陳伯達在會上作了《無產階級文化大革命中的兩條路線》的講話，扮演了攻擊劉少奇、鄧小平的“主攻手”角色。他的講話雖然“火藥味”不太濃，但是卻從理論上把派工作組作為與“無產階級革命路線”相對立的“錯誤路線”“資產階級反動路線”“資產階級反對革命的路線”進行了比較、分析和“批判”。他首先對紅衛兵運動作了“高度評價”：“偉大的紅衛兵運動，震動了整個社會，而且震動了全世界。紅衛兵運動的戰果輝煌，可以無愧地說，整個文化革命運動比巴黎公社、比十月革命、比中國曆來各次群眾運動都來得更深刻更洶湧澎湃，這是國際上更高階段的無產階級革命運動。這個運動引起全世界人民的歡呼和支持，同時激起全世界帝國主義者和現代修正主義者的恐懼、痛恨，而許多庸人則為之目瞪口呆。”接著，從理論上對劉少奇、鄧小平派工作組領導運動進行了“上綱上線”的“批判”說：“毛主席提出的無產階級文化大革命的路線是讓群眾自己教育自己、自己解放自己的路線。可是提出錯誤路線的某些代表人物，他們都是反對讓群眾自己教育自己、自己解放自己的，他們在這場觸及人們靈魂的大革命中把國民黨的‘訓政’搬出來了，他們把群眾當成阿鬥，把自己當成諸葛亮。這條錯誤路線要把無產階級文化大革命引到相反的道路上去，變成不是無產階級的文化大革命，而是資產階級反對無產階級的反動的‘文化大革命’。”陳伯達在講話中，把劉少奇、鄧小平派工作組惡意類比為“國民黨的‘訓政’”，手段極為卑劣。他還進一步從“理論上”發揮說：“路線問題要分開看，一種是提出來的，一種是執行的。提出錯誤路線的是某些錯誤路線的代表人物，他們要負主要責任。”“黨內路線鬥爭是社會階級鬥爭的反映。錯誤路線有它的社會基礎。這個社會基礎，主要是資產階級。這條資產階級錯誤路線在黨內有一定的市場，因為黨內有一小撮走資本主義道路的當權派……”
林彪和陳伯達的講話，是此次中央工作會議上的主題講話。會後，迅速被大量印發，廣為傳播，並刊登在各個群眾組織編輯的報紙、刊物、小冊子上，成為“徹底批判資產階級反動路線”的“兩個重磅炮彈”。
劉少奇和鄧小平在這次中央工作會議上作了檢查。
在劉少奇和鄧小平報送毛澤東審閱的檢查稿上，毛澤東都作了批語。
對劉少奇檢查稿的批語是：“少奇同誌：基本上寫得很好，很嚴肅，特別是後半段更好。建議以草案形式印發政治局、書記處、工作組（領導幹部）、北京市委、中央文革小組各同誌討論一下，提出意見，可能有些收獲，然後酌加修改，再作報告，可能穩重一些，請酌定。毛澤東9月14日。”
對鄧小平檢查稿的批語是：“小平同誌：可以照此去講。但在……之後，是否加幾句積極振奮的話，例如說，在自己積極努力和同誌們積極幫助之下，我相信錯誤會得到及時糾正，請同誌們給我以時間，我會站起來的。幹了半輩子革命，跌了跤子，難道一蹶不振了嗎？又題目‘初步’二字可以去掉。毛澤東10月22日上午4時。”
從毛澤東的兩個批語來看，對劉少奇、鄧小平仍然是作為中央的領導同誌來看待，持犯了“錯誤”，改了就好的態度。尤其在對鄧小平的批語中，與人為善，十分中肯，親切的話語猶如兩人對麵談心一般，鼓舞人心，催人振奮。同時，從兩個批語中也可以看出來，毛澤東此時在對劉少奇和鄧小平兩人的看法上，顯然對鄧小平的看法要更好一些。
10月25日，毛澤東在會議上的講話中，對劉少奇、鄧小平仍然持保護態度，指出：“把對劉、鄧的大字報貼到大街上去不好嘛！要允許犯錯誤，允許改，讓紅衛兵都看看《阿Q正傳》。劉、鄧兩人是搞公開的，不是秘密的，要允許劉、鄧革命。”
然而，就在中央工作會議召開的同時，中央文革小組的陰謀家們卻在私下策劃著一係列的“打倒劉鄧”的陰謀勾當。
1966年12月18日上午，中央文革小組辦公室突然打電話給清華大學井岡山兵團總部，指名要其頭頭蒯大富下午2時到中南海西門，說中央文革有人找他談話。蒯大富原是清華大學化工係學生，“文化大革命”初期起來“造反”，受到當時王光美任副組長的上級派駐清華大學工作組的批判，被工作組定為“右派”。為了表示反抗，蒯大富宣布“絕食”，此舉一下子引起了轟動。以後，陳伯達派人到清華大學，對蒯大富表示慰問和支持，使蒯大富名聲大振，扯旗造反，拉起了隊伍，成立了清華大學井岡山兵團，並於1966年9月24日篡奪了清華大學的領導權。首都紅衛兵第三司令部成立後，蒯大富為主要領導成員之一，他堅決按照“中央文革”的號令行動，“步步緊跟”，成為北京市當時著名的“學生領袖”之一。“文化大革命”結束後，1983年3月16日，北京市中級人民法院確認：蒯大富在“文化大革命”初期，積極追隨林彪、江青反革命集團，以推翻人民民主專政的政權為目的，煽動打倒黨和國家領導人，策劃、組織清華大學武鬥，武力對抗工人宣傳隊，誣陷迫害幹部、群眾，後果嚴重，已構成反革命宣傳煽動罪、殺人罪、誣告陷害罪，依法判處其有期徒刑17年，剝奪政治權利4年。
12月18日下午2時，蒯大富乘車來到中南海西門。時任中央文革小組副組長的張春橋，把蒯大富領到旁邊的一個房間裏，兩人開始了密談。
據審判林彪、江青反革命集團案時，蒯大富出庭作證證實：
張春橋首先詢問了蒯大富的近況。蒯大富遂向張春橋彙報了他最近去上海串聯的情況和清華大學“文化大革命”運動的情況。其實，張春橋的真實意圖並不在這裏，所以不等蒯大富講完，就打斷了蒯的話頭，一字一頓地向蒯大富麵授機宜說：“從全國來講，資產階級反動路線仍然相當猖獗，現在還是要深入批判資產階級反動路線。中央那一兩個提出資產階級反動路線的人，至今仍不投降。”“你們革命小將應該聯合起來，發揚徹底革命精神，痛打落水狗，把他們搞臭，不要半途而廢……”
張春橋原任中共上海市委書記處書記，江青在“文化大革命”前夕組織人寫評《海瑞罷官》的文章時，在北京連連碰壁。到了上海，找到了張春橋，兩人一拍即合。經過張春橋一手秘密策劃，由姚文元執筆，寫成了《評新編曆史劇〈海瑞罷官〉》的文稿，雖在京、滬兩地數易成稿，幾次修改，竟然絲毫不露風聲，實現了江青對北京市委保密，對中央政治局、中央書記處保密的意圖。文章發表後，立即引起了極大的震動。對於此事，江青於1967年4月12日在中共中央軍委擴大會議上，作題為《為人民立新功》的講話中，作了透露：“1962年，我同中宣部、文化部的四位正副部長談話，他們都不聽。對於那個‘有鬼無害論’，第一篇真正有分量的批評文章，是在上海請柯慶施同誌幫助組織的，他是支持我們的。當時在北京，可攻不開啊！批判《海瑞罷官》也是柯慶施同誌支持的。張春橋同誌、姚文元同誌為了這個擔了很大的風險，還搞了保密。我在革命現代京劇會演以前，作了調查研究，並且參與了藝術實踐，感覺到文藝評論也是有問題的。我那兒有一些材料，因為怕主席太累，沒有給主席看，有一天，一個同誌，把吳晗寫的《朱元璋傳》拿給主席看。我說：別，主席累得很，他不過是要稿費嘛，要名嘛，給他出版，出版以後批評。我還要批評他的《海瑞罷官》哪！當時彭真拚命保護吳晗，主席心裏是很清楚的，但就是不明說。因為主席允許，我才敢於去組織這篇文章，對外保密，保密了七八個月，改了不知多少次。春橋同誌每到北京一次，就有人探聽。有個反革命分子判斷說，一定和批判吳晗有關。是有點關係，但也是搞戲，聽錄音帶，修改音樂。但是卻也在暗中藏著評《海瑞罷官》這篇文章。因為一叫他們知道，他們就要扼殺這篇文章了。”