根據這段記載，專家們推測：清軍久攻鄭成功不下，順治帝於是禦駕親臨，到軍前督戰，由於意外，中了鄭軍的炮擊而亡。達素不敢對外宣布，並畏罪自殺。清廷也不願公布真相以長鄭軍士氣，於是對外宣稱順治帝因病而亡。關於順治帝的死因，本來就眾說紛紜，《延平郡王手劄》的記載無疑又給後人提供了一種新的說法。
這次戰鬥後，鄭成功決定開拓新的根據地，與金門、廈門連成一片。於是，鄭成功開始考慮收複被荷蘭殖民者侵占的台灣。
台灣自古以來便是中國領土不可分割的一部分。三國時期，孫吳曾遣衛溫、諸葛直渡海至台灣(當時稱夷洲)，是為正史記載中台灣與大陸最早的接觸。自五代至宋元，大陸居民為避戰亂而移居台灣者漸漸增多。到了明代，隨著東西方海上貿易的開展，台灣的地位日益重要，西班牙、葡萄牙等西方殖民者都曾染指台灣。明萬曆三十二年(1604)，素有“海上馬車夫”之稱的荷蘭人強行占領了澎湖列島；20年後，即天啟四年(1624)，荷蘭又入侵和占領了整個台灣。
說來湊巧，鄭氏家族對台灣的經營也是自天啟四年（1624）開始的。那一年的八月，鄭芝龍跟隨其結義兄弟顏思齊等駕駛13艘大船，由日本入台。第二年，顏思齊病故，鄭芝龍接管了顏思齊的部下，在台灣紮下了根基。後來，鄭芝龍為明朝招降，離開了台灣，但其舊部留在台灣的卻很多。鄭芝龍雖然做了明朝的總兵，但仍利用手下的這支半官半匪的隊伍，控製著台灣海峽，壟斷閩海貿易，以致荷蘭人對之也不敢輕視。所以，台灣當時雖然為荷蘭人所占領，但鄭氏家族在台灣的影響卻一直很大。順治九年（1652），鄭芝龍的舊部郭懷一曾聚眾在台灣起義，就以鄭氏家族的名義相號召。此次起義被鎮壓後，荷蘭當局明顯地加強了對鄭成功的戒防，並嚴禁台灣居民與大陸通信往來。
鄭成功塑像對此，鄭成功也采取了相應的措施。他封鎖海麵，嚴禁中外商船前往台灣貿易。結果，台灣日用品價格飛漲，藥物奇缺，不少荷蘭人都因缺醫少藥而病死。清順治十三年(1656)，荷蘭當局撤換了台灣的最高行政長官，改派揆一任總督。為了擺脫困境，揆一主動遣使與鄭成功談判，表示願意每年送給鄭成功5000兩餉銀、10萬枝箭的原料和1000石硫磺(製造火藥的原料)，請求鄭成功解除海禁，恢複通商。當時，鄭成功正準備全力北伐，就答應了荷蘭方麵的要求。此次談判中，翻譯何廷斌(一作何斌)，因久慕鄭成功的為人，乘機與鄭成功建立了聯係。此後，通過他，鄭成功詳細掌握了台灣方麵的動向。
順治十六年(1659)，鄭成功北伐失敗，退回廈門。何廷斌攜帶著台灣地圖和荷方布防情報投奔鄭成功。他說：“公何不取台灣?台灣非但為公家故地，且沃野千裏，使人耕種，軍食有餘。又橫絕大海，四通外國，興商可足國用。台灣華人受紅夷(指荷蘭人)淩辱，常懷反抗之心，然苦於群龍無首。公若率軍入台，驅逐紅夷將如虎逐群羊。奪得台灣，公則進退有據，十年生聚，十年教養，大業何愁不成！”一席話，堅定了鄭成功收複台灣的決心。
順治十八年(1661)春，鄭成功安排兒子鄭經留守金、廈，準備親自帶兵攻打台灣。
三月二十三日，鄭成功率大軍從金門料羅灣出發，400艘戰船載著100多員戰將和25000多名士兵，開始橫渡台灣海峽。航行了一天一夜之後，大軍順利到達澎湖。大軍在澎湖候風之時，鄭成功委派兩艘船隻到台灣進行偵察並發動群眾。不久，這兩艘船回到澎湖，帶來了振奮人心的消息：當地居民熱烈歡迎國姓爺入台！
澎湖與台灣隔海相望，若順風時，半天即可到達對岸。二十七日起航時，鄭軍卻遇上了強大的逆風，他們隻好返回澎湖。直到三月三十日，天氣仍舊陰霾，風雨仍未停息。鄭軍當時所帶軍糧很少，而澎湖諸島多不產糧。鄭成功認為，與其饑困孤島，不如頂風冒雨前進。於是，在當晚一更後，鄭成功傳令豎起帥旗，整肅隊伍，發炮三聲，起錨東進。三更天後，有如神助般，雲收雨散，風勢減弱，一會兒竟轉成了順風，將士們禁不住歡呼起來。於是，船隊扯滿風帆，飛速前進。次日黎明，鄭軍抵達台南鹿耳門。
鹿耳門平時海水很淺，漲潮時水深也不過一丈四五尺，無法航行較大的船隻。所以荷蘭人並沒有在這裏布防，而是把軍隊和火炮都集中在台灣城和赤嵌城一帶。鄭成功避開了他們的防線，來到了鹿耳門。
原來，何廷斌曾派人在鹿耳門探測過，發現了一條平日很少為人注意的港路，若遇上漲潮，船隻即能順利通過。根據這一線索，鄭成功決定利用初一日或十六日漲大潮的機會，出其不意地由鹿耳門進攻台灣。
船隊到達鹿耳門時，鄭成功設香案禱告明太祖和媽祖娘娘保佑“助我潮水”。禱告完畢，潮水果然洶湧而至，比平日漲高丈餘。將士呼聲震海，金鼓之聲齊鳴。他們揚帆直抵港內，順利登上了台灣島。鄭軍在禾寮港登陸時，有幾千漢族民眾出來迎接，並用貨車等交通工具幫助他們登陸。
在當地民眾的協助下，不到半個時辰，鄭成功大軍就有幾千將士順利登陸，占領了要衝地點，包圍了荷蘭人在島上最重要的據點普羅民遮城堡（今台南市的赤嵌樓），控製了赤嵌與熱蘭遮（今台南市安平）之間的海麵，把荷蘭守軍圍困在兩個相互隔絕的據點之中。熱蘭遮城的荷蘭人曾派阿爾多普上尉率領200多士兵企圖阻止鄭軍登陸，但遭到鄭軍優勢兵力的攻擊，隻好退回。
鄭成功向荷蘭殖民者長官揆一和普羅文查城的司令送信勸降。但是驕橫的荷蘭人自以為依靠他們高大的船艦、精良的武器和戰鬥經驗豐富的殖民軍，完全有把握戰勝隻有弓箭和大刀的中國軍隊。當天上午，在重新部署後，荷軍開始從水陸兩路向鄭軍反撲。
水路荷艦以赫克托號和格拉弗蘭號為主力，另外還有白鷺號小帆船、馬利亞號快艇。鄭軍由大將陳廣和陳衝率領60艘大型帆船迎擊。荷艦長30丈、寬6丈，船板厚2尺多，甲板上有8個桅，帆檣八麵受風，行駛迅速；每艘艦上裝備有20—30門大炮，可以說是當時世界上最先進的戰船。而鄭軍艦船的規模僅為其三分之一大小，隻裝有兩門大炮。如果是在大洋中遭遇，鄭軍的艦船是難與其匹敵的。
但鄭軍將士對此毫不畏懼，他們利用敵艦在港內轉撤不便和易於擱淺的弱點，當最大最重的赫克托號衝過來時，立即有幾十艘鄭軍帆船蜂擁而上，采用梅花陣法，以五艘船圍住一艘荷蘭夾板船，從不同方向展開圍攻。盡管鄭氏水師每隻戰艦的火力不如一隻荷蘭夾板船，但五艘戰船從不同方向的圍攻卻令荷蘭船難以應付。這時，又有五六艘裝有燃燒物品的火船，冒著敵艦猛烈的炮火衝到荷艦旁，士兵把船釘死在荷艦的船舷上，點燃火種之後，跳水泅回。隻聽“轟隆”一聲巨響，赫克托號的火藥艙爆炸了。這艘荷軍的王牌艦連同艦上100多水兵一起沉入了大海。其他三艘荷艦見勢不妙，連忙逃往港外。鄭軍艦船緊追猛打，一艘荷艦中彈起火，另兩艘險些被俘獲，狼狽逃往了菲律賓和日本。這場海戰中，鄭成功運用“火船”戰術，打敗了占有優勢的荷蘭海軍。
在陸路，荷軍由貝德爾上尉率領250名士兵在北線尾登陸。這些荷蘭殖民軍以為，十五個中國人加在一起也抵不過一個荷蘭兵，他們10個人為一排，連放兩排槍，神氣十足地前進。鄭軍由宣毅前鎮陳澤率部奮勇迎擊荷軍。萬箭齊發，許多將士勇敢衝入敵陣奮力廝殺。另一路鄭軍則從後路包抄敵軍。荷軍腹背受攻，心中惶恐，各自逃命去了。一仗下來，貝德爾上尉以及118人當場喪命，還有些人被淹死。最後，荷軍隻有80多人逃得性命，退回熱蘭遮城。
初戰失敗後，荷蘭殖民者同意進行談判。他們擬定的談判條件是：願意付一筆賠款給鄭成功，但要求鄭軍退出台灣，底線是荷蘭人可以讓出本島，但必須繼續有大員居住。荷方派遣兩名使者前來鄭軍大營，麵見鄭成功，講述了他們的條件。鄭成功重申，他堅定不移的目標是要荷蘭人離開台灣全島。由於雙方都不願意妥協，談判不歡而散。不久，鄭成功迅速攻下普羅民遮城，又打退了敵人幾支援軍，用重兵包圍了熱蘭遮城。