在兩人矛盾一觸即發的時候，孫中山警告粵軍幾個下級官員說：“告訴你們的長官，不要以為據守白雲山，便可胡作非為，我立刻上永豐艦，升火駛入東江射擊你們，連你們的根據地也一並鏟除！現在東江水漲，永豐炮艦可以直行駛入陳炯明的老巢！”
在此情況下，6月15日深夜，粵軍高級將領召開緊急會議，決定武力驅逐孫中山下台。陳炯明聽聞後，立即派秘書帶著他的親筆信勸葉舉他們千萬別輕舉妄動。信中說：如果孫中山出兵北伐大獲全勝，大家都會有好處；如果失敗了，我還可以以陸軍部長身份將部隊調返東江，收拾殘局。葉舉當著陳炯明秘書的麵將信擲落地上，說陳炯明書生之見不知軍事，並讓人轉告陳炯明，事情已箭在弦上不容不發。陳炯明收到回複後，據說一怒之下打碎茶杯。
6月16日淩晨，葉舉開始行動。他們提出的要求，與蔡元培等社會名流所提出的相同，就是請孫中山兌現他與徐世昌一齊下台的諾言，並非想置孫中山於死地，所以在開炮前讓人打電話向孫透露了消息，讓其趕快逃跑。孫中山離府後，粵軍圍攻總統府，守軍拒不投降，就開了三響土炮，以作威懾。孫中山登上永豐艦，宣布和叛軍開戰。根據當年香港中英文報紙報道和英、美兩國外交官的相關記載，1922年6月17日，孫中山以海軍大炮炮轟廣州。
當時海軍采取軍事行動必須得到海軍司令的命令，由於沒有海軍司令的下令，在孫中山下令放炮後，一時沒有士兵敢動手，孫中山氣急之下，索性自己動手親自發炮，“孫大炮”由此得名。孫中山炮擊廣州後，胡適曾批評說：“遠處失了全國的人心，近處失了廣東的人心。孫氏還要依靠海軍，用炮擊廣州城的話來威嚇廣州的人們，遂不能免這一次的失敗。”在遭到社會輿論的批評後，孫中山隻好於8月9日乘英國炮艦離開廣州，避入上海法租界。
近年來，多位曆史學家研究，“六一六事件”，陳炯明絕對不是主謀。孫中山炮轟廣州後，陳炯明還禁止部下組織大規模的反擊，讓孫中山安全離粵，實際上救了孫中山。
陳炯明與孫中山公開決裂後，吳稚暉、汪精衛等人還一度曾想讓他們破鏡重圓，孫中山念及舊情，又是用人之際，便說“如他肯寫悔過書，可不究既往”，當說客把孫中山的意思轉達陳炯明後，陳炯明當即斷然拒絕，認為自己沒有錯誤，“無過可悔”。
由於國民黨後來統一了中國，因此陳炯明在很長一段時期內被視為叛逆者，以至於現在還有很多人以為，陳炯明是靠孫中山起家的，陳趕走孫不地道。實際上，辛亥革命前，陳炯明就是廣東省谘議局議員，其同盟會身份是秘密的，談不上跟隨孫文革命。孫文是海外革命家，16年未踏入中國半步，如何跟隨？陳炯明辛亥年組建循軍，成為廣東都督實至名歸，孫中山和陳炯明的合作實為孫依附陳，而非陳依附孫，或者說兩人結成聯盟互相依附。孫中山在中國廣州自任非常大總統，外界很少支持和承認，當時給孫中山撐腰的最重要的地方實力派就是陳炯明將軍。
關於孫、陳之爭，在陳炯明死的時候，國學大師章太炎寫了一篇墓誌銘，可作為兩人關係惡化原因的參考。他說在民國六年的時候，孫中山開始自稱大元帥，很快被趕走了，退居上海，後來聽說陳炯明勝利了，就又回來了。由此可見陳炯明並不是依附於孫中山的。
孫中山靠陳炯明打天下，陳炯明幫孫中山撐起了南方政權。
如果孫、陳二人生前有一出“將相和”，那段曆史固然是皆大歡喜的結局，中國近代曆史也許會重寫。
但是，道不同不相與謀。真正有著堅定政治理想的仁人誌士，絕不會因為個人交情而放棄自己追求的真理。
1925年孫中山在北京病逝。陳炯明親擬了一副挽聯：“唯英雄能生人殺人，功首罪魁，留得千秋青史在；與故交曾一戰再戰，私情公誼，全憑一寸赤心知。”恩怨功過全由後人評說。
對孫、陳二人孜孜以求的政治理想，誰優誰劣，誰是誰非，自有曆史評說。不過，陳炯明赴湯蹈火的努力最終卻以慘淡失敗謝幕，而孫中山發動的北伐破壞了南北妥協，失去了一次和平統一中國的大好機會，也撲滅了各地民主治理熱潮及剛剛建立起來的民主體製。這對陳炯明個人來說是悲劇，對國家、民族來說，何嚐不是一大遺憾？