兩岸關係發展到今天這樣的局麵，可以說已經沒有任何人寄希望於李登輝收回“兩國論”了。綜觀這40多天台海上空的風雲激蕩，可以說大陸取得了反台獨的局部勝利，就是成功地阻止了台灣當局意圖修憲、修法的企圖。應該指出的是，台灣當局雖然從一開始就表示不會修改法律，但是它已經在行政部門部署相關的對外用語的改變，而台灣“國民代表大會”在台灣當局的默許甚至縱容下，在一段時間內將“兩國論”炒成熱門話題，幾乎就要將其納入修憲的議程。正是由於大陸的強力反擊和國際社會的反對，才使得台灣當局修憲的圖謀沒有得逞。
台灣加入美國戰區導彈防禦係統（TMD）的圖謀一直是兩岸各方高度關注的話題。8月18日，在國民黨中常會上，“國防部長”唐飛針對TMD作了專門報告，唐飛報告完後，李登輝指示，建構TMD戰區導彈防禦係統不但是因應當前情勢所需，更符合國家長遠發展利益。
8月19日，台灣“行政院”院會通過了一份將向“立法院”下一個會期提交的施政報告初稿，這篇報告雖然沒有寫明TMD，但是從內容上看台灣已經有這方麵的動作。在“規劃整體防空”部分，報告說為因應中共導彈威脅及未來空防需要，將盡速建立早期預警係統，及早偵測敵空中襲擊，增加預警時間，並將依財力逐步籌建完善的導彈防禦係統。
台灣“新聞局”局長程建人公開宣稱，這份報告表明台灣已在進行TMD的研發工作。
8月19日，《自由時報》發表社論，題目為《台灣加入TMD為情勢所需》。
如果台灣正式開始研發並且最後加入TMD，大陸很有可能在台灣擁有反製彈道導彈能力之前就揮師直取台灣，因此，台灣的這步棋是一個險著。
現在，台灣問題的和平解決尚有最後一個機會，那就是明年台灣大選後，新上任的“總統”是否會收回“兩國論”，並回到“一個中國”的原則上來。
目前，台灣政壇上出現了五個有意問鼎下屆“總統”職位的候選人，他們對“兩國論”的態度各有不同。
7月31日，台灣現任“副總統”連戰宣布參加下屆“總統”選舉，由於其身處的位置，連戰多次在不同場合為李登輝的“兩國論”辯護，認為李登輝的言論不是“台獨”，兩岸分治已經半個世紀，如果不能認定這一現實，就不能很好地解決彼此的問題。關於兩岸關係，連戰表示要以“三不”和“三要”來推動，“三不”就是“不獨、不統、不對立”，“三要”就是“要和平、要交流、要雙贏”，連戰還強調，台灣追求國家統一的目標沒有變，兩岸和平、安定是台灣的一貫主張。
脫離國民黨參選的前台灣省長宋楚瑜是李登輝的眼中釘，其大陸籍的背景，在選舉中很容易被台灣籍的候選人攻擊。因此，如果從選舉的角度看，李登輝的“兩國論”給宋楚瑜的危害最大。“兩國論”出台以後，宋楚瑜的反應是避開直接論斷是非，強調“兩國論”決策粗糙，在堅持反共立場的同時，表明自己更重視台灣的安全。最近，宋楚瑜在接受台灣《新新聞》采訪時表示，對於“兩國論”的基本精神和立場，他與李登輝並無不同，甚至可以直率地說，就堅持台灣利益的立場而言，“我比李登輝還李登輝”。宋楚瑜質疑：“你把底牌先掀出來了，怎麼為台灣謀取最大的空間？”
民進黨“總統”候選人陳水扁是最徹底的“兩國論”的擁護者，他吹捧李登輝的“兩國論”“已踏出曆史正確的一步”，並要求進行修憲。陳水扁說，“兩國論”和民進黨的宗旨不謀而合。陳水扁還拉美國人為其壯膽，說“兩國論”造成美國的關切，恰恰證明“兩岸關係絕非中國所謂的內部關係”。
脫離民進黨自行參選的許信良是肯定“兩國論”的，但他反對“修憲”落實。許信良對“兩國論”的態度表現出很強的投機性。剛開始，他吹捧“兩國論”“所傳達的跟中國對等地位的價值，為大多數民眾所支持”，“符合國際法及政治現實”。但是等到兩岸關係緊張之後，許信良又開始改口，認為“兩國論”是在挑戰美國的台海政策，將影響美國未來兩岸政策的製定。許信良建議台灣當局以積極的作為來處理“兩國論”造成的負麵影響，他甚至建議當局在必要時可以派遣特使到大陸，說明台灣的兩岸政策沒有改變的立場。