在農村使用宅基地建房主要有以下幾種常見糾紛：
（1）爭占宅基地以外的集體空閑地引發的糾紛。村民爭占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴大牆院、堆放雜物等。對這類糾紛，人民法院應當告知到當地人民政府申請解決，不服政府處理決定的則可向法院起訴，法院應以行政案件受理。土地為村集體經濟組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應以民事案件受理，對當事人因爭占空閑土地引起的財產損害賠償案件，人民法院應根據具體案情處理。
（2）建房戶私下調換宅基地引發的糾紛。村民根據各自利益的需要，私下調換宅基地引發糾紛的，人民法院在審理此類案件時不僅要指出雙方行為的違法性，同時可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意後，責令雙方變更宅基地登記。
（3）用地建房影響相鄰關係人利益引發的糾紛。不適當使用宅基地而影響相鄰關係的，如在同一規劃線上，後蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或後蓋的房屋和設施影響相鄰人房屋通風、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當地點建造廁所影響環境衛生、或擅自堵塞通道、截斷自然水流等情況引發的糾紛，人民法院應本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實給鄰人造成損害的，應責令排除妨礙、消除危險、恢複原狀或賠償損失。
（4）未經共同使用人同意，部分共用人擅自使用共用的宅基地而引發的糾紛。對一宗宅基地可由兩個以上村民共同使用，具有共同使用權，共有土地使用麵積可以在共有人之間分攤。對於共同使用的宅基地在未經共有人同意，部分共有人擅自使用引發糾紛的，人民法院在受理案件後查明一方在建房時，對方明知而未提出異議的，可在不妨礙他人和公共利益的情況下判令占有人繼續使用。農村宅基地使用權人與他人合資建房後發生的房屋產權糾紛，因涉及宅基地使用權，處理時應先征求土地管理部門的意見，如主管部門批準雙方共同使用宅基地的，可以判決明確各自的房屋產權；如主管部門不批準雙方共同使用該宅基地的，可以明確對房屋各自的份額後，判決房屋產權給有宅基地使用權的人。
（5）未經有關部門確權和統一規劃的宅基地因界址不明引起的糾紛。對於未經確權和統一規劃的宅基地界址有爭議、四至不明而引發矛盾提起訴訟的，人民法院應當告知當事人到當地政府申請處理。當事人不服政府處理決定的，法院應以行政案件立案處理。對經過統一規劃和確權的宅基地因界址發生爭議的，人民法院應以民事案件直接受理，查明土地使用權證上的四至是否明確，長、寬、麵積等數據與實際情況是否相符。除四至確實被移動外，應以四至為準確定宅基地使用權；如果爭議一方土地使用權證上所載明的麵積與實際情況相符，另一方不相符或提供不出土地使用權證的，人民法院應將該宅基地處理給實際情況與土地使用權證相符的一方使用。
§§九、宅基地使用權的流轉