十三大的中心任務是加快和深化改革。關於經濟體製改革，大會提出，要圍繞轉變企業經營機製這個中心環節，分階段地進行計劃、投資、物資、財政、金融、外貿等方麵體製的配套改革，逐步建立起有計劃商品經濟新體製的基本框架。為此，大會要求：按照所有權和經營權分離的原則，搞活全民所有製企業；促進橫向經濟聯合的進一步發展；加快建立和培育社會主義市場體係；逐步健全以間接管理為主的宏觀經濟調節體係；在公有製為主體的前提下繼續發展多種所有製經濟；實行以按勞分配為主體的多種分配方式和正確的分配政策。大會根據幾年來的實踐經驗，分析了經濟體製改革的艱巨性，改變了中共中央在關於“七五”計劃建議中提出的力爭在五年或者更長一些的時間內，基本上奠定新的經濟體製的基礎的要求，指出：“現在看來，建立新體製框架所需的時間，會比原來的估計要長一些。”這是實事求是精神的體現。
十三大指出，經濟體製改革的展開和深入，對政治體製改革提出了愈益迫切的要求。政治體製改革的近期目標，是建立有利於提高效率、增強活力和調動各方麵的積極性的領導體製。根據鄧小平1980年8月在中央政治局擴大會議所作的《黨和國家領導製度的改革》的講話，黨和國家在這方麵已經采取了若幹重要的改革措施，在實行黨政分開、下放權力、加強法製建設和廢除領導幹部職務終身製方麵取得了顯著進展。十三大前後，這些改革在繼續進行。
十三大指出，60多年來，在馬克思主義與我國實踐相結合的過程中，有兩次曆史性的飛躍。第一次飛躍發生在新民主主義革命時期，中國共產黨人總結成功和失敗的經驗，找到了有中國特色的革命道路，把革命引向了勝利；第二次飛躍發生在十一屆三中全會以後，中國共產黨人在總結建國30多年來正反兩方麵經驗的基礎上，在研究國際經驗和世界形勢的基礎上，開始找到一條建設有中國特色的社會主義的道路，開創了社會主義建設的新階段。沿著這條道路前進，是把我們的事業引向勝利的根本保證。
鄧小平仍是掌舵人
11月2日召開的十三屆一中全會，選舉趙紫陽、李鵬、喬石、胡啟立、姚依林為政治局常委，趙紫陽為總書記；決定鄧小平為中央軍委主席，趙紫陽為第一副主席，楊尚昆為常務副主席；批準陳雲為中顧委主任，薄一波、宋任窮為副主任，喬石為中紀委書記。政治局常委向全會提出：鄧小平雖然退出了中央委員會和政治局常委會，但他作為黨和國家重大問題決策人的地位和作用沒有改變，在重大關頭仍然需要他掌舵，這是黨的事業的需要。這個意見，得到了全會的讚同。
1988年3月至4月舉行的七屆全國人大一次會議，選舉楊尚昆為國家主席，萬裏為人大常委會委員長，決定李鵬為國務院總理，選舉鄧小平為國家中央軍事委員會主席。
治理整頓的開始
從十二大到十三大這五年間，我國經濟在改革開放中取得了巨大成就，但也存在著許多問題和困難。這些問題和困難，有些是多年積累下來短時期不可能完全解決的，有些則是這幾年在前進過程產生的。黨中央和國務院在執行正確的戰略、方針、政策的過程中，對經濟建設和改革開放的具體指導是有失誤的。在農業方麵，對農村形勢的估計一度過於樂觀，放鬆了對農業的指導和投入，以致糧食生產在1984年大豐收後連續幾年徘徊不前。在工業方麵，對加工工業的盲目發展糾正不力；在改革統得過多、管得過死的經濟體製的過程中，忽視了必要的適當集中；在強調微觀搞活的同時，忽視了綜合平衡和加強宏觀調控。由於對國情仍然缺乏全麵深刻的認識，在建設和改革兩方麵都存在急於求成的偏向。十三大雖然對經濟發展再度提出實事求是的要求，但實際工作中的急於求成的傾向遠未得到扭轉。經濟工作中的問題，同黨的領導和思想政治工作的削弱也是分不開的。
對1984年下半年開始出現的經濟過熱等問題，黨中央、國務院未能及時采取果斷措施加以遏製。當時曾經提出了所謂“軟著陸”的主張，結果不但沒有“著陸”，經濟過熱的現象反而繼續發展。1987年雖然提出財政信貸雙緊方針，但又沒有堅決加以貫徹，以致問題越積越多。突出地表現在通貨膨脹加劇，社會生產和消費總量不平衡，結構不合理，經濟秩序混亂。經濟發展中深層次的問題主要是：社會總需求遠遠超過社會總供給，1984年至1988年，國民收入增長70%（按現價計算增長149%），而全社會固定資產投資增長214%，城鄉居民貨幣收入增長200%。由於糧食生產連續幾年徘徊，加上人口過快增長（計劃生育工作的領導一度放鬆），人均糧食產量下降，而工業生產增長過快，攤子越鋪越大，又出現了工農業比例關係失調。工業內部基礎工業、基礎設施與加工工業比例關係也失調，能源、交通、原材料的供應能力支撐不了過大的加工工業，大量工業生產能力長期閑置，資金、外彙、物資的分配權過度分散。1984年至1988年，國家財政收入占國民收入的比重由26.7%下降到22%，中央財政收入占整個財政收入的比重由56.1%下降到47.2%，致使國家宏觀調控能力減弱。生產、建設、流通領域普遍存在著高消耗、低效益，高投入、低產出，高消費、低效率的現象。1985年至1988年，通貨膨脹呈明顯加劇之勢，1988年全國零售物價指數在連續幾年上漲幅度較大的基礎上，又上漲18.5%，這樣大的漲幅是多年來所沒有過的。這引起了廣大群眾的嚴重不安。