在第二次鄭州會議上，毛澤東對人民公社問題的認識又前進了一步。他提出的一些思想觀點和方針政策，觸及了一些實質性問題。針對當時有些同誌對他講的“那一套道理，似乎頗有些不通，覺得有些不對頭”，他在3月1日給劉少奇、鄧小平等同誌寫了一封信，說明他的思想觀點形成的過程。他說：“我的這一套思想，是一月二月兩個月內逐步形成的。到天津、濟南、鄭州，跟三省同誌們交換意見，對我有極大的啟發。因此到鄭州，就下定了決心，形成了一套，雖然還有些不完善，還有些不準確，還有些需要發展和展開，須待今後再觀察、再交換意見、再思再想。”毛澤東請胡喬木把這封信在會上宣讀一遍。在會上講話時，毛澤東還主動承擔了責任。他說：“這首先是由於中央沒有更早地作出具體的指示，以致下級幹部一時沒有掌握好分寸。”盡管當時糾左還不徹底，但這種自我批評精神是難能可貴的。
第二次鄭州會議結束後，各地立即召開幹部會議，傳達貫徹會議精神，整頓人民公社。在此過程中，毛澤東以黨內通信的形式，對各地提出的重大問題及時予以指導。比如，他發現是以生產隊還是以生產大隊為基本核算單位，存在不同意見。3月15日，他寫了一封黨內通信，指出這個問題關係到3000多萬生產隊長、小隊長等基層幹部和幾億農民的直接利益，強調“要按照群眾意見辦事。無論什麼辦法，隻有適合群眾的要求，才行得通，否則終究是行不通的”。又比如，為了討論生產小隊（相當於原初級社）部分所有製問題，3月17日，他又寫了一封黨內通信，要求黨的幹部“一定要每日每時關心群眾利益，時刻想到自己的政策措施一定要適合當前群眾的覺悟水平和當前群眾的迫切要求。凡是違背這兩條的，一定行不通，一定要失敗”。在這段時期，毛澤東解決人民公社問題的一個重要指導思想，就是反複強調群眾觀點、群眾路線。
黨的八屆七中全會——檢查公社整頓工作
1959年3月25日至4月5日，在上海先後召開了中央政治局擴大會議和八屆七中全會。主要議題是：檢查人民公社的整頓工作，進一步降低主要生產指標，通過《一九五九年國民經濟計劃的建議》。會議期間，毛澤東寫了一些批語、黨內通信，並在會上講了工作方法問題。
（1）通過《關於人民公社的十八個問題》（即中共中央政治局1959年上海會議紀要），決定“舊賬”要清算、要退賠，規定生產小隊也應有部分的所有製和享有一定的管理權限。在3月25日至4月1日召開的中央政治局擴大會議期間，毛澤東根據各地公社中農民的要求，決定把第二次鄭州會議關於“舊賬一般不算”的規定，改為“舊賬一般要算”。這裏所說的舊賬，是指公社化和大煉鋼鐵中平調生產和農民的物資、勞力等。3月30日，毛澤東在山西省各縣五級幹部會議情況報告上寫了一段批注，說明算賬的必要性。他寫道：“算賬才能實行那個客觀存在的價值法則。這個法則是一個偉大的學校，隻有利用它，才有可能教會我們的幾千萬幹部和幾萬萬人民。才有可能建設我們的社會主義和共產主義。”4月3日，他又在湖北省麻城縣五級幹部會議情況報告上寫了一段批注，說明算賬的種種好處。他寫道：“算賬才能團結；算賬才能幫助幹部從貪汙浪費的海洋中拔出身來，一身清淨；算賬才能教幹部學會經營管理方法；算賬才能教會五億農民自己管理自己的公社”等。4月5日，毛澤東在八屆七中全會上講工作方法問題，講到當機立斷時說：觀察形勢，才能當機立斷。斷得不恰當，有點武斷。我也有武斷，如鄭州會議時，一般不算舊賬。恰恰相反，一般要算舊賬。這些錯誤，我們也常犯的。要善於觀察形勢，要當機立斷，及時改過來。他還根據湖北省、山西省的經驗，作出生產小隊要有部分所有製的決策。《關於人民公社的十八個問題》中規定：“生產隊作為基本核算單位的，生產隊下麵的生產小隊就是包產單位，這種生產小隊應該有部分的所有製和以下的管理權限。”
（2）通過《一九五九年國民經濟計劃草案》，修改和調整鋼鐵等主要生產指標。1958年12月，武昌會議確定的主要生產指標：鋼，1800萬噸；煤，3.8億噸；糧，1.05萬億斤；棉，1億擔。七中全會決定把鋼的生產指標降為1650萬噸。在武昌會議上，陳雲提出不要公布當時確定的鋼、煤、糧、棉四大指標。1959年1月，陳雲再次提出，四大指標難以完成。但是，這些正確意見沒有被重視和采納。在八屆七中全會上，毛澤東多次講到陳雲提出的正確意見。4月5日，他在會上說：1月25日的會議是我建議召開的，會前我找了幾個中央同誌談工業問題，陳雲同誌表示了非常正確的意見。他還說：去年武昌會議的公報，陳雲同誌提議，四大指標是不是不寫，被頂回去了。七中全會以後，毛澤東委托陳雲就落實鋼鐵指標進行研究。在5月召開的中央政治局會議上，陳雲提出，將當年的鋼產指標由七中全會確定的1650萬噸落實為1300萬噸，得到同意。