明代後期，蒙古已逐漸形成三大部：生活在蒙古草原西部直至準噶爾盆地一帶的漠西厄魯特蒙古，生活在貝加爾湖以南、河套以北的漠北喀爾喀蒙古，生活在蒙古草原東部、大漠以南的漠南蒙古。漠南蒙古東西諸部，介於明朝與後金之間，其中有的部同後金接壤，因此後金最早同東部漠南蒙古諸部發生政治聯係。
後金興起，努爾哈赤之所以決意征撫漠南蒙古，這是因為：首先，漠南蒙古同海西女真關係密切，如葉赫貝勒“金台什孫女為虎墩兔婦”（《明史·韃靼傳》第327卷），蒙古內喀爾喀介賽貝勒奪娶努爾哈赤“已聘葉赫錦泰希貝勒之女”（《滿文老檔·太祖》第13卷），征撫漠南蒙古有助於女真內部的統一。其次，漠南蒙古位於後金的右翼，隻有征撫漠南蒙古，才能解除進入遼沈地區的後顧之憂。再次，漠南蒙古的林丹汗等，與明朝締結了共同抵禦後金的盟約：“願助兵滅奴，並力恢複天朝疆土。若奴兵到，憨兵不到，斷革舊賞；倘奴酋通路，背盟陰合，罹顯罰。”（王在晉：《三朝遼事實錄》第7卷）隻有拆散這個聯盟，才能南犯明朝。再其次，征服漠南蒙古，可以打通進入長城的走廊。最後的一個原因是，後金為奪取明統，深感兵力不足，需要征撫蒙古，擴充八旗兵源。努爾哈赤曾說：“蒙古與滿洲，語言雖各異，而衣飾風習，無不相同，兄弟之國。”（《滿文老檔·太祖》第13卷）魏源所說“夫草昧之初，以一城一旅敵中原，必先樹羽翼於同部。故得朝鮮人十，不若得蒙古人一”（魏源：《聖武記》第1卷），即是此理。
漠南蒙古自明初以來，已經遭受二百餘年兵燹（xiǎn）之難。明朝政府與故元勢力之間，蒙古各部之間，長期無休止的戰爭，導致了漠南蒙古社會經濟的破壞和部民生活的貧困，使許多貧苦牧民陷於“爨（cuàn）無炊”、“衣無帛”的悲慘境遇。蒙古族部民要求結束戰亂割據局麵，渴望得到安定統一。但是，明朝後期極為腐敗，無力重新統一蒙古地區；蒙古各部貴族長期內訌，也無法實現其內部統一。因此，努爾哈赤征撫漠南蒙古，既利用了蒙古人民渴求統一的願望，又利用了蒙古貴族不滿明朝的心態，也利用了蒙古王公分裂割據的條件。時蒙古封建王公在進行分裂爭鬥，從一己利益出發，忽而聯合一些封建王公去反對另一些封建主；忽而翻雲覆雨，昨天的盟友變成了今天的敵人，昨天的敵人又變成了今天的盟友。努爾哈赤利用漠南蒙古同明廷的結盟與矛盾、各部之間的分裂與內訌，對於各部封建王公，有的分化瓦解，有的武力征討，或者征撫並用，先後逐一征服東部漠南蒙古。
努爾哈赤征服漠南蒙古，先從其科爾沁部開始。
漠南蒙古的科爾沁部，駐牧於嫩江流域。它東鄰烏拉，東南近葉赫，西南界紮魯特，南接內喀爾喀，北臨嫩江上遊地區。科爾沁部為同察哈爾部爭雄，就與勢力較強的葉赫、烏拉結盟。萬曆二十一年（1593），科爾沁部明安貝勒等率蒙古兵萬騎，同葉赫、哈達、烏拉、輝發、錫伯、卦爾察、朱舍裏、訥殷共九部之師，直指建州。攻黑濟格城不下，陳兵古勒山。九部兵大敗，明安貝勒騎裸馬尷尬地逃回。翌年，“北科爾沁部蒙古貝勒明安、喀爾喀五部貝勒老薩，始遣使通好”（《清太祖高皇帝實錄》第2卷）。科爾沁部初次遣使建州。此後，“蒙古各部長遣使往來不絕”（《滿洲實錄》第2卷）。
科爾沁部雖然在古勒山之役遭到失敗後，遣使建州和好，但並不認輸。萬曆三十六年（1608）三月，建州兵往烏拉部的宜罕阿麟城，“科爾沁蒙古翁阿岱貝勒與烏拉布占泰合兵”（《滿文老檔·太祖》第1卷），科爾沁軍遙望建州兵強馬壯，自知力不能敵，便撤兵請盟，聯姻結好。努爾哈赤從大局出發，不念科爾沁兩次動兵舊惡。說：“俗言：‘一朝為惡而有餘，終身為善而不足。’”（《滿洲實錄》第3卷）同意與科爾沁棄舊怨，結姻盟。萬曆四十年（1612），努爾哈赤聞科爾沁貝勒明安的女兒博爾濟吉特氏（博爾濟錦氏）“頗有豐姿，遣使欲娶之。明安貝勒遂絕先許之婿，送其女來”（《清太祖武皇帝實錄》第2卷）。努爾哈赤以禮親迎，大宴成婚。明安貝勒是蒙古封建王公中第一個與建州聯姻者，對後世影響深遠。其後，萬曆四十三年（1615）正月，努爾哈赤又娶科爾沁孔果爾貝勒女博爾濟吉特氏為妻。
恩格斯有一句名言：對封建王公說來，“結婚是一種政治的行為，是一種借新的聯姻來擴大自己勢力的機會；起決定作用的是家世的利益，而決不是個人的意願”。建州女真貴族同科爾沁蒙古王公聯姻，便是一個很好的例證。努爾哈赤不僅娶科爾沁兩貝勒的女兒為妻，他的兒子也相繼納蒙古王公的女兒做妻子。僅萬曆四十二年（1614），努爾哈赤的四個兒子，即次子代善娶紮魯特部鍾嫩貝勒女為妻，第五子莽古爾泰娶紮魯特部納齊貝勒妹為妻，第八子皇太極娶科爾沁部莽古思貝勒女為妻，第十子德格類娶紮魯特部額爾濟格貝勒女為妻。爾後，第十二子阿濟格娶科爾沁部孔果爾女為妻，第十四子多爾袞娶桑阿爾寨台吉女為妻。努爾哈赤在位時，同科爾沁聯姻十次，其中娶入九次、嫁出一次；其子皇太極繼續實行上述聯姻政策，皇太極在位時，同科爾沁聯姻十八次，其中娶入十次、嫁出八次。蒙古科爾沁部等與後金政權，通過聯姻，鞏固同盟，以加強自己的勢力，來對抗察哈爾部。