翌日，黃巢在含元殿接受百官朝賀，自稱為帝，國號大齊，建元金統，並一起大赦天下。封尚讓為宰相，孟楷、蓋洪為尚書左右仆射，柴存和朱溫分別為左右衛大將軍。
連那日在廣西的湖光山色之間，吟詩作對，自詡為懷才不遇的皮日休也被任命為翰林學士，丐幫的簡幫主因為招募新兵有功，也被封為吏部侍郎。
該封賞的功臣都封賞了，黃巢便想起了那些自己恨之入骨平時欺壓弱小，恃強淩弱的貪官貴族。
唐僖宗臨逃走之前最擔心的事情發生了，不僅公卿貴族幾乎被盡數屠戮，連沒有來的及逃跑的李唐宗室也被義軍誅殺的幾無遺類。
一時間，“華軒繡轂皆消散，甲第朱門無一半。內庫燒為錦繡灰，天街踏盡公卿骨！”長安城成為權貴的血海，貧賤的老百姓卻揚眉吐氣，大有翻身農奴把歌唱之感。
而此時距離當年的武林大會已經五年有餘，在武林大會中元氣大傷而暫時隱匿江湖的各武林幫派又重新開始活躍了起來。
唐王朝也安撫了那些因為朝廷召開武林大會，而對朝廷頗有微詞的道教幫派，他們之間的嫌隙已經慢慢的的冰消雪融了。
而黃巢經曆了圓夢長安的風光無限，黃巢的義軍開始受到官兵和武林人士的夾擊，已處處被動，損兵折將。
更加雪上加霜的是，黃巢的義軍由於人數多於膨脹，麵臨著糧草不足的嚴重問題。在吃穿都難以保證的情況下，眾義軍兵士也越來越難以管束，不像剛進西安城時能規規矩矩的遵守約法三章，燒殺擄掠便成了家常便飯。
黃巢對此也由開始的擔憂憤怒而到了後來的聽之任之。因為已經實現了自己龍庭之願，黃巢自己也開始放縱享受起來，身邊多了一些阿諛奉承的小人，少了一些仗義之言的君子。連駐外的將領為了保住自己的地位，也往往是對黃巢報喜不報憂。
經過在長安城中幾個月的聲色犬馬的生活之後，慢慢恢複力量的朝廷的各路兵馬已經開始合力圍剿剛剛成立的大齊政權。
但即使在深宮之中，黃巢仍是頭腦清明，他自然不肯坐以待斃，便實行各個擊破的策略，先是派自己的虎將朱溫攻克了鄧州，阻止了荊、襄兩路的官軍北上。同時派尚讓進攻鳳翔，以確保京師長安西北方的安寧。
誰知尚讓卻忘記了先前兵敗津門的前車之鑒，依舊信心爆棚，看不起文弱書生將軍鄭孜，反而中了鄭孜所設的驕兵之計，最終被驚的草木皆兵，大敗而逃，損兵折將多達數萬人。
自此一戰，勝敗形勢依然悄悄逆轉。在西南苟延殘喘的唐王朝頻頻調兵遣將，其中大多是田令孜狐假虎威，借用被自己劫持的唐僖宗的名義調來各道兵馬，前來剿寇。而義軍內部卻因糧餉有限，調配不均，屢屢有叛亂和內哄發生，此消彼長，義軍的勢力自然大不如昔。其中最使義軍勢力一落千丈的，還是黃巢的心腹大將朱溫變節降唐。
中和二年，朱溫變節降唐，使義軍和朝廷兵馬力量的對比發生了根本性的變換。原來已經對前途悲觀失望的田令孜大喜，賜其名為朱全忠，並任命他為招討使，以達到以賊治賊的目的。
而也就是在此時，唐王朝宣布赦免“獨眼龍”李克用和李國昌父子，也就是曾經大敗龐勳，讓農民起義軍聞風喪膽的黑鴉派的掌門人。
當年龐勳發動起義之後，一路都勢如破竹，橫掃嶺南各州，誰知碰到獨眼龍父子率領的黑鴉軍便馬上潰不成軍，最終龐勳落得一個慘敗而身首異處的下場，堪稱農民起義軍的最大苦主。這次真是冤家路窄，二十多年後，黃巢的義軍和李克用父子的黑鴉軍再一次狹路相逢了。