董卓的性情變得日益焦慮，緊張而凶暴，他自己也無法控製情緒。加以呂布日夜守衛府邸，慢慢和董卓的一位漂亮侍女私通。那侍女戀著他，他也眷戀那侍女，常常相會在花前月下。但是，那侍女和呂布都深怕董卓發現，脾氣變化莫測的董卓若是知道此事，怎麼得了？因此呂布心中隨時提防著，對董卓的一種敵意也就漸漸生起來，並愈來愈強。王允和呂布的私交相當好，二人已到了無話不說的知心程度，因此呂布有一次就向王允說出了他心中那股恨意。王允聽後雙眉緊鎖，歎道：“董太師近日個性越發凶暴，並如夏日天氣，變幻無常，不知又將發生什麼事情。現在，他該殺的殺了，該除的除了，凡他不順眼的事，他斷然不會放過。因此，你目前的狀態，是十分危險的啊！”
呂布求教道：“司徒指點，我該如何辦才好？”
王允沉吟良久，最後遲疑道：“不過我說出來你不要怪我……”
呂布說：“你我親如兄弟，情同手足，早已無話不談了，還有什麼顧忌我的？”
王允環顧左右，之後才說：“恕我直言吧，除非你從此斷了和那侍女的關係，否則必將被董卓加罪。其實，就是斷了那關係也不保險，因為那侍女是活口，怎知天長日久之後不露出點蛛絲馬跡？而你又萬萬不會去殺了那侍女，何況殺了那侍女又如何向董卓交待，董卓怎有不查實之理。這就叫左也難，右也難，其實千難萬難，根子還是在董卓身上。隻要沒有了董卓，什麼事都迎刃而解，並且你和那侍女一對有情人也就終成為一對眷戚！”
呂布道：“你的意思是將他除了？”
王允說：“當然這是唯一的辦法。除此之外，還有什麼更好的法子嗎？”
呂布將捏緊的拳頭往桌案上一擊，忿言道：“董卓逼人太甚，也就休怪我無情了。我一定將這老賊殺掉！”
王允趕緊阻止他，說：“此事關係重大，須細議，切不可冒昧行事。我們來商量一個妥當的辦法吧。”
至此，王允才和盤端出了他和司隸校尉黃琬、仆射士孫瑞、尚書楊瓚等人密謀的計劃來，要呂布參與，作為內應。呂布當然全部讚成，便約定時間，按計而行。
董卓此時囚禁了漢獻帝，而且也是經常不會出麵，王允很難找到他。沒有可乘之機。初平三年四月丁已日，董卓得漢獻帝旨令登基當了皇帝。其實，在董卓隊伍出發前，王允早命令仆射士孫瑞親自寫妥皇帝詔書交給呂布，呂布便命令騎都尉李肅，率領敢死隊秦誼、陳衛等穿上警衛服裝，藏身宮門內，準備突擊謀刺的行動。
董卓洋洋得意乘車入宮門，心理上毫無這方麵的戒備。李肅待其近攏，立刻奔出，以長戟刺之。不料董卓早有在官服內著甲的習慣，故而戟未刺入，隻傷及手臂處。
董卓大驚，摔到車下，大聲叫喊：“呂布何在？”
呂布奔上前來，大聲喊道：“奉皇帝詔書，誅殺逆賊！”
董卓萬沒料到呂布會如此，無比惱怒，大罵道：“我待你如子，竟然造反，如此忤逆，必遭凶報……”
然而，話未說完，呂布的鐵矛已經刺入了董卓咽喉。
敢死隊一擁而上，斬下了董卓的首級。
董卓被殺的消息傳開，宮廷內外，一片歡呼。長安城內，如同過節，街頭巷尾張燈結彩，歡歌陣陣。另一方麵，呂布等乘勝追擊，將董卓弟董祀及董氏親屬和親信等，一概誅殺。
王允更下令追剿董卓餘黨，司隸區的各軍團間立刻呈現非常緊張的狀態。
呂布軍團倒戈及董卓政權被推翻，使司隸軍區及長安城內的文武百官及軍士，甚至從洛陽被強迫遷來的百姓，和長安原住居民都歡聲震動。董卓肥胖的身子被暴露在街上示眾，守屍體的士兵，更將董卓肚臍剖開，插入棉燈芯，以其肚子脂肪為油點燈，竭盡侮辱之能事。