過去，鄧子恢常常提醒人們：“中國小農經濟是非常脆弱的，它經不起任何損失和打擊。”“農民不比我們國家幹部，指揮錯了，農民受損失，自己照樣有飯吃。”心係農民，直言不諱，這是鄧子恢光明磊落、品格高尚之所在，也是鄧子恢屢遭風霜、多有磨難之所致。
毛主席威望很高，一呼百應。在那種局勢下，實際上任何人都幫不了鄧子恢的忙。頓時，全國上下都在按主席的講話精神反右傾，轉思想，加速度，掀高潮。各地一批據說是“頂著右傾風暗藏下的硬骨頭社”，突然像雨後春筍般湧現，“先進材料”不斷上報中央。毛主席很欣賞這些材料，親自選閱、編印《怎樣辦農業生產合作社》（後改稱《中國農村的社會主義高潮》，還執筆寫了許多編者按語。
同年10月，毛主席在黨的七屆六中全會上，又作了《農業合作化的一場辯論和當前的階級鬥爭》的報告，鄧子恢和中央農村工作部被升級批判為“右傾機會主義”。於是，農業合作化的高潮果然迅速出現在全國各地，“形勢確實喜人”。早先陷蔽的左傾情緒，此時也乘機興起。幸好被敏感的毛主席察覺，他曾建議各地黨委“刹車”，但未能如願刹住。農業合作化一旦在政治運動方式的驅動下，往往會以特有慣性繼續向前滑行。
據統計，從1955年下半年到1956年秋，不到一年時間，我國農業合作化，即以萬馬奔騰之勢迅猛發展。不僅完成了初級合作化，而且神奇地達到了合作化的高級階段。1955年10月黨的七屆六中全會上，毛主席還重申以三個五年計劃的時間（從1953年算起，共15年）基本完成農業社會主義改造，如今隻用三年就化成功了，速度之快堪稱奇跡。然而，超速發展帶來的問題，也接踵而至。較為普遍的是農民鬧退社、散社現象，此起彼伏，各省均有，而且是農民自發形成的。浙江又一次成為鬧退社的突出典型，仙居縣的農民甚至將縣政府和公安局的門窗都砸了。遺憾的是有些地方領導未能把這些現象視為超速發展、違背農民利益所致，而是簡單歸結為階級鬥爭，並決定用大辯論、大批判的方式來擊退“階級敵人和富裕中農的進攻”。
農村的大批判、大辯論，暫時製止了農民退社、散社的浪潮，又一次推動了農業社的“大發展”。農村中原有的問題被掩蓋和忽視了。在農業社很不鞏固，尚須做大量鞏固和完善工作的情況下，我國農村緊接著又快馬加鞭，迅速掀起了熱火朝天的大躍進和人民公社化運動，生產關係的改革再次登上了“新台階”。
這些就是我國農業合作化大爭論和種種曆史背景和史實。
毛澤東：“中央農村工作部的工作，還要靠鄧老”
1955年以後。鄧子恢盡管屢遭錯誤的批判和受到不公正的對待，但他還是心係農民、一心為黨，矢誌不移。農業合作化高速發展和全麵實現公社化，在中國大地上先後成為社會現實，人們已無法改變。麵對這一社會現實，鄧子恢隻有把注意力轉移到潛心研究建立農業生產責任製上，他試圖以此作突破口，為我國農村經濟改革做出貢獻。
多年來，鄧子恢一直深感長期處於小農經濟的中國農民，隻有組織起來走互助合作化的道路，壯大集體經濟實力，才能擺脫貧困，走向富裕。因此，他堅定地協助毛主席領導農業合作化運動。但一旦合作社普遍建立起來後，他又不斷提醒人們：“不要為下邊一片叫好聲所迷惑，辦社容易鞏固難。”為糾正各地隻顧建社、不顧鞏固的偏向，他及時提出“整頓、鞏固合作社”，主張勤儉辦社，開展各種經營，增加收入；對社員實行按件付酬、包工包產、超產獎勵；牲畜分戶飼養，集體使用等等。
我國農業社高級化後，鄧子恢強調民主辦社、勤儉辦社和堅持按勞分配原則。為理順因高級化“一步登天”造成的經營管理混亂局勢，他戴著“小腳女人”“右傾機會主義”等政治帽子，繼續堅持深入農村基層調查，總結研究出一套“產包到隊、工包到組、田間零活包到戶”，“組分片、戶分塊，大活集體做、小活自己幹”等分工負責製，使產量和勞動質量兩個製度統一起來。
對1958年的大躍進和人民公社化，鄧子恢持反對態度。當時，他患病治療，但病中仍不忘關注農村工作，耳聞共產風、高指標、浮誇風等信息，內心極為不安。病情稍有好轉，他就不顧疲倦，趕赴“共產主義試點縣”——河北徐水縣，先後考察勞動軍事化、吃飯食堂化、吃飯不要錢等“新生事物”。回京後，他心情很不平靜，明確指出：“徐水是浮誇風、共產風的典型！”
那時，左傾思潮興盛，到處搞“拔白旗、插紅旗”，形成“批右一邊倒”的局麵。有的地方為放“衛星”、撈政治資本，還把幾畝稻苗積為一畝，搞“堆產田”。甚至違背自然規律，用電燈照明、鼓風機送風奪高產，而且大肆宣傳。鄧子恢對這些虛誇、造假現象，極為惱火。但當年10月，他在全國政協會上義正詞嚴地作專題發言，闡述合理密植、科學種田的道理，指出：“禾苗生長必須靠光合作用和必要的通風。過分密植，株行距過小，枝葉不通風，不透陽光，不能起光合作用，根係相互幹擾，作物反而不能正常生長，結果不能增產反而減產。”鄧子恢的發言受到人們的高度讚揚，有的說：“我最愛聽鄧老講求實際的發言。”稱他是最講求實際的人。
1960年前後，我國農村因天災人禍正處於嚴重困難時期，餓死人的問題不斷出現，舉國上下都在尋求解決難題的方案。年逾花甲、患有多種疾病的鄧子恢，又開始受到中央重視。1960年9、10月間，他受中央委托，率工作組先到山西、河北，後又到江蘇無錫，深入農村作調查研究。在無錫，他領導工作組創造性地草擬了一個《農村人民公社內務條例》，內容有社員權利和義務；公社三級所有製和個人所有製；管理權限；生產管理、財務管理；按勞分配、民主製度等等，試圖通過法規形式加強公社內部經營管理，解決平均主義，限製共產風和瞎指揮。回京後呈送周總理，並作了彙報。周總理喜形於色，十分讚賞鄧子恢的創舉，迅速轉呈毛主席和中央其他領導同誌。毛主席看後也很高興。
1961年3月，毛主席在廣州主持中央工作會議，專題討論農村工作，研究《人民公社工作條例》（即“六十條”），鄧子恢前往出席。會上，毛主席情緒很好，大聲詢問：“鄧老來了沒有？”致使與會者的目光頓時轉向鄧子恢。隨後，毛主席高度讚揚鄧子恢重視調查研究，稱鄧子恢是“農村工作專家”，說“他在山西、河北、江蘇的調查是對的，他的一些觀點和主張是正確的。我過去同鄧老有點小衝突，現在統一了，他是正確的。我同他的爭論從此結束”。“這幾年（農村）犯的錯誤（指共產風、浮誇風），沒有他的份。”“搞農村工作找誰呀！還是要找老鄧。你們不要瞧不起鄧老，他搞了一個《人民公社內務條例》，辦了一件好事！中央農村工作部的工作，還是要靠鄧老。《人民公社條例》首先是鄧老倡議的，然後是總理的支持……”
這是1955年毛主席在北戴河中央工作會議上嚴厲批評鄧子恢為“小腳女人”後，首次高度讚揚鄧子恢，承認鄧子恢是正確的，宣布爭論結束。這又一次出人意外，在黨內產生巨大影響。鄧子恢名聲大振，再度受到人們的普遍尊敬。
廣州中央工作會議結束後，鄧子恢未立即回北京，他直接帶工作組在廣東、福建農村作進一步調查研究。他作為國務院副總理、中央農村工作部部長，親自召集社隊幹部開座談會，鼓勵人們說真話，暢所欲言，還到田頭、食堂、農戶訪問、查看，曆時45天。他掌握了大量第一手材料後，連續兩次向中央寫報告，如實反映民意，大膽建議：停辦食堂，基本口糧分到戶；取消供給製，貫徹按勞分配；耕畜農具歸生產隊所有，使用權與所有權合一；實行“三包一獎”製度；社隊規模應劃小，不宜過大；自留地允許超過5%。他還要求把生產隊作為基本核算單位，獨立經營，自負盈虧，以利解放生產力。中央很重視鄧子恢的意見，將他的兩個報告批轉各省、市、自治區黨委閱研。