楊明派五萬大軍去圍攻重慶城著實讓陳士奇捏了一把冷汗，盡管漢家軍已經回撤許久，他依舊不敢再隨意調離重慶府的官軍，甚至還從樂山、瀘州等到調來數萬官軍，以策安全。
當然，也因此，陳士奇就沒有再進軍夔州府的意思，而且現在除了秦良玉，也沒有哪支川軍剛與漢家軍較量。
不過，秦良玉倒是一直主張趁著楊明和漢家軍立足未穩時一舉奪回夔州府，畢竟夔州府是川東第一門戶，若不奪回，漢家軍隨時可能南下占據重慶、甚至是成都。但陳士奇對秦良玉的建議是置之不理，也不準秦良玉離開重慶府，他也知道現在重慶府還在朝廷手裏就是因為秦良玉在這鎮著，他可不願意冒此風險。
秦良玉手裏隻有數百白杆兵，沒有巡撫陳士奇的支持，她就成了沒爪子的老虎，也無法對楊明采取反擊，如此一來，兩邊很默契地保持了平靜。
陳士奇已經下令讓夔州境內的官軍撤回重慶府，不過這些官軍在撤回來之前倒做了一次強盜，似乎這夔州府的百姓已經不是大明的百姓一樣，官軍們真正是掘地三尺，特別是在新寧、梁山一帶掃蕩的曾英手下胡鳴鳳所部，硬是因為劫掠了數百萬財物與數十萬石糧草而滯留在夔州府境內十多天。
這樣一來，倒給了漢家軍籠絡民心的機會，楊明聞聽官軍的惡行後果斷命令各營戰士立刻對這些官軍展開報複，因而這些官軍好不容易打家劫舍下來的無數財物都進了漢家軍的腰包，也為楊明接下來發展生產、擴充軍隊奠定了基礎，而且漢家軍還因此獲得了夔州府百姓們的好感，這些官軍臨了還給漢家軍做了嫁衣，說來也著實讓人捧腹。
不過戰爭結束後，楊明並沒有因此而變得輕鬆，他既要著手對漢家軍進行改編擴充，還要進行深化改革，而且當務之急是要盡快恢複整個夔州府的經濟和生活秩序，許多縣城因為沒有官吏，已經變得十分混亂，各地也不知道冒出了多少土匪強盜，而這些都需要他即刻遣派官吏進行治理，但由於他的漢家軍軍政府並不算是合法政府，嚴格上來說還是一流賊政權，許多官僚士紳並不合作，甚至還暗中作亂；盡管有及個別的官僚不在乎這些，但這些大多品行有虧，與其說是治理地方倒不如說是搞亂地方。
因而，楊明必須加緊招攬官員以維持秩序，但在之前又必須對這些官員進行甄別，而且也必須得盡量任用老人，畢竟這些人才最值得信任，而且人家跟著你，你總得給人家更大的分紅不是，要不然誰願意跟著你這麼個流賊政權。
飯要一口一口的吃，事情要一件一件的做，楊明決定先進行一次行政區域劃分，即將原來的東鄉縣軍政府改為夔州軍政府，下轄兩個府。其中，達州、新寧、東鄉、太平、紫陽等縣組成綏定府，其餘縣鎮依舊歸於夔州府；然後，再進行官員選派和任命。而軍政府中央機關則分為兩個體係，一個是分守道，一個是分巡道。
現在歸附漢家軍的待選官吏中主要有三類人：一是原漢家村的人，即已經於西林書院畢業的青年和張有財、蘭良善等具有一定教育背景的老人；二是在占據東鄉縣時就歸附漢家軍的人，其中的代表就是歸崇春；三是投降官僚和應招而來或者被漢家軍強行控製的朝廷官員如商道行等。
楊明對這些待選官吏的信任程度也是由這三類層次而逐級降低；但選任官員不能隻以親疏為區別，要想實現行政與改革的高效率就必須以能者居上為首要準則。因而，在優先選拔舊人的前提下，楊明還是根據眾人的特長與才幹優劣進行了選派，例如歸縣丞因嫻熟政務且聽話辦事而被直接提拔為夔州知府，張有財則成了分守道，主管糧秣賦稅，蘭良善則成為了綏定知府，商道行依舊是分巡道，主管治安與監察。