秘密狀態下的鬥爭
正當形勢開始向有利於革命方向發展的時候，奉係軍閥張作霖、直係軍閥吳佩孚和盤踞直隸的奉係軍閥李景林、盤踞山東的奉係軍閥張宗昌合組的直魯聯軍，聯合山西軍閥閻錫山的晉軍，分五路從三個方向朝集中在北京的國民軍撲來。國民軍為保存實力，主動撤離北京，經南口激戰後，退守西北。4月22日，奉、直、直魯聯軍闖進北京。因張作霖、吳佩孚在奪取北京政權問題上各不相讓，先成立了一個形式上的“攝政”內閣。奉、直、直魯聯軍一進北京，就到處張貼告示：“凡宣傳赤化，主張共產者，不分首從，一律處死。”4月26日，《京報》報館被封，主筆邵飄萍以宣傳赤化罪被判處死刑。三個月後《社會日報》主筆林白水也被殺害。當時北京流傳著一句諺語：“萍水相逢百日間”，宣泄出群眾對反動軍閥屠殺進步報人以扼殺正義輿論的憤懣。奉直軍閥還以撲滅赤化為名，搜查各大學，對有進步傾向的學生和教職員，均視為有赤化嫌疑，其中被列名通緝者達400人之多，陳毅、辛煥文等都榜上有名。國家主義派等反動團體，也趕緊組織起什麼“反赤大同盟”“國民製赤會”等，猖狂地向革命勢力進攻。奉、直、直魯聯軍在瘋狂反赤的同時，奸淫搶掠、草菅人命，無惡不作。整個北京，籠罩著一種陰森恐怖的氣氛。
在這種形勢下，聲勢浩大的青年運動暫告停息，團的活動轉入秘密狀態。團地委很難找到接頭地點，地方大會不能開，大一點兒的支部會也無法舉行。團地委下設的經濟鬥爭委員會、婦女運動委員會、兒童運動委員會的工作幾乎陷於停頓。團北方區委與北方一些地方團組織的聯係一度中斷，與團中央的聯係減少，區委機關辦公地點一遷再遷，聯係代號一變再變，原訂4月在北京舉行的區代表會，也被迫取消。根據形勢的變化，團組織按照黨的統一部署，及時調整了工作方針，將一批在北京已經暴露、無法立足的團幹部轉移出京，充實、加強全國各地的革命工作。例如，原團地委書記卓愷澤和團北方區委書記蕭子目章先後轉到團中央工作；團地委組織部負責人鄧鶴皋和團北方區委經濟鬥爭委員會書記尹才一，同時被派往大連分任黨和團的地委書記。一批黨的青年幹部也被派了出去，例如，陳毅、黃道、邵式平等南方籍同誌，被派回原籍，作為當地的革命火種；王一飛被派往張家口地區任軍委書記；陳日新、辛煥文、王布仁、舒傳賢、許國英、趙晉之等更多的幹部和青年，被選派或主動要求到黃埔軍校學習，準備參加即將開始的北伐戰爭。
黃埔軍官學校創辦於1924年國共合作之後，是孫中山在蘇聯和中國共產黨的幫助下建立的培養軍事幹部的學校。自1924年5月至1927年，共辦了六期。以黃埔軍校學生為骨幹的國民革命軍，是統一廣東革命根據地和進行北伐戰爭的中堅力量。“三一八”慘案以前，北京地方團根據黨的指示，曾選派優秀團員和青年投考黃埔軍校。1925年秋，黃埔四期招生時，北京還設立了招生點，以利於北京青年報考。“三一八”慘案後，更多的團員、青年懂得了革命武裝的重要性，“到黃埔去！”一時成為進步青年的普遍要求。鑒於報考青年驟增，黃埔軍校又在長沙等四個地方設立了分校，仍不能滿足青年的要求，以致著名青年領袖惲代英不得不在團中央機關刊《中國青年》上發表文章，勸慰青年參加革命並非一定報考黃埔軍校。自第一期始，曆屆黃埔軍校學生中，幾乎都有從北京去的。1926年7月，國民革命軍出師北伐。當時全國最大的軍閥是直係和奉係，直係分為兩支，一為吳佩孚，一為孫傳芳，至次年4月，北伐軍基本消滅了吳、孫兩支軍閥，革命勢力由珠江流域伸展到長江流域，赤色旗幟飄揚半個中國。在整個北伐戰爭中，黃埔軍校學生英勇善戰，從北京去的不少人獻出了年輕的生命。黃埔軍校第一期學生、在北伐戰爭中犧牲的羅群烈士曾就讀於北京大學。在軍校學習期間，他常說：“來黃埔的目的在於從水深火熱中拯救人民，苟能如願以償，則雖粉身碎骨，亦不足惜。寧為主義而犧牲，不為安逸而逃生！”劉作仁烈士，北京大學旁聽生，1925年考入黃埔軍校，投筆從戎。畢業後任二十師六十團連黨代表，後調任五十八團營指導員。國民革命軍北伐時，再三請纓，均未批準。跟隨總司令部到長沙後，才被派往總預備隊指揮部參謀處服務。南昌之戰，他親臨前線指揮，不幸飲彈陣亡。
在國民革命軍北伐的時候，原已退守西北的馮玉祥部國民軍，在中國共產黨和蘇聯的幫助下，也於1926年9月17日於綏遠省五原誓師，然後東出潼關，進攻河南，與北伐軍相呼應。北京大批青年學生和團員，接受團組織的派遣，到馮玉祥軍隊服役，做出了很大貢獻。
北京地方團一方麵輸送大批團幹部和團員青年支援北伐戰爭和全國各地的革命工作，一方麵集中力量進行內部整頓和組織發展，各級團的會議漸漸恢複，並注意對團員的教育和訓練，增加了馬克思主義基本理論的學習和研究，提高了團員的思想水平和實際工作能力。由團員參加編輯的秘密刊物也恢複發行，如北京大學的《新生》《下層》，師範大學的《新華》，農業大學的《農光》，法政大學的《新社會》，燕京大學的《努力青年》，藝術專門學校的《烈火》《街頭之塔》，中國大學的《協進》等。這些刊物流傳很廣，深刻揭露了奉直軍閥的反動本質，促進了廣大青年和人民群眾的覺悟。結果，奉直軍閥心勞日拙，事與願違，他們的反赤運動反而促進了赤化教育運動，“從此以後，一般群眾知道赤化就是‘不擾民，真愛民’，反赤就是燒、殺、奸、掠、軍用票。所以，他們日思赤之再來，並深信唯赤可以使他們自救”。就連一向被視為貴族學校的清華大學，學生思想也發生了重大變化，“現時最時髦之新主義，為社會主義、共產主義及無政府主義，而在最近清華中，均已‘嶄然露頭角’。”因此，團組織不但沒有被軍閥的反赤運動削弱，反而進一步壯大起來。1926年5月底，北京團員總數就發展到441人，比4月份增加了65人。團支部達39個，其中大學支部15個，工人支部11個，中學支部11個，其它支部2個。由於團員增多，團地委增加了部委一級組織（相當於現在的區、縣級團委）。部委是地委和支部間的樞紐，其主要職責是考察、訓練團員和指導所屬支部的工作。根據團員分布情況，北京團地委共設了東城、西城、南城三個部委。部委成員均由候補地委委員擔任，以便通過地委會議，了解地委工作精神。