3日淩晨1時半，在北京市人民政府和戒嚴部隊指揮部發緊急通告：“首都今晚發生了嚴重的反革命暴亂。暴徒們猖狂襲擊解放軍指戰員，搶軍火，燒軍車，設路障，綁架解放軍官兵，妄圖顛覆中華人民共和國，推翻社會主義製度。人民解放軍多日來保持了高度克製，現在必須堅決反擊反革命暴亂。首都公民要遵守戒嚴令規定，並同解放軍密切配合，堅決捍衛憲法，保衛偉大的社會主義祖國和首都的安全。凡在天安門廣場的公民和學生，應立即離開，以保證戒嚴部隊執行任務。凡不聽勸告的，將無法保證其安全，一切後果完全由自己負責。”廣場上反複播放緊急通告後，大批圍觀群眾迅速離開。但仍有一部分人盤踞在廣場南端人民英雄紀念碑一帶。
淩晨4時半，廣場上廣播戒嚴部隊指揮部的通知：現在開始清場，同意同學們撤離廣場的呼籲。隨後，廣播了北京市人民政府和戒嚴部隊指揮部關於迅速恢複天安門廣場正常秩序的通知。通知說：“天安門廣場是我們偉大祖國首都北京的中心，是我國舉行政治性集會和迎賓活動的重要場所，是新中國的象征。但是，現在天安門廣場已經成了極少數人製造動亂、傳播謠言的市場。為了盡快恢複天安門廣場的正常秩序，根據首都和全國人民的共同願望和北京市人民政府關於在北京市部分地區實行戒嚴的第一號令，決定立即對天安門廣場執行清場。”
一、凡在廣場上的所有人員，聽到廣播必須立即撤離現場。
二、如果有人違抗和拒不執行此通知，仍繼續滯留廣場，戒嚴部隊有權采取一切手段予以強行處置。
三、清場後，天安門廣場由戒嚴部隊嚴格管理。
四、希望一切有愛國之心，不願意國家動亂的廣大學生和群眾，要積極配合戒嚴部隊執行好清場任務。
約5時左右，廣場上的學生開始撤離，戒嚴部隊同時進駐天安門廣場。到5時半，整個過程結束。
平暴後的北京
瘋狂的暴行、燃燒的車輛、扭曲的路障、混亂的人群……一切都過去了。在平息反革命暴亂之後，首都又重現了往日的安定與繁華。
天安門前，長安街上，公共電汽車和各種車輛川流不息，各條大街又熱鬧和擁擠起來。身穿白色製服的交通警察，在路口從容地指揮著交通。
前些日子被糟蹋得不成樣子的天安門廣場，已恢複了整潔、莊嚴的容貌；全副武裝的解放軍戰士守衛在廣場四周。出於安全考慮從5月20日以來一直關閉著的故宮博物院，6月13日上午開北門接待中外遊客，當天就賣出門票近4000張。
街頭的反革命暴亂標語、傳單、大小字報都被清洗幹淨。街頭公園裏又出現了往常的情景：退休工人三五成群地下棋、打撲克；早鍛煉的人們在打拳、舞劍、練氣功；掛在樹枝上的鳥籠，傳出了小鳥鳴叫聲。
戒嚴部隊6月4日淩晨平息了反革命暴亂之後，在繼續打擊暴亂分子破壞活動的同時，大力協助北京市政府恢複首都的正常秩序。
由於暴亂分子設置路障，阻塞交通，燒毀公共電汽車，北京市內交通一度陷於癱瘓；職工無法上班，車輛不能通行，糧、鹽和肉、蛋、菜等副食品以及液化氣罐運不進城，引起市民的搶購和恐慌。為了迅速恢複交通，大批戒嚴部隊和公安幹警走上了街頭，與各區政府組織的群眾一起清除路障，拖走被燒毀的各種車輛。公共交通部門的職工在大量車輛被燒毀和破壞的情況下，克服重重困難，逐步恢複了運營。
6月13日清晨5點，全市170條公共電汽車和地鐵的頭班車全部按時正點發出，地鐵和城區公共電車汽車的末班車收車時間，也延長到晚上11點。除行人外，各種車輛和自行車都可以在天安門前及廣場東西側路自由通過。這標誌著首都的交通秩序已恢複正常。
反革命暴亂剛剛平息之後，一些市民由於存在恐慌心理，紛紛搶購糧食，而加工好的糧食又因交通阻塞壓在糧庫和麵粉廠裏，運不出來，造成一些糧店脫銷。市政府6月7日組織糧食、運輸部門出車，甚至租用近郊農民的馬車搶運糧食，戒嚴部隊從6月8日起也派出大量汽車和戰士，給糧店送糧，使搶購糧食的現象很快煙消雲散。戒嚴部隊還派出車輛、人力幫助運送食鹽、蔬菜等，為保證市場供應出力。
到6月9日，全市大部分中小百貨店、飲食服務業、銀行營業部和儲蓄所都相繼開門營業。6月10日，為保證安全，關門6天的王府井百貨大樓、東安市場、西單商場、隆福大廈4家全市最大的百貨商場都向顧客敞開了大門。
隨著道路的開通，從6月4日起中斷4天的垃圾清運工作也開始恢複。各區政府組織環衛職工日夜搶運，戒嚴部隊也出動車輛和人員支援，僅用4天時間，城區積存的垃圾就基本清運完畢。