而主張台獨的民進黨對李登輝的談話則是大加讚賞。民進黨中國事務部主任顏萬進表示，李登輝的主張，也是民進黨的一貫主張。當然兩者之間也有不同，他認為李登輝主張的台灣主權是延續了中華民國的傳統，而民進黨則主張兩者毫無關聯。具有濃厚台獨色彩的《自由時報》於11日發表題為《兩岸糾結不清的主權關係終告厘清》的社論，認為李登輝的宣示具有非凡的意義。《自由時報》的另一篇文章說：“台灣是台灣，中國是中國，台灣不屬於中國，中國也不屬於台灣，過去是這樣，現在是這樣，未來也是這樣，台灣是個主權獨立國家，與中國理所當然是國與國關係，天經地義，理直氣壯。”12日，《自由時報》再次以《中國就是中國――勿再以中共或大陸稱之》為題發表社論，認為台灣應該修改包括“憲法”“國統綱領”在內的相關法律，將“兩國論”以法律的形式確定下來。
李登輝的“兩國論”拋出之後，台灣當局的政治人物出於各種需要紛紛隨聲附和，加上台獨勢力的捧場，“兩國論”一時之間竟然成了“英明”決斷。
據透露，李登輝早在去年9月份，就指示自己的幕僚和台灣“陸委會”“外交部”對主管業務範圍內的對外用語，進行通盤檢查，凡是過去不利於台灣法律地位的，都將進行全麵調整。在相關研究成熟之後，李登輝借接受德國媒體采訪的機會，將“兩國論”拋了出去。
7月11日，國民黨投資事業管理委員會主任劉泰英透露說，未來幾個月，李登輝對政治、經濟、社會與“國家體製”作出重要宣示，對“國家”未來的走向提出具體的看法。
由此可以看出，“兩國論”隻是個開始，如果沒有祖國大陸的嚴厲反擊和國際社會的反對，李登輝還不知道要走多遠。
《自由時報》推波助瀾
李登輝的“兩國論”雖然拋了出來，但是如果不能以法律的形式加以確認，也是一句廢話。台灣《中國時報》記者王銘義於7月12日發表文章指出，台灣有關部門“是否會配合調整《國統綱領》或修訂《兩岸人民關係條例》等法令與政策性文件，將是‘兩國定位論’能否落實體現的指標。”這個見解可謂一語中的。
7月12日，台灣“陸委會”主委蘇起召開記者會，為李登輝的“兩國論”辯護。蘇起說，李登輝的“兩國論”，目的是為了迎接汪、辜第二次會晤，產生更有建設性的對話，打破一個中國的迷思。
台灣的“國民代表大會”有關成員，於12日初步確定，將國家主權議題列入即將舉行的憲改擴大谘詢會議。民進黨的國大黨團表示，將全力促成修憲以回應李登輝將兩岸定位為國與國關係。
民進黨立委沈富雄，在短短幾天內作出一個統計結果，他認為，涉及兩岸定位的重要相關法律，共包括“國家安全法”等23案，有158條條文。沈富雄建議，基於整體性及立法的一致性，他建議采取綜合立法方式，一次性修改相關條文。對於大陸和港澳地區的稱呼，他建議稱為“我國主權所及範圍外受中華人民共和國統治地區”。
13日，《自由時報》再次發表題為《我應盡速修憲確定領土疆域》的社論，鼓吹說，“400年的台灣曆史顯示，台灣曾經西班牙、荷蘭、明鄭、大清、日本、國民政府等外來政權統治，但自1996年台灣總統大選以來，‘人民主權’已成為‘台灣是一個主權獨立的國家’的理論基礎，台灣人民早已當家做主，中華民國與中華人民共和國當然是兩個主權國家，兩國的關係當然是百分之百的國際關係。”
在台獨勢力的一片叫囂聲中，也不乏冷靜的聲音，《中國時報》13日的一篇評論就指出，“更重要的關鍵是在於，目前李登輝總統有關兩岸國家關係新定位的談話，如果進一步明確化，勢將被中共解讀為打破兩岸在‘一個中國’原則下的現狀，一旦兩岸現狀遭到破壞，則兩岸過去的和平與穩定的格局勢將隨之崩解，而此一崩解過程帶來的兩岸危機，將使未來兩岸關係更難逆料。”
13日，台灣國民代表大會的國民黨、民進黨代表達成協議，將“兩國論”納入憲改谘詢會議的日程，日期是7月21日。
對此，《中國時報》評論道，“國大代表”對此事議論議論無妨，“如果要進一步經由修憲，確立兩岸是相互不統屬的國與國關係，由於我國憲法為剛性憲法，如此的修憲自可視為是永久性地切斷兩岸之間的關聯性。則此舉的衝擊後果自然更為強烈，而使台灣必須承受更不可測的後果。”