陰陽學說在辨證診斷上的應用，主要有兩個方麵：
（1）陰陽是辨證的綱領
由於陰、陽分別代表事物相互對立的兩個方麵，故疾病的性質、臨床的證候，一般都可歸屬於陰或陽的範疇，因而陰陽辨證是基本的辨證大法。
根據陰陽學說中陰與陽的基本屬性，臨床上凡見興奮、躁動、亢進、明亮等表現的表證、熱證、實證；以及症狀表現於外的、向上的、容易發現的；病邪性質為陽邪致病，病情變化較快等等，一般都可歸屬為陽證。凡見抑製、沉靜、衰退、晦暗等表現的裏證、寒證、虛證；以及症狀表現於內的、向下的、不易發現的；病邪性質為陰邪致病，病情變化較慢等，可歸屬為陰證。
由於陰陽是對各種病情從整體上作出最基本的概括，八綱中的陰陽兩綱又可以概括其餘六綱，所以說陰陽是證候分類的總綱，陰陽是辨證歸類的最基本綱領。
（2）陰陽有具體的辨證內容
由於中醫學中的陰陽不僅是抽象的哲學概念，而且已經有了許多具體的醫學內容，如陽氣、陰液、心陰、脾陽等，都是有實際內容的醫學概念。所以，陰陽辨證又包含有具體的辨證內容，其主要者有陽虛證、陰虛證、陰盛證、陽盛證，以及亡陽證、亡陰證等。此外，陽亢證、虛陽浮越證等，亦可是陰陽失調的病理變化。所謂陰盛證實際是指實寒證，所謂陽盛證實際是指實熱證。
①陰虛證
陰虛證是指體內津液精血等陰液虧少而無以製陽，滋潤、濡養等作用減退所表現的虛熱證候。屬虛證、熱證的性質。
陰虛證的臨床表現，以形體消瘦，口燥咽幹，潮熱顴紅，五心灼熱，盜汗，小便短黃，大便幹結，舌紅少津少苔，脈細數等為證候特征。並具有病程長、病勢緩等虛證的特點。
陰虛多由熱病之後，或雜病日久，傷耗陰液，或因五誌過極、房事不節、過服溫燥之品等，使陰液暗耗而成。陰液虧少，則機體失卻濡潤滋養，同時由於陰不製陽，則陽熱之氣相對偏旺而生內熱，故表現為一派虛熱、幹燥不潤、虛火躁擾不寧的證候。
陰虛證可見於多個髒器組織的病變，常見者有肺陰虛證、心陰虛證、胃陰虛證、脾陰虛證、肝陰虛證、腎陰虛證等，以並見各髒器的病狀為診斷依據。
陰虛可與氣虛、血虛、陽虛、陽亢、精虧、津液虧虛以及燥邪等證候同時存在，或互為因果，而表現為氣陰虧虛證、陰血虧虛證、陰陽兩虛證、陰虛陽亢證、陰精虧虛證、陰津（液）虧虛證、陰虛內燥證等。陰虛進而可發展成陽虛、亡陰，陰虛可導致動風、氣滯、血瘀、水停等病理變化。
②陽虛證
陽虛證是指體內陽氣虧損，機體失卻溫煦，推動、蒸騰、氣化等作用減退所表現的虛寒證候。屬虛證、寒證的性質。
陽虛證的臨床表現，以經常畏冷，四肢不溫，口淡不渴，或渴喜熱飲，可有自汗，小便清長或尿少浮腫，大便溏薄，麵色白，舌淡胖，苔白滑，脈沉遲（或為細數）無力為常見證候，並可兼有神疲、乏力、氣短等氣虛的證候。陽虛證多見於病久體弱者，病勢一般較緩。