日本在接受宋國教官的訓練同時蒙古人也開始籌備自己的海軍了，相對於第一次東征水師的作為實在不敢恭維，自己拱衛京師的水師對陣人家日本的漁船隻能打個平手實在是有失大元國的臉麵，不過忽必烈想來想去自己信賴的蒙古人裏麵實在找不到合適的水師將領，把眼光放眼到全國能在水師有所建樹的也就剩下史天澤手下的張弘範了。
1282年秋還在蘇州的張弘範接到忽必烈的一紙調令帶著他的蘇州水師全部北上到滄州集結，要他配合蒙古軍隊再次東征日本，其實張弘範自己知道他這次率領水師支援蒙古人也就是去當後勤的幫助他們運輸物資和軍隊而已，必要的時候就給登陸的軍隊護航掃清日本漁民罷了到時候打下日本立功的是蒙古人如果戰敗了就都是他的責任，所以他的積極性也不高就慢慢準備托了兩個月才從啟動出發慢悠悠的晃悠了一個月才到滄州向二次東征最高指揮官薩都刺報道。
薩都刺是這次有蒙古貴族推選出來的指揮官，作戰驍勇足智多謀，薩都刺啟用在南部麵對宋軍戰敗的哲別做先鋒，範文虎做副將先行出發攻打對馬島，這次薩都刺集結了蒙古人五萬，色目人三萬，漢人八萬征集民夫十萬讓高麗提供糧草和釜山港作為前沿基地。而高麗元宗見到這次元國如此大的聲勢也不好意思不出兵便象征性的出兵五千弓箭手隨同薩都刺一起出征。
1283年等到滑動後的春季薩都刺率領十六萬精兵在滄州集結，然後分別乘坐八千艘船隻直接航行到高麗的釜山港和高麗五千弓箭手彙合後，休整兩個月等到天氣逐漸轉暖讓哲別和範文虎率領一萬士兵和張弘範的兩千艘船隻先行圍攻對馬島然後拿下壹岐島，采取步步為營的戰術逐漸蠶食日本的戰略縱深，要把日本這次一網打盡。
初夏的季風吹拂著哲別的臉龐，這次前鋒的職位是他好不容易向薩都刺要來的，如果這次能夠順利拿下對馬島和壹岐島進而拿下九州島那麼他的功勞無疑將會是最大的，這麼一來就能洗刷他敗走占城的恥辱了，所以他一路麵對日本漁船的騷擾絕不輕易分兵直接開進到對馬海域，先憑借著床弩和土炮的遠程優勢向對馬島實施遠程轟擊，把對馬島靠岸的據點逐一拔除然後再靠近對馬島岸邊實施登陸。
回過來日本早就從宋國的情報網絡得知蒙古人不死心還要進行第二次東征，所以一開始就在周順他們的建議下開始在對馬島海域布置漁船騷擾蒙古人的船隊，意圖分散蒙古人的精力，然後在對馬島上布置八千士兵而且還配備了土炮和弩箭等先進武器以求能拖住元軍的進攻，本來以為蒙古人會在1282年底就會開始發起進攻結果蒙古人擔心天氣太冷手腳不靈活一直把戰爭時間推遲了半年，這就給日本在對馬島和壹岐島做了充足的布置，就等著蒙古人來攻。
哲別的軍隊開始陸續登陸，當他們剛剛登岸的時候卻要麵對日本人在海岸邊上布置的鐵蒺藜、竹簽陷阱等暗器，讓元軍不能迅速有效的通過海岸附近，這麼一段路程讓元軍苦不堪言，因為海水洗刷後根本就分不清楚那裏有陷阱，還好這段路程日本人並沒有發起阻擊，隻是零星的弓箭手朝著他們射擊，雖然有傷亡但是損失還不算很大。
日軍指揮官平景隆等到元軍小心翼翼快要突破海岸陷阱的時候裝備宋國弩箭的日軍突然從製高點的矮牆後麵冒出，弩箭不像弓箭那樣需要練習很久弩箭隻要學會用絞動機關安裝箭矢朝著敵人扣動扳機就可以了，弩箭由於射程遠穿透力遠遠超過普通弓箭的威力等優點，突如其來的箭雨一下子把還在小心陷阱的元軍射死大半，剩下的人失去進攻的勇氣就想退回去，弩箭的射程本來就遠再加上地上到處都是陷阱使得元軍在撤退過程中落入陷阱和腳踩鐵蒺藜的幾率大增，當哲別把人撤回來清點後怒火中燒，出去兩千人回來隻剩下三四百了。
哲別和範文虎商量後覺得這麼下去不是辦法立即向薩都刺稟報，薩都刺一聽日軍在對馬島早有準備，心裏暗叫不好一個小小的對馬島都能造成如此大的麻煩這還得了？轉念一想不能就這麼耗在對馬島派人告知哲別和範文虎，讓他們留下一千艘船隻和五千士兵看住對馬島，然後其他人轉到繞過對馬島對壹岐島進行試探，如果有可能就先拿下壹岐島再做商議。
薩都刺的這一招超出了日本軍方高層的預料，誰都沒想到薩都刺居然攻打一次後覺得拿不下就直接繞過對馬島，日軍的部署全部被打亂了，藤原經資立馬調集九州島所有十三歲以上四十歲以下所有男性集結到九州島西岸一帶做好迎戰元軍的準備，經過十天的動員九州島上居然集結了十三四萬的民壯前來助陣加上自己原來手下有五萬人左右一下子兵力有十八九萬了不過這裏麵很多都是放下農具的普通老百姓真正上戰場作戰的藤原經資自己都不敢想，然後就向北條時宗請求派遣援兵前來增援畢竟這次元軍出動了近二十萬的軍隊，就憑九州集結的這十幾萬老百姓根本就不是元軍的對手。
北條時宗也知道藤原經資的苦衷便從四國島調集了全部的兵力九萬人登陸九州在福岡和北九州一線設立第二道防線必要時刻可以放棄九州全境不過一定要守住北九州和下關堅決不能讓元軍登陸本州島，想到這裏還是不放心就從本州島北部抽調了八萬士兵和下關，石見等地的駐兵一起在下關一帶設立第三道防線。