仁宗嘉祐六年（1061），王安石由三司度支判官而知製誥，此時又有《上時政書》，指出“方今朝廷之位，未可謂能得賢才；政事所施，未可謂能合法度。官亂於上，民貧於下，風俗日以薄，財力日以困窮；而陛下高居深拱，未嚐有詢考講求之意，此臣所以為陛下計而不能無慨然者也。夫因循苟且，逸豫而無為，可以僥幸一時，而不可以曠日持久。”並提出：“有為之時，莫急於今日。”這是他繼《上仁宗皇帝言事書》之後的又一次慨然進言，但與前者一樣，照例未受到仁宗的注意。
英宗即位後，王安石雖先後任直集賢院、知製誥、糾察在京刑獄等朝官，但因議事與朝廷和大臣們每不合，故鬱悶失意。《宋史·本傳》載其兩事：
“有少年得鬥鶉（善鬥之鵪鶉鳥），其儕（chái，同輩）求之不與，恃（靠著）與之昵（親近）輒持去，少年追殺之。開封（開封府）當此人死，安石駁曰：‘按律，公取、竊取皆為盜。此不與而彼攜以去，是盜也；追而殺之，是捕盜也，雖死當勿論。’遂劾府司。府官不伏，事下審刑、大理，皆以府斷為是。詔放（免）安石罪，當詣閣門謝。安石曰：‘我無罪。’不肯謝。”
“時有詔舍人院無得申請除改文字，安石爭之曰：審如是（如果真是這樣），則舍人不得複行其職，而一聽大臣所為，自非大臣欲傾側而為私，則立法不當如此。今大臣之弱者不敢為陛下守法，而強者挾上旨（挾持皇上的旨意）以造令（偽造法令），諫官、禦史無敢逆其意者，臣實懼焉。”
這兩件事，前者表現了王安石獨特的思維方式、判案理念及其不服輸的鬥爭精神，後者則借詔令限製舍人院履行職責而直斥權臣“弄法”。正因王安石敢於抗上，“語皆侵執政，由是益之與忤。”王安石因說話冒犯當權者，當權者更加有意和他過不去。這不能不使王安石感到憤憤然，而他在朝廷又處於孤掌難鳴的境地，他的改革設想也都成了水中月，鏡中花。
此後數年，王安石因丁母憂而退居江寧，從事著述和講學活動，終英宗之世，朝廷屢召不起。可以說整個英宗朝是王安石一生中度過的一個相當鬱悶的時期，同時也可以說，他退居江寧數年，也是他等待機會，以便大展宏圖的準備時期。果然，冬天一過，春天即來。治平四年（1067），英宗去世，神宗即位，王安石終於迎來了自己政治上的黃金時期。