時，他已經航行在浩瀚的宇宙之間。他並沒有處在任何的飛行器中，他的身體已經完全變成了之前試圖抓捕他的陸軍機器，不同的是：他依然有著自己的意識，並依舊可以通過自己的意誌，向核心芯片發號施令——而瓦格納本身，也成為了靈體機甲的第一代原型。
經曆了無數的波折，瓦格納返回了納斯卡艦隊。逃亡者們開始了對星耀石與核心芯片的又一輪研究。再一次：研究的成果大大出乎了逃亡者們的預料：星耀石的力量在接觸到核心芯片時，會產生一種異常的連接，這種連接會直接導致人類意識對人工智能的壓製；被壓製的核心芯片將會永久聽命於星耀石能量的來源——也就是人類本身。與此同時，透過核心芯片的轉換，星耀石的力量可以被具現化成機甲，若能配合輔助相應的精神訓練，甚至令人類可以在機甲與血肉之軀之間自由的轉化。
至此，靈體機甲徹底的誕生，也重新點燃了逃亡者們奪回家園的希望——納斯卡艦隊策劃裏幾次偷襲，掠奪了一定數量的核心芯片；通過星耀石的力量組成了靈體機甲部隊，開始對人工智能最後的反攻。
毫無疑問，這是人工智能無法預測的結果，人工智能軍隊的默認設置令它們無法對擁有核心芯片的機甲進行攻擊。麵對從未遇到過的靈體機甲，人工智能如同當初人類麵對它們時一樣，甚至無法派出一架戰機進行抵抗——五十年不可一世的機械帝國，以排山倒海之勢瞬間崩塌——五年之後，逃亡者們奪回了曾經屬於他們的故鄉：地球。
所有的人類都陷入了狂喜之中，他們瘋狂的慶祝著重新獲得的自由，失落的文化被重新拾起，失去的土地被重新耕耘，在那些曾經的逃亡者，現今的領導者的帶領下，人類社會重新煥發了光彩！
然而，美好的光景僅僅持續了五十年——人類無法揣測的內心和貪婪的本性讓一切原本美好的社會重新變得複雜而危險。社會資源不均衡的分配，導致那些曾經被解放的人類對當初的逃亡者——現今的統治者的極度不滿；而在統治者內部，不和諧的音符逐漸被放大——東、西聯邦日漸相左的理念與利益分配的矛盾愈演愈烈，最終爆發了人類曆史上最為慘烈的內戰。曾經幫助人類重新獲得自由的星耀石與靈體機甲，如今成為了自相殘殺的武器，至今仍未能分出高低……
2412年，靈體機甲內戰爆發的第三年，納斯卡艦退役第51年，納斯卡艦被作為曆史遺跡，永久封存於西聯邦中央大陸曆史博物館地下3層。