神宗熙寧二年（1069），王安石出任參知政事，提出“變風俗，立法度”為當務之急，著手變法。熙寧三年，王安石出任宰相，設立製置三司條例司，全麵實施變法。當蘇軾為蘇洵守喪期滿，第三次回到京城時，正趕上這場變革興起。
蘇軾從青年時代起就熱切關注現實，力主改革。仁宗末年，他在其《進策》中就提出過不少好的見解。但他強調“得人”而忽視“法製”；主張漸變而不讚成突變；主張“節用”卻不重視理財，這就使他對王安石的變法產生了尖銳的矛盾。出於忠心和為國為民，蘇軾寫下了著名的《上神宗皇帝書》，洋洋萬言，針鋒相對地全麵批評新法，並闡述了自己的政治見解。
在這封萬言書中，蘇軾開宗明義提出了自己的政治建議：“臣之所欲言者三，願陛下結人心、厚風俗，存綱紀而已。”在談到“結人心”時，他說道：“人主所恃者，人心而已。人心之於人主也，如木之有根，如燈之有膏（油脂），如魚之有水，如農夫之有田，如商賈之有財。”並指出：當今人心之不悅者就在“製置三司條例”，“複人心而安國本，則莫若罷製置三司條例司”，“罷之而天下悅，人心安，興利除害，無所不可。”否則的話，“臣恐陛下赤子，自此無寧歲矣。”就是說，不罷去製置三司條例司，天下百姓將無寧日。接著又指出農田水利法“甚非善政”，兩稅之外另收庸錢，會使百姓“必怨無疑”；青苗法所謂“不許抑配”（強行攤派）之說，亦是“空文”，其結果必定會“虧官害民”；均輸法是朝廷投入很多，而“所損必多”。他舉了一個很有意思的例子：“今有人為其主牧牛羊，不告其主，而以一牛易五羊。一牛之失，則隱而不言；五羊之獲，則指為勞績。”極言青苗法、均輸法等之得不償失，並且質問神宗：“陛下以為壞常平而言青苗之功，虧商稅而取均輸之利，何以異此？”最後又語重心長地勸神宗，不要聽信那些“貪功之人”的“僥幸之說”，“若陛下信而用之，則是循高論而逆至情，持空名而邀實禍”，民怨必起。
在談論“厚風俗”時，他明確提出：“夫國家所以存亡者，在道德之深淺，不在乎強與弱；曆數之所以長短者，在風俗之厚薄，不在乎富與貧。道德誠深，風俗誠厚，雖貧且弱，不害於長而存；道德誠淺，風俗誠薄，雖強且富，不救於短而亡。”強調道德之深，風俗之厚，乃是國家長治久安之根本。“惟陛下以簡易為法，以清淨為心，使奸無所緣，而民德歸厚。”
在談論“存綱紀”時，他明確指出要加強禦史台和諫院，因為“台諫所言，常隨天下公議。”他提醒神宗：“臣恐自茲以往（從今而後），習慣成風，盡力執政私人，以致人主孤立。綱紀一廢，何事不生？”一定要加強監察工作，不可讓宰相集權過重，否則，綱紀已壞，後患無窮。
此文除向神宗皇帝獻三言之外，又重申了自己過去已經給神宗提出過的意見，即作為人主，“不患不明，不患不勤，不患不斷，但患求治太速，進人太銳（快），聽言太廣。”即是說神宗用王安石變法是“求治太速”，急於求成，而欲速則不達；“進人太銳”，提拔官員太快，難免魚龍混雜；“聽言太廣”，什麼人的話都聽，難免偏聽偏信，其矛頭仍是指向王安石變法。
這封給神宗皇帝的上書，和當時神宗竭力支持並實際推行的“熙寧變法”大唱反調，全麵論述了王安石變法的種種弊端，反對急功近利，提出了自己的變革主張，把“結人心，厚風俗，存綱紀”作為治國的根本之道。這是蘇軾對王安石變法最集中、最係統、也最激烈的批判，是蘇軾一生政治見解的集中體現。
平心而論，蘇軾此文的確看到了王安石變法的一些弊病，這表現了他的政治敏感和認識問題的深刻；但他全盤否定新法，也自有其片麵和保守之處。這封上書本身並未直接給他帶來災難，但他此後的一係列坎坷和挫折，根源確在這裏。隨著時間的推移，在社會實踐和新舊兩黨的激烈鬥爭中，蘇軾對新法的認識也產生了一定變化，如肯定新法中的某些舉措，反對舊黨全盤廢除新法等。他在晚年與朋友滕達道的信中曾說，過去自己對新法雖也是“此心耿耿，歸於憂國”，但“所言差繆，少有中理”。（《與滕達道書》）說明他已認識到雖然自己的出發點是“憂國”，但有些話說的不在理。這也充分體現了蘇軾誠懇坦率、光明磊落的政治品質。