在距離地球5500公裏的地方，有個荒蕪而且燥熱的星球，它叫火星，這本是人類的母星，是她哺育了人類，見證了人類的發展曆程，但遺憾的是，人類的貪婪破壞了火星的生態平衡，毀掉了這顆美麗的星球。在人類不得不選擇離開火星時，更是不顧一切的釋放了核武器，讓這顆星球飽受催殘。為什麼會有如此極端的行為呢，這還得從搶奪資源開始。在火星時代的3003年，火星上還有100多個國家，其中科莫、呼絲拉迪、蓋斯樂是最強大的3個國家，他們都有各自的軍事組織，雖然他們有共同的聯盟組織來處理星球事務，但彼此的意識形態存在分歧，往往效率很低，有時會鬧得不可開交。就在這一年的2月26日，科莫單獨行動占領了含有豐富資源的北極，從而引起了整個火星的動蕩不安。科莫的智能團意識到未來的危機，於是選擇了100個14－16周歲的高智商孩子送往離火星最近的星球——地球，並將所有的太空艦隊一起派往地球，雖然那裏有少部分神族守護，但在生死存亡的時刻，科莫人也管不了那麼多了。在科莫送完100個孩子飛向地球的同時，火星的黑暗時代到來了。呼絲拉迪、蓋斯組成了聯盟軍向科莫發起了討伐，當初科莫在南極開發期間，米希爾、蓋斯樂及世界各國發出了嚴重警告，但科莫的總理周通並未理睬，麵對科莫的橫行霸道，米希爾總統謝達斯獨斷地派艦隊摧毀了科莫的北極基地，至此無法回頭的大戰爆發了，科莫聯合呼絲拉迪向米希爾及其盟友發起攻擊。實力強盛的科莫幾乎控製了火星的整個海麵，侵略與反侵略相持著，世界各處狼煙四起、戰火紛飛。經過十幾年的戰鬥，全球的反戰呼聲高漲，但刺殺、恐怖活動、社會動蕩、起義等遍地開花，饑荒、疾病、環境惡化將人類拖入了最為黑暗的時期。麵對資源緊缺，汙染嚴重的世界，科莫人瘋了，他們開始了大屠殺，目的是減輕火星的承受壓力，鮮血浸透了大地，染紅了江河，火山爆發、狂風暴雨、洪水泛濫、巨浪翻滾等各種自然災害視乎在告訴活著的人們，死者的靈魂在怒哄。米希爾及其盟友的潰敗，讓謝達斯陷入了沉思：“難道我錯了”？他反複的念叨著，但內心告訴他：“我沒有錯，這遲早會發生。”可他想不通：”為什麼這麼多國家和軍隊打不過科莫和呼絲拉迪“。火星70%的土地已被科莫和呼絲拉迪占領，戰爭是乎要進入了尾聲。但蓋斯樂人不甘心，他們打算用核武器給科莫做一次外科手術。雖然知道結果是他們會得到幾倍的還擊，但他們還是發射了10枚核導彈，飛向了幾個科莫的重要城市，遭受核攻擊後，科莫回擊了蓋斯樂17枚核彈，包括首都迪力巴裏在內的十幾個蓋斯樂的城市毀於一旦，至此核戰爭爆發了。從科莫的米希爾基地發射了100顆核武器飛向世界的各個角落。呼絲拉迪、蓋斯樂等地也給予了最強回擊。這場耗時近30年的世界大戰終於結束了，但結局是人類文明伴隨著火星，徹底走向了毀滅，在這期間反戰、呼喊、祈禱的聲音已經沒有了任何意義，包括謝達斯自己也知道這個結局。正如周通所說：“我們有千萬種理由去阻止，但我們都迷失在自我的意誌中，最終戰爭還是爆發了。”奇怪的是，承載著人類希望的種子在宇宙中都遭到了不測，全部犧牲。而處在核爆中心的人們卻伴隨著火星的分離，飛向了離自己最近的地球。這會是人類的延續？地球這顆80%海洋，20%的大陸框架的星球，很早就被人類發現，但由於神族在第2至第3軌道上建立了防禦牆，使人類一直無法靠近。而這次的火星大爆炸帶來的衝擊波衝破了防禦網，大量的隕石和碎片飛向地球。對於地球來說，這也是一場災難，各處硝煙四起。對於神族而言，早有預感即將發生什麼，但沒想到結果這麼慘烈。40%的守軍犧牲，本來守軍就不多，加上這次的傷亡，已經讓他們感到危機重重，因為地球的原住民不甘心做奴隸，一直都在反抗中求生存。而火星碎片載著數量龐大的人類來到了地球，雖然災難奪去了數以千萬計的生命，但仍然有10幾萬人幸運的活了下來，他們分散在地球的各個角落。大難不死必有後福，活著的人們還沒來的及從災難陰影中走出，就忙於建設自己的新家園。他們開始射殺大量動物獲取食物，開闊土地發展農業，一切都是為了生存。可地球的原住民是不容許人類在他們的土地上分享資源，於是由亞特蘭斯人發起的反侵略戰爭爆發，她們派飛機轟炸人類的城市，派陸軍摧毀人類的根據地，初期的戰鬥對於人類來說極為不利，因為才剛剛在地球站住腳，各項軍事設施還沒完善，加上人數少，戰爭從一開始就一邊倒，人類開始了在地球上長達8年的大逃亡時期，直到人類彙聚在青藏高原，這片高寒地區，更加悲劇的是人類的數量已經銳減到隻有3萬人。痛苦、悲傷、絕望彌漫著整個基地。亞特蘭蒂斯人開始集結，準備做最後的攻擊將人類消滅於此，而此時的神族已經不是亞特蘭蒂斯人的對手，他們躲藏在海底的某個角落，等待著援軍的到來，由於神族的基地在遙遠的阿斯卡拉星係，這需要花上幾個世紀的時間才能到達地球。海岸邊到處是軍艦和飛機，亞特蘭斯人渴望自由，憎恨外星人的入侵，他們把對神族的仇恨都釋放給了人類。而人類這邊也做好了接受死亡的準備，由300個科學家在珠穆朗瑪峰的山洞裏搭建的簡易核設施中，正生產著3顆原子彈，人類打算玉石俱焚。時間在一點點過去，亞特蘭蒂斯人遲遲未發起總攻，人類在焦急的等待，而亞特蘭蒂斯的軍營正在辦年會，這是她們的慶典。人類的作戰指揮室裏，香煙彌漫，死氣沉沉。終於一位將軍說話了，不如我們先攻擊她們，原子彈一定會嚇破她們的膽，然後乘亂，我們分3隊出擊消滅她們的有生力量。突然所有將領都站起來了，他們堅定眼神說明了這一作戰計劃得到了一致的認同。在公元10000年01月01日的夜裏，人類全都穿上了防化服，2個偵查兵尋找著合適的攻擊點，忽然2個紅色的信號彈劃過上空，亞特蘭蒂斯人看到後，知道這是人類發起攻擊的信號，於是吹響了戰鬥的號角，但沒過多久，巨大的爆炸聲響徹天地，毀天滅地般衝擊波急速劃過亞特蘭蒂斯的整個軍營，其中還夾著炙熱高溫。人類這邊所有人都在靜靜的看著，他們沒有歡笑和勝利的激動，因為曾經核彈帶的傷痛依然在穿刺著他們的內心。衝鋒號角在長呤，人類開始瘋狂向敵人撲去，而所到之處都是一片荒蕪。亞特蘭蒂斯活的軍人也很快被人類消滅。當大屠殺結束之後，人類也如釋重負，他們再也不用過逃亡的生活了，而亞特蘭蒂斯人從此一蹶不振，逐漸走向滅亡。