1898年6月11日,光緒皇帝頒布“定國是詔”,實行變法,史稱“戊戌變法”。9月21日,慈禧太後發動政變,“變法”曆時103天,史稱“百日維新”。譚嗣同、林旭、楊銳、楊深秀、劉光第、康廣仁6人被逮捕處死。
一直支持維新變革的袁世凱不但沒有受到牽連,而且此後仕途順利,步步高升,事實真像傳說的那樣,是袁世凱出賣了光緒帝嗎?在董福祥、聶士成、袁世凱統帥的北洋三軍中,其他兩軍均逐漸式微,為什麼唯獨袁世凱的軍隊發展壯大了呢?
可以說,袁世凱依靠新建陸軍而使仕途一路升遷;同時,新建陸軍也隨著袁世凱的步步高升而逐漸發展壯大。
由於朝廷在新建陸軍上花費巨大,因此新建陸軍格外受到朝廷的重視,加上袁世凱的練兵有方,軍隊麵貌煥然一新,成效顯著,袁世凱受到慈禧太後等人賞識。1896年4月,監察禦史胡景桂參奏袁世凱“尅扣軍餉,誅戮無辜”等罪名,在兵部尚書榮祿的遮掩下,袁世凱不但沒有獲罪,反而被提升為直隸按察使,仍專管練兵。1897年,清政府又整飭軍隊,編建精銳軍,分中、前、左、右、後五軍,由榮祿、聶士成、馬玉崑、袁世凱、董福祥五人分別率領。
1898年6月,慈禧太後任命榮祿為直隸總督兼北洋大臣,統率董福祥的甘軍、聶士成的武毅軍和袁世凱的新建陸軍,並稱“北洋三軍”。
戊戌變法後,慈禧太後為鞏固京畿重地,命直隸總督榮祿為欽差大臣,節製北洋各軍,組編武衛軍。武衛軍由5支軍隊編成,以聶士城的武毅軍為武衛前軍,駐蘆台;董福祥的甘軍為武衛後軍,駐荊州、通州;宋慶的毅軍為武衛左軍,駐山海關內外;袁世凱的新建陸軍為武衛右軍,駐小站。榮祿另募新兵萬人為武衛中軍,駐南苑。實際上每軍各踞一方,自成勢力。
此時,袁世凱已升至工部右侍郎。很多人都認為,在戊戌變法中,是袁世凱出賣維新派才導致了變法的失敗。但事實是怎樣的呢?
1898年9月16日,在小站的袁世凱應召赴京覲見光緒帝,得到光緒帝的賞識,升任京卿二品候補侍郎,專辦練兵事務。袁世凱在京期間,維新派代表譚嗣同緊急拜見他,請求其派兵進京,呼應發動政變。但袁世凱考慮到京城內有旗兵數萬人,自己的軍隊隻有六七千人,當即予以回絕。那麼,袁世凱告密了嗎?根據袁世凱的一貫風格,他斷不會在帝黨與後黨兩股勢力角力之時,過早地將自己暴露在一個危險的境地,甚至冒著前程盡毀、命懸一線的風險賭上一把。袁世凱深知帝黨沒多大的勝數,後黨實力雄厚,而他站在同情光緒帝與維新派的立場上,應該選擇靜觀其變,坐待事態發展再選邊站隊。事實上,他也是這樣做的。
此外,袁世凱出賣維新派的說法證據不足。第一,如果說袁世凱告密,時間就應該在1898年9月19日這一天,因為18日夜間譚嗣同將“圍園殺後”計劃通報袁世凱,但慈禧直到21日才動手,這不符合慈禧當機立斷的風格。第二,袁世凱無論是直接向慈禧告密,還是通過第三人間接告密,事後都會留下證據,哪怕是間接的證據。但後來袁世凱被革職罷官,有人提出要將他置於死地,光緒之弟載灃也對他恨之入骨,卻沒有一個人能拿出袁世凱出賣變法的任何證據。第三,“戊戌六君子”被殺的同一天,慈禧太後任命榮祿為軍機大臣,取代袁世凱擔任直隸總督兼北洋大臣。袁世凱在戊戌變法後的職務變動,表明他不是撲滅變法的“功臣”,慈禧對他也是不信任的。在9月21日這一天,慈禧可能通過其他信息來源,獲知維新派“圍園殺後”的計劃,而後采取措施的。袁世凱以他久經沙場、老謀深算的曆練在關鍵時刻涉險過關,才有了後來在政治舞台上大顯身手的機會。
《馬關條約》簽訂後,西方列強爭先恐後掀起瓜分中國的狂潮,都想在中國攫取更多利益。西方列國的不法惡行,激起了中國人民的反抗。1899年10月,義和團運動在山東爆發,發展迅速,引起西方列強的不滿,要求清政府撤換山東巡撫。
1899年12月,清政府委任袁世凱為山東巡撫。袁世凱把山東原有勇隊15000人編成武衛右軍先鋒隊,重新訓練。以後又陸續將勇隊改編成左翼防軍、右翼防軍和海防防軍,部署山東全省各地,在全省範圍內對義和團進行全麵彈壓。山東的義和團首領王立言、王玉振、朱士和及其骨幹分子全部被袁世凱擊斃,義和團在山東全省消失。